1. 언론 관련
자신의 비리를 고발한 시사저널에 교인들을 보내 '지옥 드립'을 외치게 하였다. 이때 여의도순복음교회의 비리를 주도적으로 고발한 <시사저널>의 주진우 기자(현 시사in)는 '사탄 기자'라는 별명을 얻게 되었다.[1] 그 결과 MBC PD수첩에서 자신의 비리를 보도하자, 아들이 운영하는 국민일보와 스포츠투데이[2] 1면에 가이스터즈를 비방하는 기사를 내보내게 한 일도 있다. 다행히 여기 한 곳만 열심히 노력해서 묻혀졌지만 2011년 2월 수쿠크에 대한 과세면제법안을 두고 "이 법안이 통과될 시에 이명박 대통령 하야 운동을 하겠다"는 발언을 하면서, 그동안 열심히 지지하던 조선일보 등 보수 언론에서도 "주제 넘게 나서지 말라"는 비난을 들었다.# 그리고 보수 성향의 단체인 자유총연맹으로부터도 "MB가 하야하라는 망언을 사과하라"는 비판을 받았다. 영화 속 수많은 악인들이 그랬듯, 자기 편마저 배신하고 개드립 치다가 두드려 맞는 시나리오를 몸소 보여주고 있다.2. 가족 등 관련
본인과 가족들에 관한 여러 논란에 대해서 "나의 머리숱과 아들 문제는 얘기하지 말라"며 컴플렉스임을 인정할 정도로 가족들도 논란이 많다.
- 조용기의 장남인 조희준(前 국민일보 회장)은 1965년생으로 결혼만 3번을 했고 이후 정치인인 차영[3]과 간통을 저질러서 혼외아들 서모 군이 있으며 이 외에도 국민일보의 돈을 횡령하고 주가조작, 세금 포탈을 비롯한 숱한 이력이 있다. 2013년 2월 28일, 아들 조희준과 관련된 150억대 배임 혐의로 검찰이 수사하고 있다는 기사가 나왔다. 결국, 항소했다. 이런 법정싸움이 계속 이어지자, CBS는 조용기 목사의 설교를 중단했다. 2014년 8월 21일 서울고법은 조용기 목사 항소심에서 징역 2년 6월, 집행유예 4년을 선고했다. 2017년 5월 17일 원심판결이 확정되었다. #
- 조용기 목사 본인은 7개월 만에 군 제대[4], 그 외 아들들은 모두 미국 영주권 취득으로 병역 면제.[5] 물론 이는 편법이긴 하더라도 1990년대 당시에는 합법이긴 했다. 특기할 만한 것은, 중간에 법령이 개정되어서 연령이 1년 늘어났는데, 그 이후부터는 아들이 1년 늦게 들어왔다고 알고 있었지만 순복음교회 맞은 편에 위치한 국민일보 사옥에서 벌어진 국민일보 파업에 관한 기자들의 현장취재 기사에 의하면 조용기의 아들이자 국민일보의 사주인 조민제 씨는 미국 국적자라 신문법에 의거하면 불법적인 사주임이 드러났다. 신문법에는 대한민국 국적자만이 사주가 될 수 있다.
위 사진은 조용기 목사가 퇴임하려 할 때 교인들이 퇴임을 늦춰달라고 부탁하는 모습이다. 해당 사진은 교회 기관지의 당시 1면에 실려 있다.
- 조용기 초대목사 일가의 족벌 경영에 대해 계속 지적이 있었다.# 대법원에서 131억여 원의 배임 및 35억여 원의 탈세 혐의가 유죄로 확정되어 징역 3년에 집행유예 5년을 선고받았다.# 2002년 당시 조용기 목사의 장남인 조희준 국민일보 회장이 이사장으로 있었고, 조 목사 본인의 이름을 딴 영산기독문화원의 비상장 25만주 가량을 교회 재정으로 매입한 사실에 대한 형으로, 지금까지의 활동 이력으로 감형되었다. 2013년 6월 소송이 개시된지 4년 만에 유죄가 확정 이후 교회 내 기도모임 설교 중단과# 장로회의 설교 지속 요청이 반복되었다.#
[1] 이전에 기독교 이단을 비판하는 기사를 싣던 잡지인 <현대종교>의 탁명환 소장의 경우, 비판한 교회가 고용한 사람의 칼에 찔려 죽은 사건이 있을 정도이니 대단한 용기라고 볼 수 있다.[2] 국민일보 자매지였으나, 선정성 논란 등에 연루되어 폐간하였다. 아래 나꼼수의 김용민 PD가 이것과 조용기 목사의 공금 유용을 지적했다가 첫 직장을 잃는 계기가 되기도 한다.[3] 2012년 제19대 국회의원 선거 당시 양천구 갑 지역구에 민주통합당 후보로 출마했다가 새누리당 길정우 후보에게 석패했다.[4] 1961년 1월 입대하여 군복무를 하던 중, 심한 장질환으로 인해 수도육군병원에서 대수술을 받고 대전의 한 병원에서 치료를 받았지만 차도가 없자 결국 7개월 간의 군 생활을 마치고 의병 전역하게 되었다.[5] 조용기의 아들들이 군대에 갈 정도의 나이가 된 1990년대 당시까지는 외국 영주권 취득만으로도 병역 면제가 가능했다. 단, 2002년 이후 현재는 외국 영주권자라 해도 1년에 반년 이상 국내 거주하면 바로 영장이 나온다. 입영을 거부하면 한국에 영구 입국 금지되며 누구 때문에 바뀌었기 때문이다.