게임을 1회 클리어하면, 나나 그레이가 생존하는 베타 엔딩(beta ending) 루트를 고를 수가 있다. 베타 엔딩 루트에서는 일부 스토리 미션의 중간중간에 새로운 대화 장면이 몇 개 추가된다. 다음은 베타엔딩 루트에서 추가 혹은 변경되는 대화 이벤트들.
1-2. 제네레이터를 파괴해라 제네레이터를 파괴한 후 거대 아머먼트의 습격을 받았을 때, PSS 대원을 도와줄지 말지에 대한 선택지가 추가된다. 여기서 도와준다를 선택하면 베타엔딩 루트를 타게 된다. 원래 스토리에서는 여기서 PSS 대원 중에 라스와 대리가 죽지만, BRS가 도와준 덕분에 두 사람은 무사히 살아남게 된다.
2-1. PSS 커뮤니케이션 베이스캠프를 둘러보면 라스와 대리도 있다. 여기서 라스에게 대화를 걸면, 라스가 BRS에게 북극곰 봉제인형을 건네준다. 라스가 말하길, BRS가 잠들어있던 트레일러 트럭에서 주운 것이라고 한다. BRS는 그 곰인형이 뭔지 기억하지 못하지만 일단 갖고 있기로 한다.
3-4. 크리티걸 트러블 말리온과의 마지막 대화 장면. 노아 프로젝트에 대한 얘기를 끝마친 후, 말리온이 BRS가 갖고 있던 곰인형을 보더니 그 곰인형은 음성 메세지를 저장하는 기능이 있다고 말해준다. 그러면서 곰인형에 패스코드를 입력하면 깁슨 박사가 남긴 음성 메세지를 들을 수 있을 거라고 알려준다. 허나, BRS는 곰인형의 패스코드가 뭔지 기억해 내지 못하고, 게다가 패스코드를 입력하는 방법도 몰랐다.
3-5. ………… BRS와 나나가 함께 떠나기 직전, 갑자기 나나가 집 안으로 들어가더니 어느 곰인형을 들고 나온다. 나나 역시 BRS처럼 깁슨 박사로부터 곰인형을 받았던 것. 그러나 나나도 곰인형의 패스코드가 뭔지 모른다고 한다.
4-2. 나나, 애매한 기억 숲 속에서 길을 잃어 잠시 냇가에서 쉬고 있던 BRS와 나나. BRS는 잠시 자신의 곰인형을 물끄러미 쳐다보는데, 그걸 보면 나나는 "그거(곰인형), 그레이들은 모두 갖고 있어. 깁슨 박사가 준 거거든." 이라고 말해준다. 그러면서 곰인형에 패스코드를 입력하는 방법을 알려주지만, 두 사람 모두 패스코드가 뭔지 몰라서 음성 메세지를 듣지는 못한다. 그래도 BRS는 그레이들이 모두 공평하게 곰인형을 선물 받았다며 기뻐하고, 나나 역시 속으론 무척 기뻐했으면서 겉으론 별로 기쁘지도 않다며 츤츤댄다. 츤데레!!!
4-5. 엄마와 거짓말과 위험한 덫 LLWO가 쓰러진 후, 나나는 BRS를 기절시킨 채 홀로 어딘가로 사라진다. 나나가 떠난 뒤, BRS는 UFF 기지 안에 있던 컴퓨터를 한번 뒤져보다가 우연히 곰인형의 패스코드에 대해 알아낸다. BRS는 자기 곰인형에 패스코드를 입력해 음성 메세지를 듣는다. 깁슨이 남긴 메세지는 다른 자매들에게도 이 패스코드를 알려달라고 부탁하는 내용이었다.
5-3. 리틀 옵스터클 등장 나나를 구하기 위해 적진을 돌파하던 BRS는 나나가 떨어트린 곰인형을 발견한다. 그리고 나나의 곰인형에 담긴 음성 메시지를 들은 BRS는 "잘 됐어, 나나." 라며 기뻐한다.
6-2. 얼티밋 원 BRS는 마침내 아머먼트에게 붙잡혀 끌려가던 나나와 만난다. BRS는 나나에게 깁슨 박사가 남긴 음성 메세지의 존재에 대해 알려주고, 그걸 들은 나나는 총으로 공격해 아머먼트한테서 빠져 나온다. BRS가 아머먼트를 처리한 후, 두 사람은 같이 깁슨 박사가 나나에게 남긴 메세지를 듣는다. 메세지를 다 들은 나나는 기쁨의 눈물을 흘리며 다시 삶에 대한 의지를 갖게 된다. BRS는 나나에게 여기서 기다려 달라고 부탁하고, 나나는 그러겠다고 답한다. 그리고 WRS와의 최종결전 후, BRS는 약속대로 자신을 기다리고 있던 나나와 함께 지구로 돌아간다.
엔딩 UFF 기지에서 BRS와 나나가 함께 컴퓨터 앞에 서 있다. 그리고 엔딩크레딧이 흐른 뒤, 설원에서 두 사람은 북극곰 한쌍이 뛰어놀고 있는 걸 함께 지켜본다. 잘 됐군~ 잘 됐어~.
각 스테이지 마다 하나씩 존재한다. 그러므로 총 6개 존재. 해당 스테이지의 스토리 미션을 전부 클리어하면 출현한다. 미션은 적들과 싸우면서 최심부까지 가서 BOSS를 쓰러트리는 단순한 내용이다. 스토리 진행과는 전혀 상관없지만, 레코드를 달성하려면 꼭 클리어해야 한다. 그리고 이 HUNT 미션과 관련된 레코드를 달성하면 갤러리에서 설정화, OST, 영상 항목이 개방되기 때문에 한번쯤 도전해 볼 가치는 있다.
STAGE1. 프리 헌팅
미션 달성조건
최심부의 BOSS 격파
특기사항
골든 던은 BRS의 기억을 불러 일으킨다
브리핑
스테이지 1, 프리 미션. 이 도시에는 수많은 적 아머먼트가 있어. 기억을 더듬어 전투 수련을 쌓는 쪽이 좋을려나…. (from BRS)
STAGE2. 프리 헌팅
미션 달성조건
최심부의 BOSS 격파
특기사항
골든 던은 BRS의 기억을 불러 일으킨다
브리핑
스테이지 2, 프리 미션. 바이크는 처음으로 운전해보지만, 제법 잘 한 것 같아. 기억을 더듬어서 한번 더… 어떻게 할까… (from BRS)
STAGE3. 프리 헌팅
미션 달성조건
최심부의 BOSS 격파
특기사항
골든 던은 BRS의 기억을 불러 일으킨다
브리핑
스테이지 3, 프리 미션. 여기는 춥고 쌀쌀해…. 그래도, 잊으면 안 되는 것이 많이 있어. (from BRS)
STAGE4. 프리 헌팅
미션 달성조건
최심부의 BOSS 격파
특기사항
골든 던은 BRS의 기억을 불러 일으킨다
브리핑
스테이지 4, 프리 미션. 커다란 숲… 여기서 나는 엄마를 느꼈어. 싱 러브…, 나나 그레이…, 나는…. (from BRS)
STAGE5. 프리 헌팅
미션 달성조건
최심부의 BOSS 격파
특기사항
골든 던은 BRS의 기억을 불러 일으킨다
브리핑
스테이지 5, 프리 미션. 거대한 기지에 강력한 적…. 나나를 지키기 위해서 좀 더 강해져야만 해. (from BRS)
STAGE6. 프리 헌팅
미션 달성조건
최심부의 BOSS 격파
특기사항
골든 던은 BRS의 기억을 불러 일으킨다
브리핑
스테이지 6, 프리 미션. 여기가 최후의 장소…. 모든 것의 기억은 여기에서, 모든 것의 끝도 여기에서. (from BRS)
게임 스토리를 1번 클리어한 후부터 등장하는 번외 미션들. 말그대로 번외 미션이라 본편의 분위기와 달리 상당히 가볍고 코믹한 내용들이 많이 들어있다.
스테이지 1에서 5까지는 총 30개의 미션이 있다. PSS 관련 미션 3개, 나나 관련 미션 3개, 그리고 사도(이성인) 관련 미션이 한명당 4개씩 총 24개, 이걸 다 합해서 30개가 된다. 그리고 스테이지 6에선 최종 EXTRA미션과 추가 에피소드 영상들이 있다.
PSS 관련 미션들은 스토리를 한 번 클리어한 후에 개방되고, 나나 관련 미션들은 베타 엔딩 루트를 클리어한 후에 개방된다. 그리고 PSS와 나나 미션을 전부 클리어하면 WRS의 영상[4]이 나오면서 이성인들과의 미션들이 개방되기 시작한다.
추가 에피소드는 총 9로, 각 에피소드와 관련된 인물의 미션들을 다 클리어되면 해금된다. 이 추가 에피소드들은 하나같이 다 기존의 캐릭터성이 망가질 정도로 코믹한 내용이 많다. 해당 캐릭터의 의외스러운 일면을 볼 수 있을 것이다. (단, PSS 관련 에피소드는 제외. 그거 하나만 내용이 진지하다.)
[1] 작전명은 포보스가 지었다. 포보스가 어렸을 때 봤던 TV프로그램 이름이라고 하며, 거기서 발연통을 쓰는 장면이 나왔다는 이유로 이번 작전명에 사용한 것이다. 알렉세이는 왠지 시시한 TV프로그램일 것 같다고 말하는데, 포보스도 그걸 부정하지는 않았다.[2] 작전명은 말리온이 지었다. 포보스가 '피기 닌자'란 작전명은 너무 흐리멍덩하니까 다른 이름으로 바꾸자고 제안하는데 잠깐 당신이 지은 이름이잖아, 이에 말리온이 나서서 '마천루 캠퍼'라고 명명했다. '마천루 캠퍼'는 맨해튼 이스트를 배경으로 한 영화 이름으로 1972년에 제작되었다고 한다. 근데 말리온은 멤버들한테 잡담 금지라고 명령했으면서 자기는 BRS한테 영화 얘기나 하면서 잡담을 늘어놓는다. 이에 멤버들이 태클을 걸자, 말리온은 작전과 관련된 정보니까 문제 없다고 주장한다. 아니 이 양반이....[3] BRS이 로스콜한테 작전명이 뭐냐고 물어보는데, 로스콜이 딱히 생각해놓은 게 없다고 하자 BRS가 "tally-ho"라고 명명했다. 포보스가 자꾸 tally-ho라고 말하는 걸 듣고는 이렇게 이름 지었다. BRS가 듣기에는 tally-ho라는 어감이 재미있는 모양.[4] 달의 궁전에서 WRS와 이성인들이 총집합해 있는 영상이 나온다. 그리고 여기에서 WRS의 대사, "이야기는 끝났다. 허나, 아직 게임은 끝나지 않는다. 봐라! 싸움의 불꽃은 타오르고 있다. 자, 다시 게임을 시작하지. 즐겨 보아라, 이것은 EXTRA다!"