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1. 2000년 민주화 운동
1998년 노동조합을 설립하는 과정에서 재단측이 '명예훼손'등으로 손해배상소송을 제기하여 12명 전 조합원의 재산에 가압류를 시킬 계획을 수립하고 있었다. 그러던 중, 2000년 2학기 초에 '등록금 인상 반대'라는 주제로 총학생회가 학내투쟁을 전개하여, 대학본관에 있는 총장실과 부총장실, 이사장실, 그리고 상임이사장실을 점거, 농성을 하였다.이를 계기로 '남서울대 사학비리 공동대책위원회'를 구성하여 비리의혹을 제기하며 KBS등 언론기관이 보도하였고, 국회 문공위에서 교육인적자원부 특별감사를 제기하도록 하였으며, 재단과 대학 당국은 공동대책위원회와 대학의 발전을 공동 논의했다.
그래서 노조에 대하여는 손배소 철회 및 노조의 소송비용 변상, 위로금 지급 등을, 총학생회에 대하여는 등록금 인하 및 총학생회 인정 등의 성과를 올렸다.
2. 2013년 학회비 사건
링크 2013년 6월 학회비를 내지 않았다는 이유로 선배가 후배를 때린 사건이 발생했다.신입생인 피해학생이 학회비를 미납했다는 이유로 자신의 동기가 선배에게 당했다는 사실을 듣고 휴대폰을 통해 과 학우들에게 불만을 털어놓았다. 그 사실을 듣게 된 가해학생이 피해학생을 교내 인적이 드문 장소로 불러내어 같은 이유로 무차별 폭행하였고 피해학생은 턱뼈가 나가는 중상을 입게 되었다.
피해학생은 가해학생 뿐만 아니라 학교 측에다가도 고소를 하겠다고 하였고 가해학생은 후배들에게 학회비를 독촉한 것은 사실이나, 피해학생을 폭행한 것은 SNS로 자신을 비하해 홧김에 때렸다고 진술. 이후 합의금을 물어 주었다고 한다. 이 사건 이후로 예전부터 문제가 되었던 학회비 강제 징수 문제가 다시 논란이 되고 있다.