남국소년 파푸와군

파푸와들이 배를 타고 제1파푸와섬을 떠난지도 4년이 지났을 무렵. 「푸른 비석」에 의해 오랜 잠에서 깨어난 고타로가 감마단 본부를 빠져 나간다. 혼자 보트를 타고 바다로 향하던 고타로는 이윽고 큰 소용돌이에 휩쓸려 삼켜지고 만다. 그리고 가까스로 도착한 곳은 제 2 파푸와섬.. 곱바로 파푸와 군들에게 발견된 고타로였지만 이미 기억상실증에 걸린 상태였다. 수호인으로 파푸와 군과 함께 생활하고 있던 전 감마단 특전부대 리키드는 고타로를 알아보고 경악한다. 고타로는 「비석안」의 소유자로 4년전, 제1파푸와섬을 붕괴시켰던 장본인이었던 것이다. 그 힘이 폭주하는것을 두려워한 리키드는 고타로가 기억상실상태인 점을 이용하여 마음대로 이름을 「로타로」라고 개명한다. 조금 의문을 느끼면서도 「로타로」라고 불리게 된 고타로는 이토 군, 탄노 군 등의 이상한 섬 생물들에게 당황하면서도 파푸와 군들과 친구가 되어 간다. 그런 「로타로」를 되찾기 위해서 신생 감마단의 몇몇이 파푸와섬에 상륙한다. 거기에 전 감마단 특전 부대에, 감마단의 라이벌인 심전조 멤버들까지 더해져 제2파푸와섬은 또 다시 소란스러워지는데....