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원용덕 ||<width=20%>
조흥만 ||<width=20%>
전이호 ||<width=20%>
김재현 ||<width=20%>
전이호 ||
초대
원용덕 ||<width=20%>
제2대
조흥만 ||<width=20%>
제3대
전이호 ||<width=20%>
제4대
김재현 ||<width=20%>
제5대
전이호 ||
| 제6대 이강대 | 제7대 이찬영 | 제8대 정만교 | 제9대 이인호 | 제10대 정수남 |
| 제11대 김익순 | 제12대 최춘호 | 제13대 박승만 | 제14대 김정규 | 제15대 라흥도 |
| 제16대 윤장근 | 제17대 김만기 | 제18대 김진기 | 제19대 조명기 | 제20대 이동노 |
| 제21대 박희용 | 제22대 허신 | 제23대 최석립 | 제24대 신윤희 | 제25대 서철수 |
| 제26대 손태진 | 제27대 김영덕 | 제28대 류순곤 | 제29대 조래원 | 제30대 김보영 |
| 제31대 조래원 | 제32대 김보영 | 제33대 김시천 | 제34대 유외수 | 제35대 이정 |
| 제36대 한성동 | 제37대 홍종설 | 제38대 윤종성 | 제39대 승장래 | 제40대 백낙종 |
| 제41대 이종협 | 제42대 이재섭 | 제43대 이태명 | 제44대 전창영 | 제45대 박헌수 |
| ※ 명칭 변천 : 헌병총사령관 (초대) ▸ 국방부 합동조사대장 (2 ~ 11대) ▸ 국방부 조사대장 (12 ~ 24대) ▸ 국방부 합동조사단장 (25대 ~ 35대) ▸ 국방부 조사본부장(36대 ~ 현임) | ||||
| ※ 계급 변천 : 대령 (3, 5~8, 10, 12, 14, 15, 20~22, 28, 34, 42대) ▸준장 (2, 4, 9, 18~19, 25, 29~30, 43~ 현재) ▸소장 (11, 13, 16~17, 23~24, 26~27, 31~33, 35~41대) ▸ 중장 (초대) | ||||