1. 메인 스토리
1.1. 1부: 위대한 룬 편
2. 이벤트 스토리1.1.1. 제0장 ZERO CHRONICLE ~죄의 시작~1.1.2. 제8장 ~숙명과 기억이 잠들어 있는 섬~1.1.3. 제11장 ~깊은 어둠 속도 비추는 빛~1.1.4. 제12장 ~동전 한 닢의 인도~1.1.5. 5주년1.1.6. 6주년: Horizon1.1.7. 제15장 ~깊은 상암의 공방~1.1.8. 백과 흑의 장 ~빛과 어둠이 자아내는 미래~
1.2. 2부: 새로운 세계 편1.2.1. 제1장 ~새로운 세계, 새로운 시작~1.2.2. 8주년: Fragment1.2.3. 제2장 ~인도하는 만남~1.2.4. 9주년: LiNK1.2.5. 제3장 ~그것이 모든 것의 끝1.2.6. 제0장 ~그것이 모든 것의 시작~
1.3. 3부: 신역의 프론티어 편1. 메인 스토리
1.1. 1부: 위대한 룬 편
1.1.1. 제0장 ZERO CHRONICLE ~죄의 시작~
1.1.2. 제8장 ~숙명과 기억이 잠들어 있는 섬~
스키엔티아에서 아이리스가 위험에 처하자 그녀를 지켜야 한다는 절박함과 류트가 카일에게 받은 각성의 룬이 공명하여 어둠의 힘을 각성한다. 그러나 아이리스의 마법으로 어둠의 힘을 다루면서도 여전히 본래의 자아를 유지하는 상태. 일단 전투에 돌입하면 각성한 모습으로 변한 뒤 전투가 끝나면 되돌아오는 식. 지모섬을 보면 변화한 일러스트는 각성 모습이고, 평소에는 각성하기 전의 익숙한 모습으로 주로 있는 것.1.1.3. 제11장 ~깊은 어둠 속도 비추는 빛~
드디어 각성하게 된 아이리스와 함께 주인공도 각성을 다시했다.[1]1.1.4. 제12장 ~동전 한 닢의 인도~
1.1.5. 5주년
1.1.5.1. DARK RAGNAROK
1.1.6. 6주년: Horizon
1.1.6.1. Gravity Horizon
1.1.6.2. Crisis Horizon
1.1.6.3. Original Horizon
1.1.7. 제15장 ~깊은 상암의 공방~
1.1.8. 백과 흑의 장 ~빛과 어둠이 자아내는 미래~
아이리스를 구하는 과정에 각성.이 형태로 어둠의 왕을 쓰러뜨렸으며, 어둠의 왕의 힘마저 흡수해냈다.
사후, 에피타프가 주인공에게 심어두었던 자신의 일부[2]와 함께 어둠의 힘을 모두 갈취 및 흡수함으로써 이 형태는 사라지게 되었다.
1.2. 2부: 새로운 세계 편
1.2.1. 제1장 ~새로운 세계, 새로운 시작~
1.2.2. 8주년: Fragment
1.2.2.1. Fragment Versus
파괴의 대행자인 진과의 싸움 도중 각성한 모습.유대를 통해 각성했으며, 이 때 8장에서 주인공이 획득한 각성의 룬이 반응하는 모습을 보였고 일이 끝나고 힘을 소진한 끝에 파괴된다.
1.2.3. 제2장 ~인도하는 만남~
1.2.4. 9주년: LiNK
1.2.4.1. LiNK Horizon
약속의 땅에서 모험 중인 익시아가 검은 엘레노아한테 납치당하자 그녀를 구하기 위해 비행섬 일행들과 함께 엘레노아하고 격돌했으나 익시아를 인질로 삼던 탓에 제대로 공격도 못하고 눈 앞에서 익시아를 잃게 된다.1.2.4.2. LiNK Dragner
에필로그에서 엑셀리아와 게올로그한테 용장의 섬에서 최후의 드래그너 엑셀리아가 죽었다는 것과 거기서 익시아를 목격했다는 소식을 받게 된다.1.2.4.3. LiNK Fragment
룬 드라이버의 안내를 받아 익시아를 찾기 위해 하르모니아 왕국에 도착했으나 망국의 잔불 딜런이 뿌려놓은 마수들 때문에 발이 묶이게된다. 여동생 사야를 찾고 있던 진과 임시 협력으로 마수를 토벌하고 왕궁으로 들어가 마침내 익시아를 발견했지만 그녀를 이용하려는 검은 엘레노아와 격전을 벌이던 중 의도치 않게 그레이엄이 엘레노아를 자극한 탓에 그녀한테 치명상을 입게 되고 그런 검은 엘레노아마저 익시아를 지키다가 사망하는 갑작스런 사태를 받아들이기 어려웠으나 설상가상으로 하르모니아 국왕이 목숨을 잃자 전 국민들이 마수로 변모해 때로 몰려오는 마수들에 의해 사야도 중상을 입는 등 실로 개판 5분 전의 상황이 되버린다.그 상황 속에서 궁지에 몰린 익시아가 에피타프한테 속아 새로운 세계를 창조하는 만행을 지켜볼 수밖에 없었다.
1.2.4.4. LINK NEW WORLD'S
익시아를 이용해 세계를 융합하여 멸망으로 이끄는 에피타프를 막기 위해 익시아의 혼합으로 아이리스와 함께 백과 흑이 하나가 된 이상적인 형태로 각성하여 에피타프와 결전을 벌인다. 거기서 마침내 에피타프한테서 빼앗긴 어둠의 왕의 권능을 되찾아내는데 성공한다.1.2.5. 제3장 ~그것이 모든 것의 끝
1.2.6. 제0장 ~그것이 모든 것의 시작~
파이오스와의 격전 중 초월자인 카일의 무기[3]와 위대한 룬, 어둠의 왕으로써의 힘[4] 모두와 동기화하여 각성한 모습.모두를 지키기 위해 파이오스와 최후의 결전을 펼친다.
파이오스와의 격전 이후 승리했지만 승리하지 못한[5] 상황에 해결책을 찾으며 절망하려던 때에 카일이 해결책을 제시하게 된다.[6] 그 해결책은 주인공을 희생하여 세계를 복구하는 것.[7]
이에 주인공은 살고 싶다고 되뇌이며 두려워하지만, 이내 아이리스를 생각하고 자신이 희생하겠다는 결정을 내린다.
카일의 의식이 진행되는 가운데 주인공의 의식이 흐릿해질 찰나, 여태껏 주인공과 만났던 인연[8]이 주인공의 소멸을 막아내고[9] 주인공의 필사적인 발버둥 끝에 주인공은 죽음이 아닌 결말에 도달했으며 룬 드라이버가 인연의 빛을 발하며 주인공이 살아있다는 것을 확정시킨다.[10]
1.3. 3부: 신역의 프론티어 편
1.3.1. 제1장 OVERSKY:FRONTIER
1.3.2. 제2장 BLOODSKY:DYSTOPIA
1.3.3. 제3장 CLOSESKY:DESTRUCTION
2. 이벤트 스토리
이벤트 스토리는 보통 해당하는 포스타, 한정 캐릭터가 주인공이기 때문에 주인공은 아이리스, 캐트라와 함께 해당 스토리의 주인공을 도와주는 조연으로 나오는데, 별 비중 없이 근처에 마주치기만 하는 등의 겉도는 형식으로 나오거나 아니면 아예 등장하지 않는 경우도 이따금씩 나온다. (제국전기 2 등)하지만 일단 주인공인지라 거의 모든 이벤트 스토리에서 얼굴은 비추게 되니, 워낙 출연이 많아서 역할도 스토리마다 제각각이다. 가챠 캐릭터를 제치고 주인공이 정말 주인공처럼 여겨지는 스토리도 아주 적지만 있긴 하다.[11] 게다가 어둠과 싸우게 되는 스토리라면 주인공도 가세해서 싸우는 경우가 많다.
[1] 11섬 노멀 난이도의 마지막 퀘스트를 진행하기 직전인 상황까지 오면 두개의 퀘스트에서 주인공 → 아이리스 순으로 각성한 뒤 각성한 둘만으로 마지막 퀘스트에서 발아스와 싸우게 된다.[2] 정확히는 대지, 파괴, 유동, 운명, 지혜, 자애의 룬에 심어놓은 것을 다시 가져갈 때에 룬으로부터 분리, 주인공의 내부로 침투하였다.[3] 초월자인 카일의 힘[4] 하얀고양이 프로젝트 세계를 지탱하는 가장 크고 두꺼운 기둥 2개에 세계를 관리하는 초월자의 힘이 합쳐진, 그야말로 세계의 의지를 대변하는 존재나 다름없는 상태.[5] 0으로 비행섬을 제외한 세계 전체를 뒤덮었으며 그렇게 버텨낸 비행섬이 0에 덮히는 것도 시간 문제였기에 로이드 잉그렘 때와 마찬가지로 주인공이 승리해도 세계의 멸망은 막을 수 없는 상황이었다.[6] 카일의 언급으로는 세계가 0이라는 정보 덩어리에 묻히는 바람에 기존의 정보를 불러올 수 없어서 삭제된 것 처럼 보이는 것이라고 한다. 시간이 지나면 완전히 오염되어 되돌릴 수 없겠지만 그 전에 끌어올릴 방법이 있다고.[7] 카일의 언급으로는 상술했듯이 세계를 끌어올려내야 하는데 문제는 그 행위를 위해선 막대한 정보량을 가진 존재가 필요하지만 서사상 그 정도의 역할을 부여받았으며 초월자의 반열에 든 인물은 주인공이 유일하기 때문이라고 한다.[8] 발아스, 스키아즈, 니에르, 유벨, 렘, 켄세이, 시마, 테오, 아벨 등 빛의 세력과 어둠 세력, 바르가 순서대로 등장한다.[9] 이 때 주인공을 대신할 수 있는 이유가 드러나는데, 이들은 이미 섭리로부터 명받은 역할을 해내었기 때문에 정보의 잔재들로써 주인공의 대체가 될 수 있었다고 한다.[10] 다만 카일의 언급[12]으로 봤을 때 아이리스와 다시 만나는 여정은 상당히 오랜 시간 동안 힘든 길이 될 것이다.[11] 쉐어하우스 이벤트가 대표적.