메인 스토리만 서술하며 캐릭터 개개인 대화는 캐릭터 소개에서 하겠습니다. 개별엔딩도 캐릭터 소개에서 따로 서술합니다.
1. 프롤로그
싸움에 패배한 남성이 검은 불꽃에 타오르며 죽어가는 것을 동료로 보이는 소녀들이 데리고 도망쳐 온 것으로 시작한다. 자신의 죽음을 직감한 남자는 세계를 지켜달라는 말을 남기고 눈을 감고, 한 소녀는 그 약속을 지키길 맹세하고 '안녕'을 남기고 끝이 난다.2. 서장, 시작의 노래
기억을 잃은 소년 알토는 미트라 마을의 소녀 리젯트에게 발견되어 가족처럼 3년여간 생활해왔다. 평화로운 시골에 살던 알토에게 어느 날 숲에서 의문의 노랫소리가 들러온다. 노랫소리의 주인은 마녀 힐다. 하지만 리젯트는 신에게 노래를 뺏긴 세상에서 노래를 하는 마녀는 위험하다 생각하고, 힐다는 바로 마을을 떠나라고 경고한다. 다음 날 힐다는 복음사도의 일원 단테와 함께 마을을 찾아온다. 힐다는 여기서 본성을 드러내며 타가(墮歌)를 불러 알 수 없는 결정으로 마을을 채운다. 온 마을이 결정에 사로잡혀 알토와 리젯트만 남기고 사람들은 결정에 갇힌 상황. 알토는 힐다와 단테에게 저항하려 하지만 속수무책으로 당한다. 죽음의 위기에 처한 순간, 알토가 리젯트에게 준 펜던트가 빛을 내며 리젯트는 검은 불꽃에 휩싸인다. 힐다는 펜던트를 물의 퀄리아라 부르며, 소녀를 죽이기를 단테에게 명하지만 퀄리아가 내뿜는 기운에 단테는 다가가지 못하고 알토는 정신세계에 빠진다. 그 속에서 알토는 수수께끼의 목소리[1]에 의해 힘을 얻는다. 그리고 그 목소리는 말한다. 소녀를 조율하라고.리젯트의 정신세계에 들어간 알토는 리젯트에게 다가가 설득한다.[선택지_정답][스포일러] 조율완료(complete tuning)와 함께 정신세계를 빠져나오니 리젯트는 마녀의 힘을 얻은 상태. 둘은 다시 힐다와 단테에게 대적한다. 힐다가 다시 타가를 부르며 결정화가 되려할 때, 기사단과 기사단장 클라우스가 나타나고 이에 힐다와 단테는 물러난다. 클라우스가 리젯트는 마녀가 되었으며 결정화된 마을사람들과 둘을 왕도로 이송하겠다 고하고 서장이 끝나며 오프닝이 재생된다.
3. 1장, 왕도 란베르트
왕도에 도착한 둘은 왕녀에게서 리젯트에게 무슨 일이 일어났는지 설명을 듣는다. 퀄리아가 소녀들에게 깃들어 소녀는 마녀로 각성, 노래를 부를 수 있게 되고, 리젯트는 물의 퀄리아를 받아들여 물의 마녀가 되었다고. 하지만 어째선지 리젯트는 마법은 사용할 수 있지만 노래는 제대로 부르지 못한다. 이유는 알수 없으나, 일단 물의 마녀가 출현한 관계로 힐다에 대항할 계획을 진행시키기로 한다. 그것은 바로 네명의 마녀가 모여서 '사부합창'(콰르텟), 축가(祝歌)를 부름으로써 결정화된 나라와 사람들을 해방시키는 것. 이 계획을 위해 기획된 제9소대에 들기 위해 알토는 입단 시험을 치른다. 시험감독은 러스티와 아치볼트로, 마지막까지 쓰러지지 않고 남은 알토를 제9소대로 받아들이기로 한다. 다음날 러스티에게 왕도를 안내받으며 비앙카 상회, 프란츠 공방을 들르고, 이후 훈련을 겸해 간단한 마물토벌을 치르고 왕도로 귀환, 1장이 종료되며 8개의 보석중 1개가 꺼진다.4. 2장, 바람의 언덕
바람의 마녀가 있다는 남쪽의 작은 항구마을 포트 느와르로 향하기 전, 크라우스는 국보 '가창석'을 받는다. 포트 느와르에 도착한 일행은 유안과 잠시 만남을 가진 뒤, 보난자 촌장에게서 바람의 마녀는 힐다 이상으로 문제가 되어 마을에서 영구추방되었다고 듣는다. 정보가 부족해 곤란하던 차, 유안이 나타나 마녀가 바람의 언덕에 있을 것이란 소식을 듣는다. 하지만 바람의 언덕에서 바람의 마녀는 찾지 못하고 마녀의 사역마만을 만나고 왕도로 돌아온다. 휴식을 취하고 다시 바람의 언덕으로 향한 일행은 캠프를 치고 찾아보기로 한다. 알토는 캠프경비를 하던 중 이상한 병사에게 습격받던 소년 마르코를 구해낸다. 그리고 마을의 파수꾼이라는 소녀 포포를 만나 오두막으로 초대받는다. 하지만 오두막에서 바람의 언덕에서 처음 들었던 방울알람소리와 함께 마물이 나타난다. 바람의 마녀 포포를 도와 마물은 처치했지만 포포는 보난자에게서 마을의 수호를 임명받았다며 왕도로 가기를 거절한다. 이에 일행은 보난자 촌장에게 정보를 캐묻으려 찾아가지만, 포포는 나쁜 마녀이므로 마을을 지키는 것(추가로 바람을 일으키는 노래로 밭을 일구는 일도)으로 자의로 속죄하고 있다고 당당하게 나온다. 정황으로는 보난자를 체포해야 하지만, 알맞은 증거가 없어 왕도로 돌아오게 된다. 유안상회에게서 보난자체포증거를 얻은 기사단은 포트 느와르로 향하지만, 포포에게 기사단 일행이 마을을 습격할것이란 거짓정보를 흘려 포포와 대적한다. '마을을 위해서'라고만 생각하던 포포를 제압하고 보난자를 체포하려 대풍차로 찾아가는데, 그곳에선 바람에 의해 성장하는 마약이 재배되고 있었다. 자신의 잘못에 감정이 폭주하는 포포를 막기 위해 기사단은 포포의 정신세계로 들어간다. 알토는 포포를 설득하여(1. 친구얼굴, 잊어버렸어? 2. 도망치지 마! 3. 이제부턴 우리가 함께 있어.) 조율해내지만 보난자가 준비한 마약중독용병들에게 수적으로 밀린다. 그때 왕녀에게서 받은 가창석이 빛나며 알토는 포포와 앙상블을 펼친다. 합주마법의 힘으로 보난자를 체포하고 일행은 왕도로 돌아온다.5. 3장, 대화(大火)의 축제
포포, 유안과 함께 왕도로 돌아온 알토는 자신의 힘, 지휘자에 대해 설명받는다. 과거에 사람들은 천사들의 숙청을 받아 절멸의 위기에 빠져있었다. 이 위기를 구한 게 레그난트왕국의 선조인 사자왕 제노, 그리고 그의 친우인 영웅 에르크레스트. 압도적인 병력차를 극복한 건 에르크레스트의 지휘자의 힘으로, 이는 마녀들의 마음을 열 수 있는 능력이었다. 그것으로 마녀들을 한데 묶어 신을 진정시켰다. 이후 에르크레스트는 제노에게 가창석을 맡기고 모습을 감춘다고, 왕녀는 숨겨진 역사를 말한다. 그리고 왕녀는 이 힘은 타인을 행복으로 이끄는 힘이라 호소한다. 이후 메디아에게 소개받아 조율의 관에서 마녀들에게 아직 남아있는 마음의 사슬, 부의 감정을 차례차례 조율해 내기로 한다.휴식을 마치고 기사단은 왕국의 속주, 아마츠로 불의 마녀를 받아들이러 떠난다. 아마츠는 대대로 불의 쿼리아를 임의의 소녀에게 물려주어 고우라 화산의 분화를 막아온 곳으로, 이때 부르는 노래로 축제를 성행시켜 왔다. 일행은 무녀이자 불의 마녀인 사쿠야에게 조력을 구하려 하지만, 사쿠야는 화산을 진정시키는 일을 마무리 하고 합류하겠다고 보류한다. 사쿠야의 라이브가 있을 때까지 일행은 축제를 즐기기로 하는데, 알토는 우연찮게 사쿠야의 청초하고 조신한 첫모습과 달리 짜증과 불편함을 숨기지 않는 직설적인 여고생 본성을 보게된다. 대외적으로 본래모습을 감추는 것을 프로의식으로 생각하고 있으며, 알토가 지휘자란 것을 알고는 개인적으로 도움을 줄 것을 요청한다. 사쿠야의 부름에 응해 고우라 화산 입구로 간 알토는 사쿠야가 리젯트처럼 노래를 끝까지 불러내지 못하는 문제를 안고 있음을 알게 된다. 불안을 갖은 채, 알토는 아마츠를 순회하는 사쿠야를 따라다니며 지켜본다. 그리고 친구인 노노카에게 마저 비밀을 숨기는 사쿠야에게 스스로의 가치를 '노래를 완벽하게 불러내는 마녀'에 국한하지 말아달라 설득한다. 정식적인 조율은 아니었지만 노래를 부를 수 있게 된 듯한 사쿠야는 화산을 진정시키는 노래를 해내길 다짐한다. 라이브 당일 사쿠야를 지켜보러 온 기사단은 축제를 즐기지만 사쿠야는 또 다시 노래를 불러내지 못한다. 도망치듯 자리를 떠난 사쿠야를 따라 경내로 들어서는데 복음사도 도로시가 마물들을 이끌고 나타난다. 어째선지 손쉽게 물리쳤다고 생각한 순간, 도로시는 사쿠야를 유괴해 고우라 화산 정상으로 사라진다. 도로시를 따라간 일행은 화산을 막아내지 못하는 자신에게 절망하는 사쿠야의 정신세계에 들어선다. 알토는 사실은 평범한 시골소녀였던 사쿠야의 짐을 덜어주기 위한 조율을 해낸다(1. 너, 사실은 무서웠던거구나 2. 진짜 자신을 드러내도록 해 3. 나는 잘은 모르겠지만... 4. 진짜 너에게, 자신을 가져!). 정신세계를 빠져나온 일행은 알토와 사쿠야의 앙상블로 화산분화를 막아내며 도로시를 제압해낸다. 하지만 도로시를 왕도로 연행하려던 차에, 힐다가 나타나 도로시를 빼어내간다. 아쉬운 마음을 뒤로하고 기사단은 사쿠야, 노노카와 함께 왕도로 돌아온다.
6. 4장, 왕도의 휴일
흙의 마녀만 남은 상황이지만, 서쪽의 영지를 대대로 다스려오던 전대 흙의 마녀는 3년전의 모종의 사건으로 죽게 되었고 흙의 쿼리아만이 어디선가 반응하고 있다고 한다. 정확한 장소를 특정시킬 때까지 대기하면서 휴식을 취하기로 한다. 그러던 어느 날, 알토는 지금껏 만난 마녀들과 다른 노래를 부르는 기억상실 소녀를 만난다. 하지만 쓰러졌다가 정신을 차린 소녀는 제대로 노래를 부르지 못하는 상태였다. 알토는 착각이라 넘기고 수수께끼의 소녀, 마리를 기사단과 함께 생활할 수 있게 도와준다.7. 5장, 신기루에 사라지리
이후 흙의 마녀를 찾아나서는 제 9소대. 다만 이 흙의 마녀는 행방이 묘연한 상황이다. 카시미스탄이라는 사막 도시에 있었지만 그 도시는 3년전에 불타버렸다고. 그러나 사막에서 흙의 마녀가 설치한걸로 추정되는 거대 결계가 발견되면서, 흙의 마녀가 그 안에 살고있을 확률이 높아졌다. 이후 결계에 도착한 이들은 결계에 막혀 들어가지 못하는 줄 알았으나, 알토가 어떻게든 깨트려서 들어오는데 성공한다.키스를 물리치고 진행하자 눈에 들어온 건 어느 캐러밴. 9소대는 이 캐러밴에서 물품 보급을 하려 하지만, 3년전 사건을 기억하는 캐러밴 사람들은 기사단을 거부한다. 결국 얻은 것 없이 돌아왔고, 밤에 알토는 계속 상태가 이상했던 러스티와 술집에서 대화한다. 러스티는 자신의 과거에 대해 이야기하는데, 자신도 그쪽 사막 출신이지만 10살 때 주거지에서 쫓겨나서 쓰레기나 주워먹으며 연명하다 로둘프라는 남자에게 주워졌다고. 로둘프를 따라와 기사단에 입단했지만, 3년 전, 복음사도들을 진압하기 위해 카시미스탄으로 기사단이 갔고, 거기서 총기사단장이었던 로둘프가 배신, 카시미스탄을 불태우고 기사단원들과 민간인을 마구 학살한 후 힐다에게 붙었다고 한다. 이것이 바로 3년 전 사건의 전말.
어찌됐든 다시 캐러밴에 온 일행은 좀 더 정보를 캐내려 하지만 아무도 기사단과는 말을 섞지 않는다. 그러나 이때, 니키와 모르디모르트라는 자매가 이들에게 접촉해온다. 마음이 열려있던 니키는 9소대에게 불탔을 터이지만 멀쩡한 카시미스탄을 보여준다. 그리고 이 카시미스탄에서는 침입해온 로둘프와, 외부인을 근절시키려는 키스가 충돌하고 있었다. 이성을 잃은 러스티는 로둘프에게 돌진하고, 9소대 모두가 복음 사도와의 전투를 준비한다. 그런데 이 와중, 키스는 외부인이라면 모두 쫓아내는 것이 임무라면서 9소대에게도 다시 적의를 드러낸다.
그러나 9소대는 결국 로둘프를 죽이지 못하고, 그는 도주해버린다. 그리고 그를 쫓아가려는 찰나, 알토가 갑자기 강력한 두통을 겪으며 쓰러진다. 그리고 알토는 쓰러졌을 때 모르디모르트와 니키가 불타는 카시미스탄에 있는 광경을 보는데...
며칠 뒤 다시 캐러밴에 방문한 9소대는 니키에게서 모르디를 치료해달라는 요청을 듣고 모르디를 간호하게 된다. 그날 밤, 니키는 자신의 정체를 흙의 마녀라 밝히지만, 곧 로둘프가 나타나고, 뒤이어 흙의 마녀의 고용인이었던 키스가 알토를 기절시키고 니키와 로둘프는 결착을 내기 위해 어딘가로 가버린다. 얼마 후 누군가와 9소대에 의해 깨어난 알토는 모두를 이끌고 니키를 찾아 나서고, 니키와 로둘프의 결투 전에 찾아내는 데 성공한다. 그러나 이때 로둘프 뒤에 나타난 것은 힐다를 비롯한 복음 사도 전원. 9소대의 분투에도 불구하고 니키는 포위당해 죽을 위기에 처하지만, 어디선가 후드를 쓴 여성이 천사를 동반하고 나타나 힐다의 군단을 압도적 화력으로 쓸어버린다. 전세는 9소대 쪽으로 기우는 듯 했지만, 중간에 사라졌던 로둘프가 후방에 출연, 니키에게 치명타를 입힌다. 그리고 니키는 이에 모르디를 돌봐달라는 한마디만을 남긴 채 자폭한다. 결국 임무에 성공한 복음 사도들은 철수하고, 키스는 모르디에게 이 사실을 알리겠다고 돌아간다. 9소대는 실패를 안고 귀환하나 러스티만은 어디론가 가버린다.
얼마 뒤, 9소대는 카시미스탄으로 다시 가려고 하지만 어째선지 결계가 재생성되어 있었다! 이 때문에 알토만이 캐러밴에 도착하고, 여기서 흙으로 언니를 만들려는 정신 나간듯한 모르디와 그걸 바라보는 키스를 만난다. 키스는 자신은 사실 3년 전 선대 흙의 마녀에게 고용되어, 3년분의 급료를 받고 지금까지 일하고 있다고 한다. 그리고 이 때, 주변 공간이 무너져 내리며 캐러밴의 인간들은 흙 괴물로 변하고, 알토는 3년 전 모르디에게 흙의 퀄리아를 맡기고 불타 죽는 니키의 플래쉬백을 보게 된다. 다시 말해, 모르디가 진정한 흙의 마녀였고, 니키와 카시미스탄을 포함해 그곳의 모든 사람들과 건물 등은 다 모르디가 흙으로 만든 가짜였다는 것.
이때 모르디는 폭주해, 알토, 키스, 옆에서 일대일 결투를 하던 러스티와 로둘프, 그리고 9소대까지 모두 모르디의 마음속 세계에 삼켜진다. 폭주 때문에 로둘프는 싸움을 멈추고 후퇴하게 된다. 한편 자신은 여기서 영원히 모두와 함께 살거라고, 없어지면 만들면 될 뿐이라며 현실을 부정하는 모르디. 그러나 알토는 그녀의 마음속에 나타난 니키의 환영과 함께 모르디를 설득시켜 조율에 성공, 마음속 세계에서 다같이 탈출해 동행하게 된다. 한편 키스는 3년 전 급료로 받았던 보검이 사실 6년치 분량이라는 것이 알려짐에 따라, 모르디의 보호역으로 따라와 역시 동료가 된다.
8. 6장, 얼음그림자
9. 7장, 속. 왕도의 휴일
10. 8장, 세상에 울려라, 축복의 노래
== 9장, 끝나는 세계 ===11. 10장, 별의 노래
12. X장, 달
[1] 프롤로그의 남성목소리.[선택지_정답] 1.구하러 왔어. 2.아직 사라진게 아냐. 3.나를 믿어.[스포일러] 이 이벤트에서 보이는 푸른 불꽃이 음파를 내는듯한 이펙트는 알토가 힘을 얻었을 때와 같은 이펙트다.