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1. 개요
신학대학에서 출발했지만 고신대는 학교 규모를 늘리는 것에는 소극적이었던 편이어서 다른 신학교 출신 종합대학에 비해 학과 종류가 적은 편이다. 공과대학, 인문대학, 자연과학대학이 없다. 타 부산 4년제 대학에 비해서도 학과 개수가 적다. 그래서 지방의 종합대학임에도 불구하고 경기도의 종합대학(안양대, 평택대, 한신대, 협성대 등)과 비슷한 규모일 정도로 작은 편이다.2025학년도부터는 신학대학 태권도선교학과, 의료과학대학 보건환경학부, 의생명과학과, 글로컬인재대학 한국어교육학과 모집단위가 폐지된다. 아래 문서 수정 필요.
| 기호 | 설명 |
| 간호 | 한국간호교육인증원(KABONE)의 인증을 획득한 학과임 |
| 사범 | 졸업시, 교육부 정교사 자격 2급 발급 학과임 |
| 교직 | 교직과정 설치 학과임 |
| 의학 | 한국의학교육평가원(KIMEE)의 인증을 획득한 학과임 |
2. 영도 캠퍼스
2.1. 신학대학
| 신학대학 (神學大學) College of Theology | |
| 학과 | 전공 |
| 신학과 | - |
| 기독교교육과 사범 | - |
| 국제문화선교학과 | - |
| 글로벌교육학부 | 국제문화선교 전공 |
| 외국어로서 한국어교육 전공 | |
| 태권도선교학과 | - |
2.2. 보건복지대학
| 보건복지대학 (保健福祉大學) College of Health and Welfare | |
| 학과 | 전공 |
| 의료경영학부 | 의료경영 전공 |
| 의료정보관리 전공 | |
| 글로벌비즈니스학부 | 영어 전공 |
| 중국학 전공 교직 | |
| 광고홍보학과 | - |
| 유아교육과 사범 | - |
| 아동복지학과 교직 | - |
| 사회복지학과 | - |
| 음악과 | - |
2.3. 의료과학대학
| 의료과학대학 (醫療科學大學) College of Medical Science | |
| 학과 | 전공 |
| 작업치료학과 | - |
| 언어치료학과 | - |
| 보건환경학부 | 뷰티케어전공 |
| 환경보건전공 | |
| 의생명과학과 | - |
| 생명과학/화학부 | - |
| 식품영양학과 교직 | - |
| 재활상담학과 | - |
| 융합디자인학과 | - |
3. 송도 캠퍼스
3.1. 의과대학
| 대한민국의 의과대학 및 의학전문대학원 | |||
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| 의과대학 (醫科大學) College of Medicine | |
| 학과 | 전공 |
| 의예과 | - |
| 의학과 의학 | - |
| 고신대학교 의과대학 공식 홍보영상 |
고신대학교 의과대학 부속병원으로 고신대학교 복음병원이 있다. 장기려 박사가 세운 복음병원이 1960년대 병원 확장을 하면서, 미군 군사 원조단, 국제개발처, 고신파 교회들의 헌금으로 현 송도 캠퍼스 부지와 병원설비를 마련, 고려신학교와 같이 더부살이를 시작하게 되었다. 몇 차례 정관 변경을 거쳐, 현재 고신대학교 복음병원으로 학교법인의 수익기관으로 존재한다. 더불어 고려신학교 부지는 의과대학 및 대학원으로 바뀌었다. 부산의 대표적인 대학병원 중 하나이며, 각종 암수술을 많이 하는 병원으로 유명하다. 대한민국 최초로 대량 간 절제를 성공한 장기려 박사가 주로 근무했던 곳이다.
송도캠퍼스에 홀로 따로 떨어져 있는 의과대학의 경우는 기독교인과 비기독교인의 입학 비율이 다른 보통 대학들과 비슷하다. 다만 기독교 학교인지라 수업 커리큘럼에 기독교 과목이 필수 수강 과목으로 들어가있으며, 기독교 과목을 패스하지 못하면 전 과목을 1등하더라도 장학금이 거부되며 진급까지도 불가능해진다. 물론 이건 기독교 과목뿐만이 아니라 모든 과목에 해당되며, 학교 시스템상 한 과목이라도 패스하지 못하면 진급이 불가능해진다. 그러나 이 외에도 미션스쿨의 특성상 개신교의 색채를 여기저기서 느낄 수 있는데, 비기독교인의 경우 이러한 분위기에 불만을 느낄 수도 있다.
3.2. 간호대학
| 간호대학 (看護大學) College of Nursing | |
| 학과 | 전공 |
| 간호학과 교직 간호 | - |