듀터 1기와는 다른 대륙에서, 호전적인 종족 라바르는 오락을 위해 젬나이트들을 공격하고 있었다. 정의롭고 온화한 종족인 젬나이트는 적극적인 방어는 하지 않았지만 공격이 심해지자 결국 공격을 막기 시작한다. 이 싸움과 인벨즈의 사악함을 감지한 바이론들이 지상 세계에 개입하기 시작한다.
그 사이, 타락한 노엘리아가 이끄는 리추어는 안개 골짜기 대습지에 있는 풍부한 자원을 노리고 가스타를 공격하기 시작하고, 가스타는 자신들의 땅을 지키기 위해 싸우게 된다. 그러나 리추어의 진짜 목적은 안개 골짜기의 제단에 잠들어있는 신의 힘을 얻기 위해 공격한 것이었다.
이윽고 인벨즈에 세뇌된 노엘리아는 인벨즈의 봉인을 완전히 해제한다. 이 과정에서 해제하는 데 사용한 금지된 술법인 의수경의 환영술에 의해서 제물로 바쳐졌던 에밀리아가 죽고 사념체로서 노엘리아에게 지배, 사역된다. 이비리추어 거스트크라게는 에밀리아의 육체를 제물로, 이비리추어 메로우가이스트는 에밀리아와 가스타의 신관 무스토의 혼으로 만들어진 것이라고 한다.
겉으로는 인벨즈를 무찌르기 위해서 동맹에 들어간 리추어, 하지만 그것은 모두 인벨즈의 계략. 외부에서는 절대 세뇌가 안 되는 바이론을 세뇌시키기 위해, 인벨즈에 침식된 리추어 노엘리아와 바이론 테트라를 합체, 이비리추어 테트라오우글을 만들어 하나의 네트워크를 공유하는 바이론을 내부에서부터 세뇌시키자는 작전이었다. 이 작전은 완벽히 성공, 바이론의 벨즈화가 진행되어 바이론은 지상 세계를 자신들이 조정하겠다며 난폭해졌다가 바이론 스티그마, 바이론 펜타크로, 바이론 테서랙트의 힘을 합쳐, 바이론 디시그마로 진화한다.
그러던 도중, 벨즈가 깨어나기 시작하고, 자신들의 숙주를 찾으려 안개 골짜기에 남아있던 빙결계 3룡의 시체에 침식하고, 점점 침식을 확대해 죽은 자뿐만 아니라 살아있는 자까지도 감염시키기 시작해, 결국 빙결계 3룡은 벨즈의 완전히 감염되어 버린다. 그리고 결국 이를 보다 못한 별의 기사단, 세이크리드가 강림한다. 열세를 느낀 노엘리아는 빙결계 3룡들의 재부활을 꾀하지만, 벨즈화가 완전히 진행된 3용들은 리추어의 전력이 되지 못하고 이는 무위로 돌아간다.
이비리추어 프슈케로네
이비리추어 지르기가스
이비리추어 리바이아니마
결국 리추어는 인벨즈의 시체를 이용한 의식을 시도했고, 노엘리아는 벨즈에 침식당해 이비리추어 프슈케로네가 된다. 또한 인벨즈 그레즈 또한 이비리추어 지르기가스로의 부활에 성공한다. 리추어 아반스는 리추어의 사혼경을 발견, 리추어 에밀리아를 부활시키려 하지만 실패하고 부작용으로 에밀리아의 혼과 섞여 버려 이비리추어 리바이아니마가 된다.
세이크리드의 유성
벨즈 카스토르
세이크리드 카스토르는 폭주하여 주변을 닥치는 대로 공격하던 이비리추어 프시케로네를 해방하기 위해 자폭 돌격을 감행, 결국 노엘리아를 해방시키는 데 성공하지만 자신도 목숨을 잃는다. 그리고 이 틈을 놓치지 않은 벨즈에게 침식되어 벨즈 카스토르로 변하게 된다.
한편 제정신으로 돌아온 노엘리아는 리추어의 사혼경에 걸려있던 술법을 해제하고 리추어 아반스를 원래대로 되돌린다. 잘못을 깨달은 노엘리아는 의수경의 반혼술로 에밀리아의 소생을 시도하지만 지르기가스가 이를 방해한다. 노엘리아는 자신을 희생하여 그들을 지켰고, 아반스와 에밀리아가 의수경을 물려받는다.
젬나이트 세라피
세이크리드 폴룩스
세이크리드 하와
세이크리드의 초신생
강력한 벨즈 3룡이 날뛰는 데다가 세이크리드 카스토르까지 벨즈가 되어버려 세이크리드는 궁지에 몰리지만, 이때 세이크리드를 돕기 위해 젬나이트가 달려온다. 젬나이트와 세이크리드의 융합으로 탄생한 젬나이트 세라피의 등장으로 세이크리드는 반격에 나선다. 벨즈가 되어버린 카스토르는 벨즈 측에서 혁혁한 전과를 올리다 마침내 동생 폴룩스에게 칼을 겨누고, 서로 호각의 실력을 가졌던 둘은 함께 쓰러진다. 그러자 이번에는 벨즈가 세이크리드 폴룩스까지 침식하려고 하지만 젬나이트 세라피에게 힘을 증폭받은 세이크리드 하와에 의해 그 전에 무사히 소생에 성공한다.
세이크리드는 젬나이트의 지원 속에서 융합의 힘에서 자신들 속에 숨겨진 힘을 깨달아 세이크리드 트레미스M7으로의 융합을 성공하고, 그 융합의 힘과 공명한 젬나이트의 광석들이 합쳐져 젬나이트마스터 다이아가 탄생하여, 세이크리드 & 젬나이트와 벨즈들은 최종 결전을 벌이기 시작한다. 세이크리드 트레미스M7의 가세로 전세는 다시 세이크리드 & 젬나이트 쪽으로 기울고, 마침내 젬나이트들을 중심으로 한 군단이 하급 벨즈들을 싹 쓸어버리는 데 성공한다.
감염된 빙결계의 용 트리슈라, 벨즈 최강의 용 벨즈 우로보로스는 안개 골짜기 습지대 상공에서 세이크리드 트레미스M7과 결전을 벌인다. 그 과정에서 젬나이트 펄은 위기에 처한 트레미스M7을 지켜내고 목숨을 잃는다. 그 격전의 영향으로 습지대 뿐만 아니라 주변 지역까지도 황폐화되는 심대한 피해가 일어난다.
그리고 그 영향으로 이전부터 전란이 일어날 때마다 발생하던 원인불명의 현상이 안개 골짜기에 몰아치고, 이윽고 제단을 향해 모여들었다. 그리고 모든 신풍이 제단으로 흘러들어가자 창성신 sophia가 강림하게 된다. 사실 제단의 뿔 같은 게 sophia의 머리였다.
강림한 sophia는 황폐화된 지상세계를 보고 한탄하며 이 별의 모든 생명을 소멸시킨 후 새로운 세계를 창조하는, 소위 리셋을 시키고자 힘의 행사에 나섰다. 왼손에 담긴 창조의 결정에서는 sophia를 따르는 병사들이 수도없이 만들어지고, 오른손에 담긴 파괴의 결정은 모든 생명을 분해해 소멸시키는 빛을 발했다.
압도적인 힘을 가진 sophia에 의해 전선은 붕괴하고, 세계 멸망은 시간 문제인 듯 하였다. 그때 코어에 입은 데미지가 한계를 넘은 젬나이트마스터 다이아는, 마지막으로 자신의 검을 세이크리드 스피카와 젬나이트 라줄리에게 맡긴다. 최적화를 반복해온 융합의 힘이 깃든 대검의 힘을 받은 라줄리는 자신을 핵 삼아 세이크리드 하와를 제외한 세이크리드 12기사와의 궁극 융합을 시도하였다. 그러자 그 강대한 융합에 sophia가 지닌 창조의 힘이 저절로 이끌려 흡수되었고, 그리하여 신과 동등한 힘을 가진 희망의 전사 세이크리드 솜브레스가 탄생한다.
한편 자신의 의지로 융합에서 빠진 세이크리드 하와는 sophia에게 죽은 빙결계 3용들의 시체를 찾으러 간다. 그들은 다른 벨즈들과는 달리 봉인된 상태로 벨즈에 감염당했기에 아직 생자의 기운은 남아있는 게 아닌가라고 생각했기 때문이다. 세이크리드 하와는 빙결계 3용들과의 융합을 제어를 시도했지만 쉽지 않았다. 이때 아반스와 에밀리아가 의수경의 힘으로 융합을 도와준다. 이로서 강력한 어둠의 힘에 파멸의 힘이 이끌려, 신마저 삼킬 듯한 빛과 어둠의 힘을 가진 전사, 벨즈 케르키온이 탄생한다.
sophia를 격퇴한 이후, 세이크리드 솜브레스와 벨즈 케르키온도 지상에서 모습을 감췄다.아마 그들의 몸 안의 창조의 힘과 파멸의 힘이 그들을 어디론가 이끈 것이리라. 이로서 세계에서 신의 흔적은 완전히 자취를 감추었다. 더 이상 신에 의한 창조도, 파괴도 없는 세상에서 남겨진 사람들은 자신들의 힘만으로 살아가게 된다.
그 뒤, 생존자들은 다시 세계를 부흥시키려 했다. 자원이 풍부한 안개 골짜기의 대습지(가스타의 땅)을 중심으로 부흥이 시작되었다. 그 부흥의 중심에는 옛날 노엘리아에게 교육받았던 가스타와 리추어의 아이들이 있었다. 그들은 어렸을 적 노엘리아에게 받은 지식을 다른 생존자들에게 전파하며 부흥의 원동력이 되었다. 그렇게 서로 협력하며 새로운 세계를 만들어가는 것이었다. 가스타의 희망 카무이도 여기서 생존이 확인된다. 희망이란 이름 자체가 이 결말에서 이어지는 명칭인 것.