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1. 한국어 위키백과
가끔 저작권 정책을 숙지하지 못한 사용자가 문서 복붙을 하여 문제를 일으키는 경우를 제외하면 별 접점이 없다. 그도 그럴 것이 다른 위키들과 달리 위키백과는 인터넷 문화를 반영하지 않고 백과사전을 지향하는 진지한 분위기라 타 사이트와의 분쟁이 잘 일어나지 않기 때문이다.2. 디시위키 (폐쇄)
디시위키와의 관계는 좋지 않다. 디시위키에서는 나무위키가 중립 코스프레, 급식충 위키라며 비판한다. 당장 디시위키의 나무위키 문서와 나무위키의 디시위키/문제점 문서를 살펴보자. 서로 물어뜯고 있다. 나무위키는 "틀 좀 그만달아!", 디시위키는 "취소선 좀 그만 달아!"[1]가 서로의 주 의견. 이젠 아예 취소선을 넣어버리면 그걸 지워버린 다음에 머릿글에다가 나무식 유우머를 지웠습니다라고 쓴다. 디시위키/문제점 문서에 나와 있는 것처럼 나무위키 전체를 국뽕 취급하기도 한다.2023년 10월 6일 디시위키의 서비스가 종료되었다. 접속은 아직 가능하지만 편집은 더 이상 불가하다.
3. 리그베다 위키 (폐쇄)
나무위키는 리그베다 위키의 약 90% 가량의, 그러니까 대부분의 데이터를 포크해서 만들어졌고 지금은 오히려 리그베다 위키의 영향력을 누르고 압도적으로 더 크게 성장했기에 리그베다 위키 입장에서는 그야말로 이가 갈리고 속이 뒤집어질 수밖에 없는 상황이다.2016년 현재 모든 문서수를 기준으로 한국어 위키백과 순위에서 나무위키가 1위를 차지했지만 리그베다 위키는 6위이며, 구글 트렌드 검색 결과도 이미 나무위키가 전신인 엔하위키나 리그베다 위키보다 검색량이 더 높다.
애초에 나무위키 자체가 리그베다 위키 사유화 사태로 인해 갈라져 나온 곳인 만큼, 나무위키의 사용자들은 대체로 리그베다 위키 자체를 증오하고 있으며 종종 유사해 보이는 것이 나오면 리그베다 위키와 동급이라며 과격한 태도를 보이곤 했다.[2] 이런 적대 감정은 리그베다 위키에서도 마찬가지이다.[3]
리그베다 위키 측에서 9월 경 '나무위키'를 작성금지에서 해제할 것을 검토 중이라고 밝히면서 이를 두고 나무위키를 리그베다 측에서 9월 경에 고소할지도 모른다는 루머가 돌았는데 다행히도 무사히 넘어갔다. 그러나 청동과 함장의 성향을 감안하면 끝까지 예의주시해야 할 듯.
2015년에 청동이 나무위키에 저작권 시비를 건 사건만 보더라도 현재 청동이 나무위키를 어떻게 생각하고 있는지 알 수 있다. 냉정하게 논하자면 청동의 저작권 시비는 적반하장이다. 여러 네티즌들이 만들어 준 문서와 정보를 자기 혼자만의 사유물로 만들려는 시도를 한 게 청동이기 때문이다. 황당한 건 이 과정에서 보여준 청동의 행동인데 "저작권은 청동이 가져가고 문서 작성에 대한 법적 책임은 작성자가 진다"라는 뒷통수를 쳐버리는 행보를 보여준 것이다.
2023년 1월 3일, 리그베다 위키는 폐쇄되었다.
4. 기타 위키 사이트
- 리브레 위키: 나무위키와 같은 해 개장되어서 형제뻘이라고 볼 수 있다. 실제로 공생 관계라고 볼 수 있을 법한 게 SCP 재단 관련 CCL 충돌로 발생한 문제에서 토론 결과 나무위키의 모든 SCP 재단 데이터를 리브레 위키로 옮기는 제안에 리브레 위키 쪽이 받아들이기도 했다. 그러나 나무위키에 대한 반감도 적지 않은 편이며 모 사용자가 나무위키 폐쇄 청원을 청와대 국민청원에 제기했다는 의혹이 있었다.
- 오리위키 (폐쇄): 같은 리그베다 위키 사태 출신 위키라는 점에서 공생 관계와 비슷한 양상을 띠고 있었지만 2017년 4월 29일 폐쇄되면서 과거의 얘기가 됐다.
- 바다위키 (폐쇄): 이쪽은 나무위키에 적대적이었다. 해당 사이트 자체가 나무위키 영리 논란에 반발한 유저들이 뛰쳐나와 만든 사이트였다. 디시위키보단 덜하고 정작 2017 반달 사태를 동시다발적으로 겪은 판이라[4], 오히려 해당 사이트에 이득으로 작용했던 상황. 그러나 나무위키에서 갈라져 나온 지 1년이 갓 지난 2017년 5월 18일 폐쇄되었으나 2019년 11월에 재개장했다.
- 알파위키: 민선 운영 체제 종말에 반발해 갈라져 나온 사이트였기에 당연히 나무위키에 적대적이었다. 탄생 1년 만인 2018년 9월 25일에 사이트가 폐쇄됐지만 다시 부활했다. 하지만 이후 제로베이스 조치를 취하며 나무위키 포크 위키가 더 이상 아니게 되었고 최근에는 나무위키에 대해 우호적인 유저도 생겼다.
- 페미위키: 나무위키 유저들의 입장에서는 영향력이 낮아서 별로 관심이 없지만 사실상 적대관계다.
[1] 그 외에도 (...), 볼드체, 더 이상의 자세한 설명은 생략한다., 고만해 미친놈들아 등을 부정적으로 보지만 일단은 취소선을 제일 싫어한다.[2] 나무위키/비판 및 문제점/사용자의 문제점 문서도 함께 참조하면 좋다.[3] 실제로 초창기에는 다른 대안위키에 대한 간접 홍보나 혹은 리그베다 위키에 대한 악의적인 비방, 반달 행위를 우려한다는 이유로 나무위키 문서를 작성하는 것 자체를 막았었다. 이후 일부 리그베다 위키 회원들이 '아무리 그래도 나무위키의 존재 자체를 은폐하는 건 좀 아니지 않냐'라는 주장을 하여 리그베다 위키에서도 나무위키가 작성되어 있긴 하다. 물론 편향적으로 서술된 부분이 일부분 있다.[4] 대충 나무위키를 비판할 자격이 없다는 반달과 야짤/혐짤 테러가 일어나 버렸다.