1. 규정 준수를 빙자한 괴롭히기
위키백과의 여러 규정은 참여와 문서의 양적, 질적 발전을 이뤄내기 위한 수단적 성격의 장치이다. 이 규정은 영어 위키백과의 막대한 규모와 편집인 수, 그리고 분쟁을 거쳐 체계화 되었고 이를 한국어 위키백과에서는 별다른 비판 없이 가져다 쓰고 있다. 문제는 이러한 정교한 규정과 체계가 선순환적인 측면이 아니라 자신의 입맛에 맞지 않는 유저들의 편집을 탄압하기 위한 수단으로 악용되고 있다는 것이다.대표적인 것이 저작권 정책을 들어 신문기사의 내용을 인용하는 것을 '저작권 위반'이라고 꼬투리 잡는 것이다. 주로 정치적으로 마음에 들지 않는 편집을 하는 사용자를 공격하는 데에 사용된다. 보통 정치적 이슈는 그 시기가 근접한만큼 서적이나 학술문헌보다는 미디어나 웹페이지의 보도기사로부터 문서를 작성할 수밖에 없다. 문제는 이렇게 보도기사의 문장을 가져 온 것을 "기사 내용을 무단전재 하여 저작권을 침해했으니 해당 편집부분을 지워라."라고 압박한다는 것이다. 실제로 모 정치인 문서의 '비판' 섹션이 이러한 이유로 반달에 가깝게 통으로 삭제된바 있다. 물론 원리원칙대로 따지자면 기사 본문을 거의 고치지 않고 그대로 쓴 것이 저작권 침해가 될 소지는 있다. 그러나 문장을 적절하게 고치거나 내용을 요약하여 카피 분위기가 나지 않게 고치도록 조언을 해주는 것이 아니라 그저 상대의 편집행위를 중단시키고 의욕을 상실시킨다는 것이 문제이다. 비슷한 잣대를 적용하면 통으로 날려버려야 할 문서들이 수두룩하게 많지만 정치적 시각 등의 문제로 인해 문제제기되지 않는 문서들도 있다.
2. 관리자 및 사무관 재임기간 문제 및 부족한 정책
관리자 및 사무관 층은 이미 초창기 때 들어온 관리자들로 시작해 최근에 들어온 관리자까지 있으며, 관리자 및 사무관 유지기간은 따로 없다. 즉, 한번 관리자가 되면 1년에 2~3번씩만 나타나도 관리자 권한을 유지할 수 있으며, 1년 이상 나타나지 않아도 해임되지 않는다.관리자들은 오랫동안 활동은 하였으나 정작 이런 관리자들은 기술 부분에서만 열심이지, 다른 문서들에 대한 기여는 크게 적다. 문제는 관리자로서의 직무도 소홀하다는 점인데 꼭 기술적인 문제로 관리자에게 요청을 하려 하면 응답이 늦거나 아니면 씹는다. 이러한 이유는 관리자들은 자기 생활이 있기에 24시간 상주할 수 없기 때문이다. 사실, 보통 사건이 터지면 관리자가 모든걸 덤터기 써버리거나, 아님 싸움에 휘말려 두쪽에게 공격당하는 동네북적인 모습이 사실 더 크다(....) 이는 최소한의 기본도 하지 않으면서 관리자가 모든 십자가를 지는 것이 당연하다고 생각하는 유저들 개개인의 수준 문제도 한몫하기는 한다.
사실 위키백과는 명시적으로 관리자 숫자를 제한하고 있지 않으므로 관리인력이 부족하다고 판단하면 스스로 관리자 자리를 자원하면 그만이다. 관리자 자격에 허들은 높은 편이지만(3개월 이상 기여, 1000회 이상 기여) 인재가 부족하지는 않다. 다만 당선 요건이 엄격하고(75% 이상 찬성, 찬성이 반대보다 20표 이상), 투표할 때 해당 후보자에게
또한 여러 분쟁이 발생하면 그 것을 판단할 수 있는 여러 정책 및 지침이 필요한데 그것이 아직 많이 부족하거나 또는 큰 틀 수준에서만 머무르고 있어 분쟁 해결에 큰 도움을 주지 못하고 있다. 대표적으로는 저명성 문제가 가장 큰 논란이 되고 있고, 이에 대해서는 몇 개의 저명성 정책을 통과시키긴 했지만 아직 부족한 점이 많다.
일부 정책은 가장 큰 규모인 영어 위키백과에서 따온 경우가 많아 한국어 위키백과 실상과 맞지 않는 경우도 있다. 이 때문에 이에 대한 정책 조정이 이루어져야 하지만 워낙 토론에 참여하는 사용자가 적어 이러한 토론이 한번 시작되면 몇개월이고 지속되는 경우가 많다는 것이다.
3. 일부 관리자의 규정 오독/오해
일부 관리자들이 위키백과 규정(정책/지침)을 오독하거나 오해하여 마음대로 완장질을 하곤한다. 예를 들어 일부 관리자는 인물 문서에 있는 사건/사고/논란 문단에 대해 극도의 거부감을 가지고 있다. 그러한 문단이 서술되는 것은 한국어 위키백과 정책/지침 위반이라고 주장한다. 하지만 이것은 명백한 규정 오독이고 오해다.물론 인물문서에 허위사실을 서술해서는 안되지만, 가령 '강용석 변호사가 불륜논란을 겪었다' 는 것은 명백한 사실이고, 그러한 서술은 위키백과 규정위반이 아니다. 즉 강용석 변호사가 불륜을 저질렀는지 아닌지는 결론나지 않았으므로, '강용석 변호사가 불륜을 저질렀다' 고 서술해서는 안되지만, '강용석 변호사가 불륜 논란을 겪었다'는 것은 명백한 사실이고, 온갖 신문과 방송을 떠들석하게 만든 논란이므로 충분히 강용석 문서에 서술가능하다.
마찬가지로 박유천이 팬에게 폭행, 폭언을 했는지 안했는지 결론나지 않았으므로, '박유천이 팬에게 폭행, 폭언을 했다' 고 서술해서는 안되지만, '박유천이 폭행, 폭언논란을 겪었다'는 것은 명백한 사실이고, 온갖 신문과 방송을 떠들석하게 만든 사건이므로 충분히 박유천 문서에 서술가능하다. 그리고 그러한 서술은 위키백과의 규정 위반이 아니다. 그런데도 위키백과의 모 관리자는 박유천 문서에 해당 내용을 적는 것은 위키백과 규정위반이라고 주장하며 삭제해버려, 해당 문서 편집자들과 마찰을 빚은 경우가 있다. 그 뿐만 아니라 해당 관리자는 김수현 문서의 사건사고 단락에 적혀 있던 생수광고 사건 내용도 위키백과 규정 위반이라며 지워버려, 이용자들과 마찰을 빚기도 했다. 반면 해당 연예인 팬들로부터는 열렬한 지지를 받은 바 있다.
4. 관리자의 고의적인 권한 남용
관리자 일부는 자신과 분쟁이 있는 사용자를 차단하거나, 자신이 차단한 사용자의 차단 재검토를 닫는 등 위키백과의 규정을 일부러 위반하고 있다.위키백과에서는 관리자에게 문제를 제기한 사용자를 해당 관리자가 차단하는 것을 금지( 다중계정 악용으로 판단되거나 문서 훼손의 경우 예외)하고 있으며 관리자와 분쟁을 빚은 사용자를 분쟁 당사자인 관리자가 차단하는 것을 금지하고 있다.
또한 차단한 사용자의 사용자토론란을 잠금 처리하는 것을 금지하고 있다. 2014년 초 이런 규정을 위반한 관리자의 권한이 실제 회수된 사례도 있다.
한편으로는 관리자의 잘못된 판단으로 피해를 보는 유저가 발생하기도 한다. 2016년 3월에는 관리자 선거에 출몰한 계정등이 위키백과에 10년 가까이 다중계정으로 암약하는 모 유저의 다중계정으로 의심되어 검사 요청이 있었는데 그 중에서는 10년 가까이 다중계정으로 암약하는 사람으로 알려진 계정과 분쟁했던 기록이 남은 S 계정이 포함되어 있었다. 다중계정 검사 결과 S 계정은 단순히 다른 두 계정과 다중계정이었을 뿐 문제의 그 유저와 동일인이라는 증거가 없었다. 그럼에도 어떤 이상한 사용자가 '다중계정 검사에 의해 S 계정은 10년 가까이 다중계정으로 출몰하는 계정과 동일인으로 확인됐다'고 거짓으로 주장하였다. 이에, S 계정과 10년가까이 출몰한 계정사이의 분쟁을 알고 있던 한 관리자가 그 S계정과 S계정의 다중계정이 확인된 2개 계정을 (10년 가까이 다중계정으로 암약하는 사람의) 차단회피로 차단하는 문제를 빚었다. 어느 계정이 이 관리자의 행동에 대한 비판을 제기하였는데 분쟁 당사자인 관리자가 문제제기자를 차단하고 억울하게 차단된 사람의 차단을 풀지도 않아 큰 비판을 받았다. # 그 관리자는 결국 사퇴했으나 억울하고 엉뚱하게 차단된 S계정의 차단은 풀리지 않고 있다.