북한 최고 권력자 김정일의 이름이 들어간 유일한 교육기관이었지만, 2012년 10월 5일 북한의 경찰대학 역할을 담당하는 인민보안대학이 김정일인민보안대학으로 개칭되면서 김정일의 이름이 들어간 첫번째 대학이 되었다.[1]
대남공작원을 교육하는 시설이라고 알려져있는데 동아일보 주성하 기자의 의견은 다르다. 김정일군정대학은 김일성군사종합대학 내에 부설되어 고급 장교를 교육하는 박사원(대학원)급의 사관학교이지 공작원 양성시설은 아니라는 것이다. 실제로 구글 위성지도상에서 김정일군정대학은 김일성군사종합대학 바로 옆에 자리하고 있다. 김정은이 김일성군사종합대학을 졸업했다고 알려져있지만 정확하게는 이곳에서 교육을 받은 것이라고 한다. 2024년 4월 10일 김정은이 모교인 김정일군정대학을 현지지도했을 때의 모습을 보면 중장년 장교들만 사진에 잡혔을 뿐 어디에도 공작원 양성과 관련있는 시설로는 보이지 않는다. 만약 정말로 공작원 양성시설이었다면 공개적으로 보도되는 일도 없었을 것이다. 따라서 본 문서에 서술된 대남공작원 훈련 관련 서술은 오정보이거나 다른 시설을 착각했을 확률이 높다. 통일부에서도 김정일군정대학에 대해서는 제대로 파악을 못한 상태라고 한다.
6.25 전쟁이 한창이던 1951년 월북한 남로당 출신자들이 주축이 되어 빨치산부대와 남파공작원을 훈련하기 위해 황해도에 설립한 금강정치학원(金剛政治學院)이 기원이다.
한국전쟁이 사실상 실패하게 되자 권력기반 약화를 우려한 김일성은 박헌영과 리승엽을 필두로 하는 남로당파에게 미제 스파이활동과 공화국 전복 음모 혐의를 덮어씌워 숙청했는데 당시 남로당계열이 대부분이었던 금강정치학원도 이 과정에서 폐쇄 위기를 맞았지만 대남공작 인재확보를 위해 존속시켰다.
1960년대 금성정치군사대학(金星政治軍事大學)[2][3]으로 이름을 바꾸었다가 1992년 김정일의 50회 생일을 기념해 김정일정치군사대학으로 명명되었다.
김정일정치군사대학은 조선로동당 작전부에 소속되어 있었는데 2009년 작전부가 조선인민군 총참모부 정찰국, 35호실과 통합되어 정찰총국으로 개편되었기 때문에 정찰총국 소속인지 독립되었는지는 확인되지 않고 있다.
2022년 3월 16일에 시행된 화성-17 미사일 발사 실패의 여파로 미사일 파편들이 평양 주요 시설물에 떨어졌는데, 김정일정치군사대학에도 큰 파편이 떨어져 웅덩이가 생기고 건물 지붕이 날아갔다고 한다.#
2023년 2월 8일 조선인민군창건 50돐경축 열병식을 통해 김정일군정대학으로 개칭된 것이 확인되었다.
[1] 김현식의 증언에 따르면 원래 1982년에 김형직사범대학을 김정일종합대학으로 개칭하고 학교의 격을 대폭 승격시키는 안이 3개월 동안이나 준비되었으나 김일성에게 보고가 올라갔더니 할애비 이름을 떼고 손자놈 이름을 붙이는 패륜짓이 어딨냐고 노발대발해서 당장 없던 일이 되었다고 한다.[2] 김일성에서 일(日)자를 빼면 김성(金成) → 금성(金星)이 된다.[3]김일성사회주의청년동맹에서 운영하는 금성정치대학과는 다르다.