2004년에 상봉에서 수유터미널로 단축되었다. 그리고 영종여객이 선진고속으로 사명을 변경했다.
2006년 전후로 의정부터미널과 장암동을 경유하지 않고 바로 도봉산역으로 가는 무정차 노선이 신설되었다. 당시 운행횟수는 일반[2] 19회 + 직행 15회[3]였으며, 동송발, 와수리발 노선이 각각 34회 운행했다. 이 시절에는 수유역, 도봉산역 - 포천 구간의 통합 배차간격이 15~20분 정도로 나왔었다.
2010년 4월에 의정부, 송우리 경유 노선이 3006번, 3007번을 부여받고 포천터미널로 단축되었다. 이는 노선 양수양도 이전 138-3번 신설을 위해 도청과 선진고속 측이 진행한 협의에 따른다. 그리고 무정차노선이 3003번, 3005번을 부여받았다.
2010년 8~9월경에 3006번, 3007번이 폐선되었다. 그 과정에서 직행노선이 증편되어 3003번은 6회가 늘었고 3005번은 4회가 늘어서 동송행 21회, 와수리행 19회로 한동안 운행했다.
2011년 전후부터 지속적으로 감편되고 있다. 실제로 3003번은 2011년 기준으로 21회 운행했으나 17회로 줄었고, 2019년에는 아예 13회로 줄었다. 3005번은 2011년 기준으로 19회 운행했으나 이후 2012년 이래로 1년에 1편씩 줄어서 15회 운행했으나 후술할 52시간 근무제 실시 이후에는 아예 11회로 줄었다.
3005번은 2012년부터 1일 4회(수유터미널 7:10, 7:50, 13:00, 14:00) 경기도청북부청사에 정차했으나[4]2019년 시간표 개정때에 폐지되었다.
2018년 10월 1일에 의정부BRT가 개통하면서 BRT차선을 이용하게 되었다.
2019년 각각 4회씩 감편되어 첫/막차도 조정되었다. 동시에 경기도청북부청사 경유도 사라졌다.
경기고속 인수 이후로 감차폭이 상당히 큰데, 선진고속 시절인 2008년 기준 수유역행이 총 77회 운행했으나, 2009년에 3000번을 증차시키는 과정에서 68회로 감차되었다. 이후 2010년에 의정부ㆍ송우리 경유노선을 없애는 과정에서 40회로 줄었고, 이후 32회, 30회 순으로 줄어들더니 지금은 통합 24회 다니고 있다. 물론 예전에는 단거리 수요가 어느 정도 있었지만 시내버스와 달리 환승이 안되는 등의 문제가 있다는 점을 감안해야 한다. 또한 국방개혁에 따라 병력의 숫자가 줄어든 점도 수요감소의 원인이다.
도봉산역 단축 2개월 후인 2020년 6월 1일에는 1386번이 도봉산역광역환승센터로 연장되면서 직접적인 경쟁이 불가피할 것으로 보인다. 그래도 포천까지는 3003번이나 3005번이 30분정도 빠르다.
말년에 두 노선은 5대로 운행했는데 이 중에서 동송발 막차와 와수리발 막차는 도봉산역에서 운행을 끝내고 의정부에서 주박했다. 그리고 다음 날 첫차로 올라갔다.
[1] 두 노선 모두 2023년 6월 14일부로 GBIS에서 삭제[2] 포천 이후로 송우리ㆍ축석ㆍ의정부성모병원ㆍ의정부TRㆍ장암주공5단지ㆍ도봉산역ㆍ수유역 정차.[3] 포천 이후로 안서고 도봉산역으로 가는 계통. 쭉 호국로를 타고 가다가 의정부터미널 사거리에서 좌회전한 뒤로 금신로를 따라 석림사 사거리까지 계속 직진만 했다.[4] 기존 72번 시내버스도 제2청사를 들렀지만, 포천, 수유역에서 각각 1시간 가까이 소요되었다. 그러나 3005번은 시외버스 특성상 소요시간이 적었다.[5] 선진고속 말기인 2009년 10월에 도입된 차량으로 도입 당시에는 모든 노선에 다 투입되었으나 5500번으로 이동한 1대를 뺀 나머지 8대는 말년까지 3003, 3005번에서만 운행했다.[접속불가] 현재 접속 불가능하다.