1. 2014-15 시즌
14-15 시즌 초반에는 부동의 스트라이커 카를로스 테베스와 페르난도 요렌테에 밀려 교체 멤버로 뛰다가, 9월 본인의 3번째 교체 출전 경기에서 데뷔골을 기록하였다. 시즌 전반기의 성적은 총 4득점.
그리고 2015년이 되자 포텐이 터졌다. 리그에서 4경기를 풀타임으로 소화하며 2골을 추가하면서 선배인 페르난도 요렌테와 득점이 같아졌다. 그리고 찾아온 UEFA 챔피언스 리그 16강 보루시아 도르트문트와의 맞대결에서 모라타는 13분 카를로스 테베즈의 선취골을 어시스트한 데 이어 42분 폴 포그바의 낮은 크로스를 그대로 골문으로 밀어넣으며 팀의 2:1 승리의 주역이 되었다.
비록 홈 경기이긴 했어도, 유벤투스 FC의 8강 진출에 어느 정도 숨통을 트여주었으며 4강전 자신의 유스 시절 친정 팀인 레알 마드리드 CF와의 1차전에서도 준수한 활약으로 1골을 넣으며 팀의 2:1 승리를 이끌었다. 그리고 2차전 레알 원정에서 0:1로 지고 있던 상황에서 동점 골을 넣어 팀을 12년 만에 결승에 진출시켰으며, 1차전에 이어 2차전에서도 친정 팀에 비수를 꽂았다.
그리고 대망의 챔피언스리그 결승, 트레블에 도전하던 유벤투스와 바르셀로나와의 결승전 경기에서 극초반 라키티치의 골로 1:0으로 뒤지고 있던 후반 9분, 테어 슈테겐이 테베스의 슈팅을 쳐내 루즈볼 상황이 되자 모라타가 침투해서 동점 골을 넣었다. 비록 수아레스와 네이마르의 골로 3:1 패배, 준우승으로 끝났지만, 그간 유벤투스가 유럽 대항전 중요 고비마다 경기를 끝내지 못하고 우물쭈물하다가 탈락하는 패턴을 모라타가 극복해 줬다는 점에서 매우 긍정적인 시즌이었다고 할 수 있겠다.
해당 시즌 챔피언스리그에서의 활약으로 UEFA 챔피언스 리그 시즌의 스쿼드에도 올랐다.
2014/15 시즌: 46경기 15골 5도움
| 대회 | 경기 | 선발 | 교체 | 득점 | 도움 |
| 세리에 A | 29 | 11 | 18 | 8 | 5 |
| 챔피언스 리그 | 12 | 9 | 3 | 5 | 0 |
| 코파 이탈리아 | 4 | 2 | 2 | 2 | 0 |
| 수페르코파 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| 합계 | 46 | 22 | 24 | 15 | 5 |
2. 2015-16 시즌
2015-16 시즌 들어서는 리그 개막 전에 부상을 입은 후, AS 로마와의 리그 2라운드에서 교체 출장하면서 부상에서 복귀하였다.
이후 UEFA 챔피언스리그 조별 리그 1차전 맨체스터 시티 FC 원정 경기에서는 후반전에 그림 같은 왼발 감아차기 중거리 슛으로 골대를 맞고 들어가는 역전 골을 성공시키면서 팀의 값진 승리를 이끌었다. 여담으로 이 골은 이후 챔피언스리그 오프닝 영상에 쓰인다.
세리에 A 4라운드 제노아 원정 경기에서는 선발 출장하였지만, 경기 시작 후 얼마 지나지 않아 복근에 통증을 호소, 로베르토 페레이라와 교대되었다.
챔피언스 리그 조별 리그 2차전 세비야 FC 홈 경기에서는 전반 41분, 안드레아 바르잘리의 황금 크로스를 그대로 머리로 갖다대며 결승 헤더를 기록했다.
12월 11일, 팀과 2020년까지 재계약을 맺으며 사실상 레알 마드리드 CF로 복귀할 의사는 없는 것으로 보인다. 다만 전반기가 끝나가는 가운데 리그에서 15경기 1골이라는 부진한 성적을 거두고 있다.
그러나, FC 인테르나치오날레 밀라노와의 코파 이탈리아 준결승 1차전에서 두 골을 기록하며 팀의 3:0 승리를 이끄는 등, 살아나는 기색을 보이더니, 이어진 리그 키에보와의 경기에서도 두 골을 뽑아내는 괴력을 발휘하며, 작년 시즌의 모습을 되찾아냈다.
챔피언스 리그 16강 1차전 FC 바이에른 뮌헨과의 홈 경기에서는 팀이 1-2로 밀리는 가운데 스투라로의 동점 골을 어시스트하며 2-2 무승부에 기여했다.
그리고 2차전 원정에서 최고의 경기력을 보여줬다. 특히 역습 상황에서 엄청난 드리블로 뮌헨의 수비수들을 제치고 후안 콰드라도의 골을 어시스트하는 장면은 이 경기 모라타 활약의 백미. 대단한 활동량으로 끊임없이 바이에른의 수비진을 괴롭혔고, 1-0에서 노이어의 실수를 놓치지 않고 침착히 골을 집어넣었지만 오프사이드로 무산되는 모습도 있었다. 이런 모라타의 활약과 탄탄한 수비로 유벤투스는 전반전을 2-0 우세로 마치며 8강 진출에 가까워졌었다. 후반전에도 활발하게 뛰어다닌 모라타는 위협적인 찬스를 만들어내었지만 아쉽게 골로 연결하지 못했다. 그렇게 시간이 흘러가다 후반 71분, 아직도 2-0이 유지되고 있는 상황에서 알레그리 감독은 이 점수를 굳히기 위함과 동시에 모라타의 지구력을 걱정했는지 모라타를 빼고 활발한 수비 가담이 돋보이는 마리오 만주키치를 교체 투입하는 결정을 내린다. 그러나 이 결정은 결과적으로 악수가 되었으니, 만주키치는 부상으로 제 컨디션이 아니기도 했지만 최악의 경기력을 보여줬고, 뒷공간을 위협하는 모라타의 존재가 없어지자 바이에른은 더더욱 공격에 집중할 수가 있었다. 결국 유벤투스는 모라타가 나간지 1분만에 레반도프스키에게 실점하며 1-2 추격을 허용했고, 후반 추가 시간을 버티지 못하고 토마스 뮐러에게 통한의 동점 골을 실점했다. 그리고 연장전에서 지구력 방전과 함께 2골을 추가로 내주며 2-4로 패배해 16강에서 탈락하고 말았다. 이날 뛴 유벤투스 선수들중 가장 빛나는 활약을 했다고 봐도 과언이 아니었지만 결국 팀은 거짓말 같은 역전패를 당하며 탈락했으니 매우 안타까울 따름.
비록 챔스에서는 16강에 그쳤지만 모라타는 유벤투스의 세리에A 5연패에 공헌하였다. 이어 AC 밀란과의 코파 이탈리아 결승전에서 연장전 투입된 지 2분만에 결승골을 넣어 유벤투스의 더블에 결정적인 활약을 하였다.
한편, 시즌 막판 레알 마드리드가 모라타의 바이백을 사용할 것이라는 소식이 들려왔다. 모라타의 바이백 조항은 공식전 25% 미만 출장시 20M, 25-50% 출장 시 25M, 50% 이상 출장시 30M 유로로 되어 있는데, 이번 시즌 모라타는 50% 이상 출장하여 레알이 바이백을 사용하면 30M 유로로 재영입하게 되는 것이다. 참고로 모라타의 바이백은 본인 의사와는 관계없이 레알이 바이백을 사용하면 무조건 레알로 돌아와야 하는 조항이 달려 있다. 보통은 바이백을 사용해도 선수 의사에 따라 거절할 수 있는데 모라타 본인이 유벤투스로 이적을 강하게 원했기에 강제성을 띄는 바이백 조항에 합의하게 되었다. 레알이 모라타를 재영입한 다음 돈이 많은 PSG 및 EPL 클럽들에게 팔아넘겨 차익을 챙길 수도 있는 셈. 그렇기 때문에 모라타의 차기 행선지로 PSG와 아스날, 아틀레티코 마드리드 등이 거론되고 있으며, 이 중 아스날은 제이미 바디로 타깃을 변경하며 사실상 나가떨어진 상태. 물론 유벤투스도 모라타의 바이백 조항 삭제를 위해 레알과 협상하려고 하지만 현 상황에서는 어려울 것으로 예상된다.
2015/16 시즌: 47경기 12골 9도움
| 대회 | 경기 | 선발 | 교체 | 득점 | 도움 |
| 세리에 A | 34 | 16 | 18 | 7 | 7 |
| 챔피언스 리그 | 8 | 6 | 2 | 2 | 2 |
| 코파 이탈리아 | 5 | 4 | 1 | 3 | 0 |
| 수페르코파 | - | - | - | - | - |
| 합계 | 47 | 26 | 21 | 12 | 9 |