프로빈스타운 보스턴 항공은 매사추세츠주 프로빈스타운에 본사를 둔 지역 항공사였다. 이 항공사는 1984년 11월 10일에 연방 항공 안전 규칙을 위반하여 운항이 중단되었으며, 11월 25일에 운항을 재개했다.
사고기는 1981년 10월에 구입된 EMB-110 쌍발 터보프롭 지역 여객기였으며 사고 당일까지 5662시간의 운항 시간과 7,858회의 이착륙 기록을 누적했다.
기장은 1974년에 고용된 34세의 토마스 애시비(Thomas Ashby)였으며 사고 당시 그는 약 10,000시간의 비행 시간을 누적했고 그 중 약 400시간은 EMB 110에서 비행했다. 부기장은 1984년에 고용된 25세의 루이스 페르난데스(Louis Fernandez)였으며, 약 3,000시간의 비행 시간을 누적했고, 그 중 500시간은 EMB 110에서 비행했다.
NTSB 조사관들은 수평 안정판이 사고기에서 분리되어 충돌 지점에서 약 335m 떨어진 곳에 박혀있는 것을 발견했다. 꼬리 원뿔 부품과 배쪽 지느러미도 분리된 위치 근처에서 발견했고 좌우 승강타는 힌지 브래킷의 균열로 인해 수평 안정판에서 분리되었다는 사실도 알아냈다. 그 결과 NTSB의 조사와 분석은 구조적 분해의 순서와 이유를 결정하는 데 주로 집중했다.
EMB 110에 조종실 음성 기록기와 비행 데이터 기록기가 없어 NTSB가 사고를 조사하는데 난항을 겪게 됐다. 1039편 사고 당시, 연방 항공청은 멀티 엔진 터보프롭 여객기에 CVR/FDR을 설치하도록 제안하는 규칙 제정 통지를 발표했지만, 아직 규정이 법으로 제정되지 않았다. NTSB는 "FDR과 CVR을 설치하면 이 사고의 원인에 대한 중요한 단서를 제공하고 재발을 방지하기 위해 필요한 조치를 시정할 수 있었을 것"이라고 결론을 내렸다.
NTSB는 1986년 6월 24일에 최종 보고서를 발표했다. 최종 원인은 다음과 같다.
미국 국가 교통 안전 위원회는 이 사고의 가능한 원인이 엘리베이터 제어 시스템 또는 엘리베이터 트림 시스템의 오작동으로 인해 비행기 피치 제어 문제가 발생했다고 판단했습니다. 비행 승무원이 피치 제어 문제를 해결하기 위해 반응하면서 왼쪽 엘리베이터 제어 막대에 과도한 응력이 가해져 엘리베이터가 비대칭적으로 처지고 수평 안정 장치 부착 구조가 과도한 응력으로 고장났습니다. 안전 위원회는 피치 제어 시스템의 정확한 문제를 파악할 수 없었습니다.미국 국가 교통 안전 위원회 공식 보고서 중