1. 아마추어 야구 지도자
은퇴 후 1998년부터 분당중앙고등학교 야구부[1] 감독으로 부임하면서 지도자 경력을 시작했다. 그러나 얼마 못 가 야구부가 해체되면서 졸지에 감독직을 잃었고, 이후 비슷한 시기 창단된 구리인창고등학교 야구부의 창단 감독으로 자리를 옮겨 감독 생활을 계속했다.인창고 감독 재임 시절 발굴한 선수로는 타자 윤석민과 윤희상이 있다.[2]
2. 두산 베어스 코치
2007년부터 친정 팀 두산 베어스에서 코치 생활을 시작했다. 주로 2군 투수코치 및 재활코치, 1군 불펜코치로 활동했다.3. 두산 베어스 감독
2011년 10월 9일 두산 베어스의 제 8대 감독으로 임명되었다. 투수코치 시절 엄하면서도 선수 지도를 괜찮게 했다는 점을 높이 평가받은 듯하다. 선수들에게도 인망이 높은 편이라는 점 역시 높게 평가받은 듯.다음날인 10월 10일 감독 취임 기자회견에서, 술을 잘 못 한다고 하였다.
선수들에게 프로다운 자기관리를 강조하였다.
김재환이 도핑 테스트에서 약물 양성반응이 나와 KBO로부터 1군 10경기 출장 정지 제재를 받자, 직권으로 무기한 팀 훈련 정지라는 자체 징계를 내렸다.
3.1. 2012년
3.2. 2013년
KS 준우승으로 시즌을 마치고 마무리 훈련 도중 2013년 11월 27일 갑작스러운 경질이 발표되었다. 후임 감독은 송일수.
4. 야인 시절 (2014~2016)
포스트시즌과 경질 이후에 재평가받는 감이 있다. 불펜이 다 작살난 상황에서 홍상삼을 올리면서 혼자 다 뒤집어 썼고 감독에서 해고된 이후 그냥 조용히 집에 일이 있어 나가는 것이라고 하여 선수단의 충격을 줄이려고 했다. 해고된 원인도 미친 듯한 선수 유출에 대해 반발했다가 급작스럽게 해임 통보를 받았다는 게 중론.[3] 결국 그는 해고된 상황에서 그가 이끌던 선수단에 인사조차 하지 못하고 떠났다. 경질 관련 기사 중 하나에 따르면, 미야자키에서 마무리 훈련을 하던 도중 구단으로부터 해임 통보를 받았다. 한창 훈련 중인 선수들과 코치들이 남은 훈련에 집중할 수 있도록 배려하기 위해서, 집안에 일이 생겼다고 간다는 말을 남기고 홀로 귀국했다고 한다. 그리고 감독 경질 소식을 뒤늦게 통보받은 선수들과 코치들은..... "우리는 두산 베이비?" 선수들은 멘붕 중김진욱이 물러나면서 그 동안 김진욱 비판의 주요 안주거리였던 두산의 트레이드나 영입[4]이 두산 프런트의 작품이라는 사실이 밝혀졌고 멘붕한 두산 팬들은 '정말 죄송합니다 감독님ㅠㅠ'을 외쳤다. 이 와중에 이성열-오재일 트레이드의 뒷 이야기를 담은 기사가 두산 프런트의 항의를 받았는지 수정되어 욕을 쳐먹기도 했다. 아닌 게 아니라, '재임시절부터 김진욱은 자르라는 얘기가 많았었다', '팀 케미가 김진욱 시절에 안 좋았다 카더라', '그룹 고위층의 낙하산 인사였다.', '승부사 기질이 없다.', '두산 프런트 야구의 장점일 수도 있다.'는 식으로 미칠 듯한 언플 기사가 쏟아져 나왔다. 두산팬들은 '프런트 이것들이 이렇게 언플을 잘하던 놈들이었냐?'라며 기가 막혀 혀를 찼다. 그리고 후임 감독인 송일수가 6위라는 기대 이하의 성적으로 2014 시즌을 마감하자 김진욱은 재평가되었다.
감독 경질 직후 앞으로도 두산을 응원해 달라는 대인배 발언을 한 뒤로 정말 아리송할 정도로 근황을 알 수가 없었다. 기자들이 작심하면 뭔가 보도가 나올 법도 한데 기사 하나 제대로 나온 적이 없고, 이는 재평가를 받게 된 이후인 2014년 후반기 및 정규 시즌 종료 후에도 여전했다.
2014 시즌 후 SK 와이번스와 두산 베어스의 경우 내부 승진으로 각각 김용희와 김태형으로 감독이 교체되었고, 한화 이글스는 김성근을 선임했으며, 물망에 오르던 기아마저도 김기태를 선임했다. 결국 롯데마저도 이종운을 감독으로 선임하면서 감독 자리는 없어졌다.돡갤에 근황이 올라왔다. 프로야구 초대의 지명타자 골든글러브 수상자였던 양세종의 딸 결혼식 축하를 위해 간 것으로 보인다.
5. kt wiz 감독
2016년 10월 18일 수원 케이티 위즈 파크에서 열린 감독 취임식에서. 왼쪽부터 임종택 신임 단장, 김진욱 감독, 김준교 사장, 주장 박경수이다.
2016년 10월 12일에는 kt wiz 신임 감독 확정이라는 기사가 나왔으나, 아직 확정은 아니라는 구단의 해명이 있었다. 구단 측에서는 3년의 계약기간을 제안했다고 한다.
구단 고위층까지 나서 삼고초려한 끝에 구단의 요청을 수락하고 10월 14일 kt wiz 2대 감독으로 선임되었다.계약 기간 3년에 총액 12억.[5]
2016 시즌 준플레이오프 4차전에서 해설위원으로서 마지막 인사를 했다. 해설위원으로 호평이 이어지고 있었기에 많은 팬들이 아쉬워했다. 팬들은 앞으로 kt를 잘 이끌어 가기를 바란다는 반응을 보였다.
2016년 10월 18일 주장 박경수와 처음으로 만났다고 한다. 한편 2016 시즌을 소송 및 부상으로 날린 장성우의 활용 문제에 대해서는 김종민, 이해창과의 경쟁에서 이기는 것이 우선이라고 강조했다.
구단이 FA 지원을 아끼지 않을 것이라는 약속을 지키기는커녕 최순실 게이트에 휘말리며 최순실과 연관되었다는 루머에 연관되고 스토브리그 도중 사장이 교체되는 등 마냥 맘이 편하지는 않은 것으로 보인다.[6] 그러나 황재균 영입에 대해 '6-7승은 더해줄 훌륭한 선수이나 당장 우승을 노릴 것도 아니고 2-3년을 내다보는 중이라 오버페이는 부적절하다'는 입장을 밝혀 육성을 우선적으로 하겠다는 입장임을 확고히 했다.
5.1. 2017년
5.2. 2018년
6. 사퇴 이후
결국 성적 부진 문제 때문에 2018년 시즌 이후 자진사퇴하게 되었다. 임종택 단장도 그와 함께 물러나고, 이숭용 코치가 kt의 새 단장이 되었다. KT에서 기술자문을 제안했지만 민폐라며 거절하였다. '용퇴' KT 김진욱 감독 "책임지는 게 당연, 팬들께 고맙고 죄송하다" 여태껏 감독 해임 때 그랬듯[7] 구단에서 기술자문 자리를 제시한 것은 잔여연봉을 지급하기 위해 마련해 주는 자리일 텐데, 스스로 책임을 지겠다는 이유로 약 3억에 해당하는 잔여연봉마저 포기한 것.[8] 그런데 이숭용 단장이 사퇴 이후 바로 김진욱 전 감독 저격성 인터뷰를 함으로써 바로 통수를 맞아버렸다(...)내년 아니면 내후년에 해설자로 복귀할 가능성이 매우 높다. 팬들도 해설자 복귀를 바라고 있고, 본인 스타일도 해설자에 더 맞는 것으로 보인다. 단 어느 채널의 해설위원이 될지는 모른다. kt wiz 감독 부임 이전에 맡았던 스카이스포츠에서는 더 이상 중계를 하지 않기 때문. 일단 2022년까지는 아무 채널에도 소속되지 않으며 야인으로 남아있다. 2023년 TV조선에서 항저우 아시안게임 야구 중계를 임용수 캐스터와 같이 중계했으면 2024년 9월에는 2025년에 창단할 장안대학교 야구부 고문을 맡는다고 알려졌다.
[1] 1996년 창단했다가 2000년 해체되어 짧은 기간동안 고교야구계에 있었던 팀으로, 1999년 봉황대기 16강까지 올라간 적 있다. 김진욱의 OB 시절 팀 동료였던 신경식이 김진욱 감독 재임 시절 분당중앙고에서 코치로 일했다.[2] 투수 윤석민도 원래 인창고등학교에 다녔으나 1학년을 마치고 야탑고등학교로 전학을 갔다.[3] 해당 기사를 통해 사실로 밝혀졌다. 결정타는 대부분의 야구팬들이 예상했듯이, 두산 프런트 독단으로 진행된 윤석민과 넥센 히어로즈 장민석(개명 전 장기영)과의 맞트레이드.[4] 대표적인 예로 장민석 - 윤석민 트레이드. 이성열 - 오재일 트레이드도 말이 많았으나 결론적으로는 두산이 대승을 거둔 트레이드다.[5] 비하인드 스토리에서, 김진욱이 kt로 가게 된 가장 결정적인 계기가, 호텔에서 면담을 진행하고 있었는데 kt wiz 김준교 사장이 중간에 사라지길래 '화장실 가나보다'하고 생각하고 있었는데 어디선가 믹스커피를 타왔더랜다. 평상시 원두커피는 잘 못 마시고 설탕이랑 프림이 들어간 믹스커피를 즐기는 김진욱을 위해 미리 준비해둔 원두커피를 대신하여 호텔 직원들이 마시는 믹스커피를 직접 타온 것. 여기서 '무조건 같이 가야 할 사람들이다'하고 생각해서 감독직을 수락했다고 한다(...).[6] 농구팀의 성적도 리그 꼴지인데도 스포츠 팀 운영에 큰 관심이 없다는 평을 모기업이 받는 중이다.[7] 경질은 모양새가 안 좋으니 이미지 차원에서 대외적으로는 자진사퇴로 발표한 뒤 남은 계약기간 동안 여태까지의 예우로 잔여연봉 지급을 위해 기술자문이나 고문직을 제안하는 경우가 많다. 진짜 자진사퇴였으면 본인이 직접 나간 것이기 때문에 구단이 잔여연봉을 지급할 이유가 없다.[8] 퇴임 직후 바로 해설로 복귀하기 위해서 거절했다는 얘기도 있다.