닥터 M의 해저 기지에서 구조되어 온 마인드 코어 소닉과 켄은 자신들의 원래 개발자나 파일럿을 되찾지는 못하지만, 도운과 리모의 보살핌에 아픔을 이겨내고 또봇의 몸을 받아 대도시의 영웅으로서 새롭게 활동을 시작한다. 한편, 해저 서버를 잃은 닥터 M은 인터넷과 연결된 모든 컴퓨터를 자신의 서버로 이용하기 위해 컴퓨터를 좀비로 만드는 바이러스를 확산시키는 한편, 카사장 일당을 시켜 바이러스의 존재를 눈치챈 사람들을 공격한다. 닥터 M의 음모를 알고 있는 것은 마리솔이라는 소녀. 할아버지인 마각진 박사가 사고로 입원한 후, 우연히 그의 노트북을 통해 또봇 스틸과 친구가 된 리솔은 또봇 스틸이 카사장의 습격으로 행방불명이 되자 대도시의 또봇 본부를 찾아와 도움을 청한다. 또봇들은 리솔을 도와 또봇 스틸을 구하고, 또봇 스틸과 합체하면 헤비메탈이 된다는 또봇 크롬과 또봇 아이언도 찾으려 한다. 그러나 닥터 M은 또봇의 마인드 코어를 망가뜨릴 수 있는 하트 브레이커라는 로봇을 개발해 또봇을 위기로 몰아넣고, 또봇 스틸은 ‘할아버지 대신 함께 닥터 M을 물리치자’는 리솔을 파일럿으로 삼기를 거부하며, 마각진 박사에 대한 충격적인 비밀을 폭로한다. 도운과 리모가 좀비 바이러스에 대항할 백신을 완성해 클로버그룹의 데이터센터를 통해 배포하려 하자, 닥터 M은 메가톤이라는 거대 로봇을 보내 데이터센터를 공격한다. 또봇들은 데이터센터를 지키려 하지만 메가톤의 위력에 고전하고, 헤비메탈을 완성하기 위해 파일럿 없이 또봇 아이언을 찾으러 간 또봇 스틸은 카사장 일당과 하트브레이커에게 마인드 코어를 파괴당할 상황에 놓인다. 같은 시각, 홀로 집에 돌아갔던 리솔은 또봇 스틸에 대한 걱정을 떨치지 못해 다시금 대도시로 발걸음을 옮기는데...
도운과 리모는 닥터 M의 기지에서 구조한 두 마인드코어 '소닉'과 '켄'을 코어로이드로 만들어주고 가족을 찾아주기 위해 애쓰지만, 소닉의 개발자는 정보가 부족해 찾지 못하고, 켄의 개발자만 찾는데 성공한다. 그런데, 켄의 개발자를 데리고 오던 중, 또봇 팀은 도심에서 난동 부리던 악당들과 격렬한 전투를 하게 되고, 이를 본 개발자가 겁을 먹고 켄을 포기하겠다며 도망쳐 켄은 큰 실망에 빠진다. 한편, 마각진 박사의 손녀 리솔은 할아버지가 사고로 입원해 있는 동안 할아버지가 제작한 또봇 스틸과 화상 통화를 하던 중, 또봇 스틸이 악당들에게 습격 당하는 현장을 목격한다.
어느 날, 갑자기 전자기기, 시설들이 오류를 일으키면서 온 나라에 대소동이 벌어진다. 그리고 이 뉴스를 지켜보고 있던 소녀 마리솔은 노트북을 통해 또봇 스틸과 이 사태의 원인인 '좀비 바이러스'와 닥터 M에 관해 대화를 나눈다. 리솔은 이미 백신이 준비된 상태이지만 할아버지인 마각진 박사가 사고로 입원을 해서 대도시의 또봇 팀에게 바로 도움을 요청하지 못 하는 걸 한탄한다.
한편 또봇 본부에서는 가재도에서 들고 온 두 마인드 코어, 또봇 소닉과 또봇 켄에게 코어 가드를 장착시켜 코어로이드 형태로 탄생시킨다. 소닉과 켄이 코어로이드 상태에 적응하는 가운데, 도운은 켄의 개발자의 정보를 찾아낸 후 Z를 보내서 개발자를 데려오게 한다. 그런데 개발자는 찾았지만 카사장 일당이 나타났다는 한수의 긴급 연락이 들어오고, X와 Y가 새롭게 개발한 캐리어를 타고 현장으로 출동해 Z를 지원한다. 켄의 개발자가 지켜보는 가운데 X, Y, Z는 트라이탄으로 합체해서 맨티스 몬스터들을 물리치지만, 켄의 개발자는 전투 현장을 보고 겁에 질린 나머지 켄의 마인드 코어를 포기하겠다는 각서를 남기고 도망치고 만다.
개발자가 자신을 버린 것에 실망한 켄을 하나가 위로해보려 하지만 아무 소용이 없었고[1], 완전히 낙담한 켄에게 소닉은 시종일관 낙관적인 태도를 보이며 자신의 파일럿과 같이 활동하자고 제안하지만 오히려 켄의 반감을 산다. 소닉의 개발자는 켄의 개발자보다 더 정보를 찾기 어려웠기 때문. 그럼에도 소닉은 어렴풋이 남아있는 파일럿의 기억에[2] 희망을 걸고 도운에게 본체를 만들어달라고 요청하고, 도운은 파일럿 없이 또봇 활동을 하게 할 수는 없지만 본체는 만들어주기로 한다. 그런 한편 리모는 세모로부터 카사장 일당이 켄의 개발자를 노린 게 아니라 어떤 건물을 공격하고 있었다는 소식을 듣는다.
카사장 일당이 건물을 공격한 건 그 건물, 데이터 센터 내에 있던 보안 업체가 좀비 바이러스의 존재를 의심해서 은폐하기 위함이었다. 카사장은 좀비 바이러스가 도움이 되는건지 의심하지만, 엔진박은 가재도의 해저 서버를 잃어버린 지금 닥터 M에게 좀비 바이러스가 도움이 된다고 답한다. 다만 가재도의 서버에 저장되어 있던 프로젝트 M에 대한 데이터를 일부 잊어버린 상태였는데, 그때 나타난 닥터 M이 지금은 초기 작업이니 그저 좀비 바이러스를 들키지 않도록만 주의하라고 말한다.
한편 리솔은 스틸과 직접 만날 방법을 생각하다가 자신들이 직접 대도시에 찾아가자는 아이디어를 내고, 스틸도 리솔의 제안에 찬성한다. 그런데 그때 카사장 일당이 스틸이 있던 장소를 습격하고, 카사장 일당의 공격에 스틸과의 통신이 끊기자 리솔은 당황한다.
도운과 리모는 소닉과 켄에게 또봇의 몸을 만들어주지만, 아직 파일럿이 없어 당분간 본부에만 머물게 한다. 의욕을 잃은 또봇 켄과 달리, 또봇 소닉은 빨리 또봇 활동을 하고 싶어 한다.한편, 닥터 M은 한 코딩 동호회가 좀비 바이러스의 존재를 눈치채자 카사장 일당을 시켜 공격한다. 또봇 X, Y, Z가 출동하자, 부러워하던 또봇 소닉은 결국 허락 없이 전투현장으로 향하고, 준비도 되지 않은 상태로 래봇들과 마주쳐 궁지에 몰린다. 하지만 본부에 남아있던 또봇 켄 덕분에 도운의 연락을 받고, 도운의 말에 따라 '스트라이커볼'로 래봇들을 물리친다. 전투가 끝난 후, 돌아오던 또봇 팀은 또봇 본부의 문을 두드리는 리솔을 발견한다.
리솔은 결국 단신으로 대도시로 향해 또봇 본부로 찾아간다. 그런 한편 마침내 소닉과 켄의 본체가 만들어지고, 신이 난 소닉은 바로 변신을 시도했으나 되지 않았다. 자체적으로 변신을 할 수는 있지만, 파일럿이 구해질 때까지는 도운이 변신 시스템의 잠금 장치를 조작하는 방식으로 변신을 하게 한 것. 도운이 잠금 장치를 해제하자 변신에 성공한 소닉은 에너지를 주체하지 못 하고, 그런 소닉에게 도운은 뜬금없이 분리수거를 지시해서 맥이 빠지게 만든다.[3]
그때 대온이 한수에게 사건이 벌어졌다며 연락을 해오고, 또봇 팀은 카사장 일당이 코딩 동호회의 사람들을 잡아가려 하는 뉴스를 접한다. X, Y, Z가 바로 출동한 가운데 소닉은 자신도 출동하고 싶어하지만 도운이 가로막고, X, Y, Z는 잡혀갈 위기에 처한 사람들을[4] 구해준다. 그러나 엔진박은 이를 예상하고 타란튤라킹을 출동시키고, 또봇 팀의 시선이 타란튤라킹에게 집중된 사이 래봇들이 다시금 사람들을 잡아가려 한다. 그때 어떻게든 전투현장에 가고 싶었던 소닉이 결국 켄의 만류에도 불구하고 도운 몰래 또봇 본부를 빠져나간다.
트라이탄과 타란튤라킹의 전투가 한창인 가운데, 캐리어를 타고 출동한 대온과 A가 래봇들을 가로막지만 래봇들을 쓰러뜨리자 마자 대온과 A도 트라이탄을 도우러 가는 바람에 코딩 동호회 회장은 다시금 래봇들에게 붙잡히고 만다. 그때 밖으로 나온 소닉이 우연히 이를 목격하고, 살려달라는 외침에 마인드 코어에 반응이 온 소닉은 래봇들을 상대해보려 하지만 아직 전투 경험이 없었기에 일방적으로 밀리기만 한다. 그 순간 켄에게 소식을 들은 도운이 스트라이커 볼이라는 공 모양의 무장을 보내주고[5], 소닉은 그 무장을 이용해서 래봇들을 쓰러뜨리며 첫 전투에서 대승리를 거두고 코딩 동호회 회장을 구한다.[6]
본부로 돌아가는 길에 또봇 팀은 카사장 일당의 목적에 대해 궁금해하고, 본부에 막 도착했을 무렵 차고의 문을 두드리며 도운을 찾는 리솔을 목격한다. 그리고 리솔 또한 갑자기 나타난 차량들이 X, Y, Z임을 알아본다.
리솔은 또봇 팀에게 닥터 M이 AI이며 좀비 바이러스를 퍼뜨리고 있다는 사실을 알려주고, 악당들의 습격을 받은 또봇 스틸을 찾아달라는 부탁한다. 또봇 X, Y, Z는 또봇 스틸을 찾아 헤매던 중, 도심에 로드리퍼가 나타나 잠시 수색을 중단한다. 리솔이 혼자서라도 또봇 스틸을 찾으러 가겠다고 하자, 리솔을 따라나서는 또봇 켄. 또봇 X, Y, Z는 금방 로드리퍼를 물리치고 또봇 스틸을 찾으러 가려 하지만, 이때 꼬마 로봇 '하트브레이커'가 새롭게 등장한다. 또봇들은 하트브레이커의 '마상파' 공격을 받고, 전력이 급감하는 이상 증상을 보이는데...
리솔이 본부를 찾아온 그 시각, 본부에서는 켄의 로봇 변신 모드를 테스트하던 중이었다. 그때 바깥에서 인기척이 들리자 켄이 문을 열어줬는데, 리솔이 켄이 들고 있던 휴지곽을 보더니 켄을 스틸로 오해하는 해프닝이 벌어진다. 오해를 수습한 후, 리솔은 도운과 리모에게 자신을 소개하면서[7] 스틸을 찾고 있다고 밝히고 닥터 M이 AI라는 사실까지 동시에 밝힌다. 그제서야 닥터 M이 AI라는 걸 안 또봇 팀은 그동안의 카사장 일당의 행보의 목적을 알게 되고, 스틸을 찾아 달라는 리솔의 부탁에 또봇 팀은 스틸을 찾으러 나선다. 다시금 출동하는 또봇 팀의 모습에 소닉도 같이 따라가고 싶어하지만 어김없이 도운에게 가로막힌다.
유일한 단서는 해바라기 무늬의 휴지곽과 스틸 또한 대도시로 오고 있다는 것 뿐이었지만 겨우 이 정도의 단서만으로는 스틸을 찾는 게 쉽지 않았고[8], 스틸 또한 디룩과 조발레의 감시를 받으면서 대도시로 향하고 있었지만 상태가 좋지 않아 움직이는 것만 해도 애를 먹는다. 그리고 상황을 지켜보던 카사장에게 닥터 M은 스트리머 안드로형이 자신의 계획을 방해한다고 알리면서 처리할 것을 명령한다. 당장 로드리퍼 외에는 쓸 로봇이 없어서 카사장은 난처해하지만, 닥터 M은 새 로봇을 보내줄테니 로드리퍼라도 내보내라고 말한다.
진전이 없는 수색에 걱정을 하는 리솔을 보며 소닉과 켄은 대화를 나누다가, 문득 켄이 마인드 코어의 발신 장치 레이더에 스틸로 추정되는 신호가 잡힌 걸 발견한다. 이에 도운이 하나에게 연락해 신호의 정체를 확인해보려 하지만, 하나와 X는 안드로형을 공격하는 로드리퍼를 상대하느라 이동할 수 없는 상황이었다. 오랜만에 상대하는 로드리퍼를 X가 가볍게 제압하는 동안, 본부에서는 리솔이 신호가 약해진 것을 발견하고 혼자서라도 스틸을 찾으러 나서려 한다. 그러자 리솔을 혼자 둘 수 없었던 켄이 리솔을 신호가 잡히는 곳으로 데려다주기로 한다.
X가 로드리퍼를 상대하는 동안 Y와 Z가 때맞춰서 지원을 와 로드리퍼를 쓰러뜨리고, 또봇 팀은 하나에게 스틸의 신호가 잡혔음을 전한 후 그곳으로 향하려 한다. 그런데 어디선가 킥보드를 탄 조그만 로봇이 나타나고, 귀엽게 생긴 외형에 X가 경계를 풀고 접근하는데 그 순간 로봇에 새겨진 닥터 M의 로고를 발견한 동시에 로봇이 X의 가슴에 손을 대 에너지를 흘려보낸다. 당장 눈에 띄는 외상은 없었으나 X는 갑자기 힘을 제대로 내지 못 하며 의욕 없는 모습을 보이고, 보다 못한 Y와 Z가 나섰으나 이들도 로봇이 가슴에 손을 댄 순간 상태가 이상해진다.[9] 힘이 빠진 X, Y, Z는 그대로 로드리퍼에게 속절없이 당하기만 하는데, 그때 도운의 연락을 받은 리솔과 켄이 달려오고 켄은 로드리퍼를 상대하기 위해 변신을 한다.
하트브레이커의 공격으로 힘이 약해진 또봇 X, Y, Z를 지원하기 위해 또봇 켄이 또봇으로 변신해 싸운다. 그러나 또봇 켄마저도 하트브레이커의 마상파 공격에 무릎을 끓고.. 이때 도운이 통신을 보내 또봇 켄에게 큰 용기와 확신을 주는 말을 한다. 도운의 말에 다시 힘을 낸 또봇 켄은 마인드세이버를 휘둘러 전투를 승리로 마무리한다. 악당들의 공격으로 다친 몸을 이끌고 대도시를 향해 가던 또봇 스틸은 에너지가 바닥나 뒤를 쫓던 디룩과 조발레에게 잡힐 위기에 처하고, 때마침 등장한 또봇 팀에게 구조된다. 또봇 스틸은 또봇 팀과 함께 온 리솔을 처음으로 마주하게 된다.
도운의 지시를 받으며 로드리퍼를 상대하는 켄. 켄이 로드리퍼의 삽을 훼손한 틈에 파일럿들은 X, Y, Z를 챙기고, 다행히 또봇들은 파일럿들이 함께해주는 것만으로도 부정적인 기운이 어느정도 완화된다. 그런데 방심하던 사이 켄도 하트브레이커에게 당해버리고, 켄은 자신이 버려진 또봇임을 되새기며 의욕을 잃고 만다. 그 틈을 놓치지 않은 로드리퍼는 썬더삽이라는 새로운 기술로 켄을 제압하는데, 그때 리솔과 도운이 켄은 버려진 게 아니라 새로운 가족이 생긴 거라며 켄을 격려한다. 그 말에 켄은 마상파를 극복하고 의욕을 되찾아 로드리퍼를 완전히 쓰러뜨리고[10], 하트브레이커까지 휘말리는 바람에 카사장 일당은 어쩔 수 없이 퇴각한다. 또봇 팀은 그 즉시 스틸을 찾으러 가고, 에너지가 바닥 나서 디룩과 조발레에게 잡히기 직전이던 스틸을 구출한다. 마침내 스틸과 만난 리솔은 크게 반가워하고, 리솔과 접촉한 스틸은 강한 빛을 내뿜는다.
캐리어로 스틸을 본부로 데려온 후 도운이 리솔의 어머니와 통화를 하는 동안, 리모는 스틸의 정비를 해주면서 스틸의 앞좌석에서 발견한 스마트 워치형의 또폰을 리솔에게 건네준다. 그러나 리솔은 그 또폰이 자신의 것이 아니라 하면서, 스틸은 할아버지인 마각진 박사가 닥터 M을 무찌르기 위해 만든 궁극의 또봇이라고 밝힌다. 그 말에 파일럿들은 리솔와 스틸에게 변신해볼 것을 요구하고[11], 리솔은 리모에게서 또폰을 받아든 후 스틸을 변신시키는 데에 성공한다. 변신을 성공시킨 리솔은 이제 스틸이 대도시에 왔으니 닥터 M을 물리치는 건 시간 문제라 호언장담하지만, 스틸은 자신뿐만 아니라 또봇 크롬과 또봇 아이언이라는 또봇들도 있으며 이들과 3단 합체를 해야 완전한 힘을 사용할 수 있다고 말한다. 이에 리솔은 크롬과 아이언도 찾자면서 의욕을 보이지만 스틸은 어째선지 내키지 않는 듯한 반응을 보인다.
그때 리솔의 어머니와 통화를 마친 도운이 부모님 허락 없이 찾아온 리솔을 가볍게 나무라고, 리솔은 도운의 집에서 며칠만 신세를 질 것을 요청한다. 도운은 위험한 행동이라며 거절하지만, 리솔은 자신이 할아버지의 뜻을 이을 책임이 있으며 부모님이 할아버지의 병간호로 바빠서 혼자 집에 있는 것 또한 안전하지는 않다고 도운을 설득한다.[12] 이에 리모는 리솔의 말이 일리가 있다고 판단하고 자신의 집에 머무를 것을 권장하는데, 리모가 음식을 해주겠다고 말하자 그것만큼은 용납할 수 없던 도운이 결국 자신의 집에서 지내는 걸 허락하고 하나와 두리에게도 잘 챙겨줄 것을 당부한다.
한편 스틸을 놓치고 본부로 돌아온 디룩과 조발레는 카사장에게 왜 로봇을 보내주지 않았냐고 따지고, 디룩은 안드로형을 놓친 것까지 언급하면서 이대로 가다간 닥터 M에게 버려질지도 모른다고 협박한다. 그러나 닥터 M은 안드로형이 자신들의 추적을 포기한 것만으로도 충분한 성과가 있었으며, 스틸의 개발자도 알아냈음을 밝힌다. 그런데 어쩐지 스틸의 개발자를 아는 듯한 말을 하고, 그와 동시에 또봇 본부에서 위치 추적 장치를 제거하던 스틸을 비추는데 스틸에게 걸려있던 사진을 통해 해저 기지에서 발견한 사진 속 노인, 즉 닥터 M의 개발자의 정체가 리솔의 할아버지인 마각진 박사임이 밝혀진다. 스틸은 마각진 박사를 향해 리솔을 만나고 말았다면서 우려를 표한다.
[1] 그 와중에 두리는 위로를 한답시고 켄의 개발자가 파일럿이 될 자격이 없는 사람이라며 신랄하게 비판해서 초를 쳤다.[2] 기억나는 형상을 그림으로 그려봤지만 도무지 사람의 형상은 아니었다.[3] 전작에서도 나온 것처럼, 봉사활동을 통해 올바른 영웅심을 심어주기 위한 도운의 방침이다. 비슷한 일을 겪었던 하나와 두리가 웃음을 터트린 건 덤.[4] 시즌 1 Part 3에 등장한 우주개발본부의 연구원들이다.[5] 소닉이 공을 잘 다루는 것에서 아이디어를 얻었다.[6] 이때 X, Y, Z, A도 켄의 연락을 받고 소닉을 잡으러 왔는데, Y가 소닉이 활약할 수 있도록 배려해줘서 소닉이 전투를 끝낼 때까지 지켜보았다.[7] 이때 두리가 다들 여기는 어떻게 알고 찾아오는 거냐면서 의문을 표한다. 참고로 그동안 찾아온 레스큐 또봇 삼형제, 대온의 가족, 리솔 모두 또봇 본부임을 알고 찾아왔고, 도운을 만날 목적으로 찾아온 한편 같은 개발자인 리모에 대해서는 그 누구도 언급하지 않았다.[8] 이것 때문에 하나는 스틸이 이미 카사장 일당에게 붙잡혔을 가능성도 염두에 두었다.[9] Y는 갑자기 두리에게 시비를 걸었고, Z는 세모와 한수에게 울면서 사과를 했다.[10] 이때 세모의 제안을 듣고 장비의 이름을 안전검에서 '마음을 지키다'라는 의미의 마인드세이버로 바꾼다. 참고로 두리는 완전검, 하나는 엑스칼리버라는 이름을 제안했고, 한수는 세모의 의견에 동참했다.[11] 스틸의 마인드 코어가 리솔에게 반응을 해서 리솔도 변신시킬 수 있을거라 판단했다.[12] 이때 비슷한 상황이던 한수가 공감하는 표정을 짓는다.