1. 코치 경력
1.1. 대한민국 축구 국가대표팀 코치
2017년 2월 6일, 슈틸리케호의 코치로 새롭게 합류한다는 소식이 떴다.#3월에 개막하는 대학리그는 둘째 치고, 당장 1주일 뒤인 2월 12일부터는 전국 춘계 대학 축구 연맹전이 시작되는지라 또 통수인가 하는 비판이 많았지만, 이용수 기술 위원장이 성균관대 감독직을 유지하면서 국가대표 코치로 파견되는 형식이라 설명하며 급수습했다. 하지만 당장 성균관대는 시즌 준비 직전 감독이 사라지는 사태를 겪게되면서 여기에 대한 비판은 피할수 없게되었다. 그리고 위에 언급한 K리그 시절 3번의 통수칠때와 너무 비슷하게 흘러간 것도 문제. 다만 네이버 풋볼앤토크K에 따르면 코치로 내정된 것은 좀 더 이전의 일이며 조정기간을 거쳐 2월 6일에 발표된 것이라고 한다.
2. 감독 경력
2.1. 성균관대학교 감독대행
성균관대 감독 대행이 된 이후 풋볼리스트[1]와 설기현은 왜 그렇게 감독이 되었나라는 이름의 인터뷰 기사를 냈다. 또한 기사에 따르면 1급 지도자 자격증을 지닌 광운대 후배 홍복표 코치를 선임했다고 한다. 2급 자격증만 취득한 설기현은 벤치에 앉을 수는 있어도 지시는 내릴 수 없어 경기에 나가면 홍 코치가 지휘를 해야하고, 경기장 외에서만 감독의 직무를 대행하는 웃지 못할 상황을 설기현이 1급 지도자 자격증을 취득하는 2016년 1월까지 지속되었다.
U리그 개막전으로 감독 데뷔를 했지만 자격증 문제 때문에 경기장 벤치에도 못 앉고 학교 건물에서 경기를 봐야했다. 예원예술대를 3-1로 이기며 데뷔전에서 승리를 기록한다.
대한축구협회 FA컵에선 2라운드부터 출전했는데 영남대에 0:1로 패해 일찌감치 짐을 싼다.
[인터뷰] ‘지도자’된 설기현 “운동? 하루 딱 한 번, 1시간 10분”
최근 인터뷰가 또 나왔는데 "저는 선수 때부터 평소 갖고 있는 철학을 펼치려면 대학 감독이 맞다고 생각했어요. 성균관대에서 마침 좋은 제안을 주셔서 선수 은퇴라는 중대한 결심까지 하면서 수락한 건데 생각지도 않은 논란이 발생해 솔직히 당황스러웠죠."
은퇴식 후 인터뷰에서는 자신을 지지해준 포항, 울산, 인천 팬들에게 감사히 여긴다
성균관대는 대학리그 결승전까지 올라갔다. 즉 지도자로써의 능력은 있다. 성균관대는 U리그 결승전에서 용인대에게 0:2로 지면서 준우승을 차지했다.[2]
U리그 왕중왕전 당시 인터뷰를 보면 교육 다 받은 상태에서 자격증 발급만 기다리고 있는 것으로 보이고 결국 2016년 1월에 1급 지도자 자격증을 획득한 후 정식 감독이 되었다.
2.2. 성균관대학교 감독
성균관대 감독으로서는 계속 순항 중. U리그 서울-경기권 대학 1위를 차지했고 2016년 FA컵에선 챌린지의 강호 이랜드를 승부차기 끝에 물리치며 16강에 오르는 기염을 토했다.프로 선수를 키우는 바탕인 대학팀에서 기존의 한국 축구의 관행과는 다른 자신의 철학을 펼치려고 노력하는 중이다.# 2016년 자연과학캠퍼스에서 열린 체육대회에서는 아마추어 축구 결승전 주심으로도 활약하기도 했다.
울리 슈틸리케 감독 해임 이후 국가대표팀과의 계약이 해지되었고, 다시 성균관대로 복귀하였다. 복귀 후 제 13회 1, 2학년 대학축구대회에서 중앙대학교에 패해 준우승하였다.
10월 1일 뜻밖에도 성균관대학교 축구부에서 감독 채용공고가 떴다. 아무래도 감독직을 그만 둔 듯 하다. K리그 선수 시절이나 성균관대 감독 시절 도중 대한민국 국가대표팀 코칭스태프 합류 논란과는 달리 별말이 없이 끝나서 의외다.
사퇴 후 한때 FC 서울 감독 부임 루머가 돌아서 서울팬들을 불안에 떨게 했으나 최용수 감독이 복귀하며 잊혀진 루머가 되었다.
3. 경남 FC 감독
3.1. 이후
2024년 초 대한민국 U-20 축구 국가대표팀 차기 감독 루머가 있기도 했으나 정해성이 전력강화위원장에 선임된 이후 별다른 얘기는 나오지 않았다.5월 들어 이민성 감독이 물러난 대전 하나 시티즌의 감독 후보로 거론되었다.
TJB는 대전 구단이 박항서 감독 선임이 유력했지만 진통 끝에 결렬되면서 설 감독과 협상이 진행중인 것으로 확인됐다고 밝혔다.#
하지만 이후 황선홍 감독 선임 단독 보도가 나오면서 결렬된 것으로 보인다.
차두리와 이을용이 각각 화성 FC와 경남 FC의 신임 감독으로 부임했는데, 김남일, 설기현, 안정환 등 2002 세대의 '특혜 논란'이 다시 한 번 번지면서 비판을 피할 수 없게 됐다. 정식 감독 첫 도전 차두리-이을용, 2002 세대 자존심 세울까