패시브와 캐릭터 고유 V 스킬을 제외한 나머지 스킬들은 '스킬 큐브'라는 시스템을 통해 스킬이 강화된다. 스킬 큐브는 어드밴스, 익스퍼트, 마스터 단계로 나눠진다. 일반 스킬은 스킬레벨 3, 6, 10에 어드밴스, 익스퍼트, 마스터 순서로 자동 장착되며 결전기는 2, 4, 6레벨에 장착된다. 단, 일부 예외가 있는 스킬도 있다.
마스터 스킬 큐브과 동시에 새로운 스킬 큐브를 추가로 장착할 수 있는 '옵션' 슬롯이 열린다. 옵션 스킬 큐브는 정도연에게 구매하거나 던전을 돌다보면 나오는 미감정된 스킬 큐브를 통해 얻을 수 있다. 미감정된 큐브의 등급에 따라 나오는 옵션 큐브의 종류가 다르다. 자세한 옵션 큐브의 목록은 이 글 참고. 한 번 장착한 옵션 스킬 큐브는 다시 뺄 수 없고 새로운 옵션 큐브를 장착하면 전의 큐브는 사라지므로 주의하자.
일반기 3개를 EX스킬로 진화시킬 수 있고, 패시브 1개와 결전기 1개가 추가된다. EX스킬은 기존 스킬이 최소 10레벨일 때 진화가 가능하며, 10레벨을 넘는 경우엔 SP가 자동으로 반환되지 않아 그 이상의 SP는 버리게 되니 EX스킬로 올릴 때 10레벨로 스킬 레벨을 조정해야 한다. 또한 EX스킬은 1레벨부터 옵션 큐브 슬롯이 열려있다.
스킬 큐브 장착레벨이 일반스킬과는 다르게 어드밴스 2렙, 익스퍼트 5렙, 마스터 10렙이다. 결전기는 어드밴스 2렙, 익스퍼트 3렙, 마스터 6렙이다.