제주특별자치도 내에 체육고등학교가 없다보니[5] 학교 내에 체육과(체육중점반)를 두어 체육고등학교의 역할을 대신하는 학교이다. 따라서 남녕고 뿐만 아니라 제주도 관내 모든 고등학교에서 체육중점반 학생들을 선발하여 체육중점반에 들어가면 정기적으로 남녕고에 모여 일정 기간 동안 체육중점 교육을 받게 된다.
교통편은 매우 좋은 편이다. 남녕고등학교와 가까운 정류장이 한라병원 정류장으로 학생들이 등하교 할 때 많이 이용한다. 제주간선버스(300번대)만 해도 제주도의 빗자루질 노선인 365번을 비롯해 신제주의 메인 노선인 311번, 312번, 360번 버스가 지나며, 그 외에도 250번대(평화로)와 282번(중문고속화) 노선까지 정차해 교통편이 좋지만, 출퇴근 및 등하교 시간대에는 제주제일고등학교와 제주고등학교 통학 승객까지 더해져 혼잡도가 매우 높고, 311번, 312번, 360번, 365번, 415번 버스가 공통적으로 연동에서 제주도청 신제주로터리-연동주민센터-도호동-은남동-제원아파트-삼무공원사거리-한라병원-월랑마을 남녕고등학교 순으로 가고, 시간이 오래 걸리며, 터미널에서 남녕고 가는 승객은 240번, 251번, 252번, 253번, 254번, 255번, 282번, 291번 버스를 타는 것이 더 빠르다. 또한 한라병원 외에도 남녕마트 정류장에서 타고 내리는 학생들도 많다.
2024학년도 대학수학능력시험 고사장으로 선정되었는데, 1교시 종료를 5분여 앞둔 오전 9시 55분에 2곳의 시험실에서 정전이 발생해 해당 시험실에 배정된 수험생들이 급히 교실을 옮기는 소동이 있었다. # 이후 해당 수험생들은 예비 시험실로 자리를 옮긴 뒤 5분의 추가 시간을 부여받았으며, 이로 인해 2교시부터는 당초 일정보다 7분 늦게 시작되었다.
[기준] 2023년[기준] 2023년[3] 여담으로 그와 연이 깊었던 학교인 오현중학교 및 오현고등학교의 교가 또한 작곡하였다.[4] 초반에는 일반 이과반, 과학중점반으로 구분되었으나, 언제부턴가 모든 이과반이 과학중점반이 되었다.[5] 물론 사설 입시체육학원이나 체대입시학원은 존재하지만, 체육고등학교에 비하면 메리트가 덜하다.[전학][7]옆 학교와 동일한 상황을 겪게 되었다.