1. BL 요소
후원을 받을 당시 제작진은 게임을 '여성향 게임'이라고만 홍보했을 뿐, 게임 내에 BL 요소가 있다고 사전에 고지하지 않았다. 그래서 게임 출시 이후 게임을 받은 게이머들은 예상치 못한 BL 요소에 당황했다. 미소년들만 등장하는 게임이라고 해서 오토메 게임을 상상했거나, 재배소녀2처럼 커플링 요소 없는 브로맨스만 있을 것으로 기대했기 때문이다. 물론 BL을 좋아하는 여성 유저의 경우 이런 요소에 환영한다는 반응을 보이기도 했지만,[1] 전체 이용가를 표방한 만큼 BL을 싫어하는 사람 또한 배려했어야만 했다. 백합 요소가 나와도 서비스신이려니하고 넘어가는 사람이 많은 남성 오타쿠와 로맨스에 대한 취향이 엄청나게 세분화된 여성 오타쿠의 덕질 성향 차이점을 사전에 충분히 조사하지 않고 + 이러한 사실을 미리 고지조차 하지 않은 제작진 측의 잘못이라고 볼 수밖에 없는 상황.이에 대해 아울로그 측은 게임의 성향을 판단할 수 있는 스토리를 앞부분에 배치해서 미리 알 수 있게 하겠다는 답변을 주었다. 모르고 후원한 사람은 그저 지못미.
그 이후 아울로그에서는 진짜 BL 게임인 낭만카페를 만들었다.
2. 초밥왕 씨앗 업데이트
기존의 다른 4성씨앗들이 모두 700별인 것에 비해 새로 업데이트된 4성인 초밥왕 씨앗이 보이스 제외 700별, 보이스 업데이트시 추가 별을 받는다고 공지하였다. 이에 논란이 일자 아울로그는 사과하고, 추가 금액을 받는 일이 없을 것이라고 공지를 수정하였다.3. 소꿉친구 그룹 스토리 수정
1성 씨앗의 두 번째 그룹인 소꿉친구 그룹의 스토리 중 토리가 급우인 진해와 달래로 RPF 동인지를 만들고 있다는 내용에 불쾌감을 표하는 유저들이 많아 해당 부분이 수정되었다. 하지만 그 둘로 망상을 하고 있다는 건 똑같다(...).이외에도 2성 씨앗의 저승사자 그룹에서 강림 레어가 귀갑묶기(…)로 인한 선정성 때문인지 함께 수정되었다.
4. 고급영양제 잠수패치
품종개량 시스템이 추가된 당일에는 재배소녀2와 마찬가지로 고급 영양제 뽑기에서 1회당 고급 영양제 1~2개 또는 일반 영양제 15개를 줬으나, 얼마 뒤 잠수함 패치로 일반 영양제 대신 믹스씨앗 1개를 주는 것으로 바뀌었다. 이에 패치 전 과금하여 고급 영양제 뽑기를 했던 유저들이 강력히 항의했으나, 아울로그 측에서는 보상이 불가하다는 입장만 밝혔으며 해당 잠수패치에 대한 공식적인 사과나 보상을 하지 않았다. 자세히 정리된 글5. 여장남자 랜덤씨앗 제외 공지
2014년 11월 6일에 11월 7일 업데이트에서 여장남자 씨앗 업데이트와 동시에 여장남자 씨앗을 랜덤씨앗 출현에서 제외한다는 공지를 올렸다. 취향을 심각하게 타 사람들에게 불쾌감을 줄 수 있다는 것이 아울로그 측에서 내세운 이유이나, 대다수 유저들이 납득하지 못해 공식카페를 중심으로 거센 반발과 서명 운동, 항의글이 이어졌다. 특히 그 당시 기간한정 믹스 맨드레이크를 얻을 수 있는 할로윈 이벤트가 있었는데, 그 중 '할로윈의 가을'을 얻기 위해서는 여장남자 씨앗이 필요했기 때문에 과금유도가 아니냐는 비판도 있었다. 다행히 그날 밤 11시 10분경에 올라온 추가 공지에 따라 여장남자 랜덤씨앗 제외는 취소되었다.6. 아울로그 음성관련 사기죄 고소
2014년 11월 6일 올라온 업데이트 공지(바로 위 문단 참고)를 보고 재배소년 공식카페가 유례없이 들썩이며, 폭발한 유저들은 그동안 참아왔던 음성추가 지연 사건을 고소하기 시작했다. 아울로그가 처음 게임을 홍보할 당시 풀보이스를 내세웠지만 초밥왕 추가 때부터 추후 추가녹음이 있을 거라는 말만 할 뿐 무음성 씨앗이 10개나 추가되었음에도 음성녹음 예정조차 없는 사태를 모두가 견디지 못했기 때문이다. 이 와중에 아울로그는 아무런 답변이 없으며 오히려 각 스토어에 있는 '풀보이스' 단어를 황급히 지웠으나 이미(...) 모든 관련 증거는 이미 수집되었고 공식카페에는 신고방법을 자세히 설명한 글과 함께 증거까지 업로드된 상태. 링크역시 2014년 11월 6일 오후 11시 10분쯤에 올라온 추가 공지에 음성녹음이 예정에 있음을 밝히며 사건이 일단락될 듯 하다. 음성녹음 공지를 올리지 않았던 것은 녹음실 예약과 성우들의 스케줄 조정의 어려움 때문이었던 듯 하다. 그리고 몇 차례의 추가 공지 이후 2014년 12월 12일 실제로 음성 업데이트가 이루어지면서 일단락되었다.
7. 앨리스 씨앗 맨드수 제외 및 얼그레이 합성 비용 상승
2016년 3월 31일 앨리스 씨앗이 한일 양국에 동시 추가되었다. 한국에서 앨리스 씨앗은 기간제한 없는 이벤트 씨앗으로, 600별(4월 6일까지 할인가 적용되어 500별)로 구입해야 얻을 수 있다. 추가될 당시에는 앨리스 씨앗의 맨드레이크들이 맨드레이크 수에 포함이 되었으나, 이벤트 맨드레이크라는 이유로 저녁 무렵 맨드레이크 수에서 갑자기 제외시켜 논란이 되었다. 긴급 패치 안내 공지 씨앗을 구입한 다른 정원사들의 맨드 수가 포함되는 것을 보고 맨드 수 증가를 위해 씨앗을 구입한 정원사들이 피해를 입은 상황.한편 티룸의 요정 얼그레이의 합성 가격은 원래 20,000코인이었는데, 2016년 3월 31일에 별도 공지 없이 25,000코인으로 합성 가격이 올라있는 것이 한 정원사에 의해 발견되어 잠수함 패치가 아니냐는 의혹과 함께 논란에 불을 지폈다.
다음날 아울로그 측에서는 얼그레이 합성 가격을 다시 20,000코인으로 수정하고 공지를 올렸다. 25,000코인이었을 때 얼그레이를 만든 정원사들에게는 데이터 수집 후 차액만큼의 코인을 보상해준다고 한다. 또한 두 건에 대한 사과문을 올렸다. 맨드수 제외 패치 전 앨리스 씨앗을 구입했던 일부 정원사들은 환불을 요구했으나, 아울로그 측에서는 불가하다는 입장을 밝혔다. 대신 밤에 새로 올린 공지에서 맨드 수에 재포함시켜주겠다는 입장을 밝혀 논란은 일단락되는 모양새다. 대신 별을 쓰지 않고서는 랜덤 씨앗 등 게임 내의 방법만으로 얻을 수 없는 맨드수 반영 맨드레이크라는 첫 선례가 생겼고, 그 이후의 기간제한 없는 스페셜 이벤트 씨앗들도 맨드레이크 수에 포함되어 출시되게 되었다.
8. 아이돌 맨드 일러레 페미니즘 선언
자세한 내용은 여기를 참고하길 바람.재배소년에서 새로 추가된 '아이돌 맨드레이크'의 일러스트레이터가 메갈이라 논란이 불거졌다. 아이돌 캐릭터가 어딘가를 손으로 가리키는 티가 나는데 그곳을 따라가보면 <GIRLS CAN DO ANYTHING>이라고 적혀있는 걸 알 수 있다. 이 문구는 페미니스트들이 주로 쓰는 문구인데 주로 페미니즘 집단, 한국에서는 메갈, 워마드들이 "여성은 어떤 일이든 본인이 원하는 바를 이룰 수 있다"라는 의미로 즐겨쓰는 문구다. 물론 이 일러스트레이터는 그쪽 소속이 아니고 그런 목적으로 쓰지않았을 수도 있다. 그러나 아래의 트윗과 이 일러스트레이터의 문서를 보면 알겠지만 자신의 개인적인 사상을 일러스트에 넣었을 뿐만 아니라 그간 트위터에서 몰상식한 언행을 해온 것이 밝혀졌다.
여성혐오 사건으로 문제가 되었던 클로저스, 소녀전선, 데스티니 차일드 등에 대한 비난과 마녀의 샘을 구매하겠다는 내용 등이 적혀있다. 하지만 여성향 게임+유명하지 않은 게임이다보니 해당 공식카페 내 외에는 큰 반응은 없었다.
[1] 그런데 BL 지지자들 사이에서도 노골적인 BL요소가 오히려 망상거리를 망친다며 못마땅해 하는 사람들의 의견도 많았다.