1. 엑스트라 스테이지 (Expert stage)
메인 스테이지를 일정 수 이상 S랭크로 클리어하면 오픈되는 스테이지.플레이 방식이 메인과 차이를 보이는 것이 특징이다. 무제한의 시간동안 일정 턴 수 이내에서 공격해야하는 메인 스테이지와 달리, 엑스트라 스테이지는 주어진 시간동안 횟수 제한 없는 공격으로 데미지를 넣어야 한다. 또한 짝이 맞춰지지 않으면 포켓몬을 이동할 수 없는 메인 스테이지와 달리, 엑스트라 스테이지는 원하는 포켓몬을 아무 제약없이 자유롭게 자리를 바꿀 수 있다.
2. 목록
| 스테이지 | 포켓몬 | 타입 | 제한 시간 | 필요 S랭크 | 포획률 | 비고 |
| EX1 | 앱솔 | | 1:00 | 12개 | 1 + 3초당 *3% | 난이도 1 |
| EX2 | 로토무 | | 1:00 | 12개 | 1 + 3초당 *3% | 난이도 1 |
| EX3 | 루카리오 | | 2:00 | 12개 | 1 + 3초당 *2% | 난이도 2 |
| EX4 | 프리져 | | 2:00 | 20개 | 1 + 3초당 *2% | 난이도 2 |
| EX5 | 썬더 | | 0:30 | 25개 | 1 + 3초당 *5% | 난이도 2 |
| EX6 | 파이어 | | 1:00 | 30개 | 1 + 3초당 *3% | 난이도 2 |
| EX7 | 이상해꽃 | | 1:00 | 35개 | 1 + 3초당 *3% | 난이도 2 |
| EX8 | 거북왕 | | 1:30 | 40개 | 1 + 3초당 *2% | 난이도 2 |
| EX9 | 리자몽 | | 1:00 | 45개 | 1 + 3초당 *3% | 난이도 2 |
| EX10 | 망나뇽 | | 2:00 | 60개 | 1 + 3초당 *2% | 난이도 3 |
| EX11 | 나무킹 | | 1:00 | 55개 | 1 + 3초당 *3% | 난이도 2 |
| EX12 | 번치코 | | 0:30 | 60개 | 1 + 3초당 *5% | 난이도 3 |
| EX13 | 대짱이 | | 1:00 | 65개 | 1 + 3초당 *3% | 난이도 2 |
| EX14 | 앤테이 | | 0:15 | 70개 | 1 + 3초당 *7% | 난이도 3 |
| EX15 | 스이쿤 | | 0:15 | 75개 | 1 + 3초당 *7% | 난이도 3 |
| EX16 | 라이코 | | 0:15 | 85개 | 1 + 3초당 *7% | 난이도 3 |
| EX17 | 히드런 | | 2:00 | 95개 | 1 + 3초당 *2% | 난이도 3 |
| EX18 | 제르네아스 | | 1:00 | 100개 | 1 + 3초당 *2% | 난이도 4 |
| EX19 | 이벨타르 | | 1:00 | 110개 | 1 + 3초당 *2% | 난이도 3 |
| EX20 | 뮤츠 | | 2:00 | 150개 | 1 + 3초당 *2% | 난이도 4 |
| EX21 | 게노세크트 | | 1:30 | 180개 | 1 + 3초당 *2% | 난이도 5 |
| EX22 | 브리가론 | | 1:30 | 191개 | 1 + 3초당 *2% | 난이도 2 3마리 한정 |
| EX23 | 마폭시 | | 0:30 | 195개 | 1 + 3초당 *6% | 난이도 3 |
| EX24 | 개굴닌자 | | 1:00 | 200개 | 1 + 3초당 *3% | 난이도 4 |
| EX25 | 테라키온 | | 1:00 | 215개 | 1 + 3초당 *3% | 난이도 3 |
| EX26 | 비리디온 | | 0:30 | 215개 | 1 + 3초당 *10% | 난이도 3 |
| EX27 | 코바르온 | | 1:30 | 220개 | 1 + 3초당 *3% | 난이도 4 |
| EX28 | 절각참 | | 0:45 | 221개 | 1 + 3초당 *7% | 난이도 4 방해가드 사용 불가능 |
| EX29 | 엘레이드 | | 0:45 | 230개 | 1 + 3초당 *4% | 난이도 3 |
| EX30 | 미끄래곤 | | 1:00 | 240개 | 1 + 3초당 *5% | 난이도 3 |
| EX31 | 렌트라 | | 1:00 | 250개 | 1 + 3초당 *4% | 난이도 2 |
| EX32 | 칼라마네로 | | 1:00 | 260개 | 1 + 3초당 *4% | 난이도 3 |
| EX33 | 맘모꾸리 | | 1:00 | 280개 | 1 + 3초당 *4% | 난이도 2 |
| EX34 | 글라이온 | | 0:50 | 280개 | 1 + 3초당 *3% | 난이도 2 |
| EX35 | 폴리곤Z | | 1:00 | 300개 | 1 + 3초당 *3% | 난이도 3 |
| EX36 | 씨카이저 | | 1:00 | 310개 | 1 + 3초당 *5% | 난이도 3 |
| EX37 | 돈크로우 | | 0:40 | 330개 | 1 + 3초당 *8% | 난이도 3 |
| EX38 | 윈디 | | 0:55 | 350개 | 1 + 3초당 *6% | 난이도 4 |
| EX39 | 메가자리 | | 1:00 | 360개 | 1 + 3초당 4% | 난이도 2 |
| EX40 | 로파파 | | 1:30 | 380개 | 1 + 3초당 2% | 난이도 2 |
| EX41 | 삼삼드래 | | 0:50 | 400개 | 1 + 3초당 4% | 난이도 4 |
| EX42 | 강챙이 | | 0:50 | 430개 | 1 + 3초당 6% | 난이도 3 |
| EX43 | 붐볼 | | 0:40 | 450개 | 1 + 3초당 8% | 난이도 4 |
| EX44 | 아이스크 | | 0:50 | 470개 | 1 + 3초당 6% | 난이도 4 |
| EX45 | 만타인 | | 1:00 | 500개 | 1 + 3초당 5% | 난이도 3 |
| EX46 | 솜솜코 | | 0:40 | 530개 | 1 + 3초당 5% | 난이도 3 |
| EX47 | 대검귀 | | 0:50 | 550개 | 1 + 3초당 4% | 난이도 3 |
| EX48 | 날쌩마 | | 0:30 | 580개 | 1 + 3초당 5% | 난이도 4 |
| EX49 | 샤로다 | | 0:40 | 600개 | 1 + 3초당 4% | 난이도 3 |
| EX50 | 닥트리오 | | 0:40 | 620개 | 1 + 3초당 3% | 난이도 4 |
| EX51 | 게노세크트(색이 다른 모습) | | 0:50 | 640개 | 1 + 3초당 4% | 난이도 5 |
| EX52 | 테오키스(스피드폼) | | 0:30 | 670개 | 1 + 3초당 5% | 난이도 5 |
| EX53 | 원시그란돈 | | 0:30 | 700개 | 1 + 3초당 6% | 난이도 5 |