전역 후에는 1953~56년까지 독도의용수비대를 결성해 이끌었으며 독도 대첩 당시 전투를 성공적으로 지휘해 일본해상보안청의 침공을 격퇴시켰다. 자세한 내용은 독도의용수비대와 독도 대첩 문서 참고. 이때의 공로로 1966년에 5등 근무공로훈장을 받았다.
이후에도 독도는 대한민국의 땅임을 알리며, 경상북도에 독도개발계획서를 내는 등 꾸준히 독도 수호 운동을 진행했다. 하지만 박정희 정부는 그의 활동이 일본과의 관계에 악영향을 준다고 부담스럽게 여겼고, 결국 1974년 중앙정보부에 끌려갔다. 부인 박씨에 따르면 다시는 글을 못 쓰게 오른손까지 부러뜨렸다고 한다. 심지어 이후 들어선 전두환 정부에서도 체포되어 고문을 당했다. # 하지만 북한은 전쟁이후 독도의용수비대장, 참 장하다 하고 찬양을 했다고....
말년에는 폐암 치료를 받으며 잡지에 글을 연재하기도 하다 1986년 서울중앙보훈병원 병상에서 사망했다.
사후에는 2005년 독도의용수비대 지원법이 제정되면서 홍순칠을 포함한 의용대원 모두 국가유공자가 되었으며, 1996년 보국훈장 삼일장을 추서받았다.