호텔 홈페이지에는 역사가 나와있지 않아 확인할 수 없지만 최소 1970년대, 그 이전에 개관했어도 1960년대에 개관한 호텔로 추정된다.[1] 개관당시 명칭은 가야호텔이었으며, 가야관광호텔로도 불렸다. 2017년 9월 리모델링 공사를 해 가야라트리호텔로 명칭을 변경했다.
서울시의 유명 호텔은 아니지만 앞에 남영동 대공분실이 있어 알려진 호텔이다. 2006년 박종철 19주기에서 인권연대 사무국장은 남영동 대공분실로 연행된 연행자 수가 너무 많으면 가야호텔도 빌려쓰기도 했었다고 전하기도 했다. 이것이 실제로 있었다면 남영동 대공분실 뿐만 아니라 가야호텔에서도 수사관에 의한 고문이 있었을 것으로 추정된다.[2]
[1] 다만 현재 호텔 건물의 건축물대장을 열람해 보면 건물은 1985년 9월에 완공된 것으로 나온다.[2] 이 당시는 여관이나 호텔에서 수사하는 경우도 많았다. 호텔수사가 이뤄지던 시기다.