브라흐미 문자의 기원에 대해서는 인도 안에서 토착 문자로 발생한 것인가 아니면 인도 밖의 문자 체계가 들어온 것인가로 학자들 사이에서 의견이 갈린다.
일부 학자는 브라흐미 문자가 아직 해독되지 않은 인더스 문자의 영향을 받았다고 주장한다. 인도측에서 이러한 주장을 꾸준히 하고 있다. 주로 오디샤주에서 발견된 비크람콜(Bikramkhol) 문자[2], 타밀 지역의 키자디(Keezhadi) 발굴 현장에서 발견된 문자를 근거로 든다.[3] 이들 문자들이 인더스 문자에서 브라흐미 문자로 가는 중간단계를 보여준다는 주장이다.
다른 학자들은 인도 밖의 셈 계열 문자, 그 중 아람 문자에서 기원하였거나 영향을 받은 것이라고 본다. 그러면 어떻게 머나먼 중동의 문자 체계가 인도까지 오게 되었나에 대해서는 아케메네스 왕조 페르시아의 영향이라는 견해가 있다. 아케메네스 왕조의 공용어는 아람어였고, 아람어 사용자들로부터 아람 문자를 들여왔다는 것이다. 인도에서 '글자'를 뜻하던 단어 '리피(𑀮𑀺𑀧𑀻, lipī)'의 어원이 고대 페르시아어 단어 '디피(dipî)'라는 것이 아케메네스 왕조 기원설의 근거 중 하나다. 초기 브라흐미 문자는 아람 문자처럼 오른쪽에서 왼쪽으로 기록되어있는 경우도 몇 있었다. 하지만 이후로는 읽는 방향이 왼쪽에서 오른쪽으로 통일되었다. 이는 마우리아 왕조 시대 그리스 문자의 영향을 받은 것이라는 추측이 있다.
[1]팔리어 등이 있다.[2] Prusty, Subrat Kumar (23–26 February 2020). "Bikramkhol Inscription ek lipitatwika adhyana". 6th National Language Conference-2020. VI.[3] https://www.hindustantimes.com/india-news/new-study-connects-tamil-nadu-with-indus-valley-civilisation/story-ESlR55vEIZQPvq2Q0jXeVP.html)