비록 준플레이오프에서 아쉽게 탈락하긴 했지만, 지난 시즌의 리빌딩은 꽤나 성공적으로 진행되었다. 이제 이 전력을 가지고 더 높은 곳으로 도약해야 한다. 하지만 준플레이오프가 끝나고 염경엽이 사퇴하는 충격적인 사건이 터지면서 팀의 구심점을 잡아줄 새로운 감독을 선임하는 일이 최우선이 되었다. 제리 로이스터 부임설이 한동안 신빙성있게 받아들여졌던 것을 보면, 일단 구단에서는 외국인 감독을 알아보고 있는 것으로 보인다.
한편 조상우와 한현희가 1년간의 휴식을 마치고 돌아온다. 하지만 예전의 구속과 구위를 가지고 있을지 점검해야 할 부분이 많다. 한현희는 당연히 셋업의 역할을 맡겠지만, 조상우가 지난 시즌에 이야기했던 것처럼 선발로 전환될지의 여부를 지켜보아야 한다. 이제 넥센이 셋업이 부족한 팀도 아닌만큼 조상우의 선발 전환은 신빙성이 있다. 이 경우 밴헤켄의 재계약을 가정하면 밴헤켄-신재영-오 설리반-조상우-5선발 의 안정적인 체제가 돌아갈 수 있을 것으로 보인다.
2016년 10월 27일 새 감독이 선임되었는데 전혀 거론되지 않았던 장정석 운영1팀장이 새 감독이 되었다. 구단에서 대놓고 매니저형 감독을 바란다고 말했으니 새로운 프런트 야구의 시대가 열린 셈. 감독을 보좌하는 코치들의 권한도 그에 따라 늘어날 듯 하다. 물론 책임도 같이 늘어나겠지만. 그러나 정작 10월 31일 발표된 1군 코치진은 수석코치, 타격코치, 투수코치를 제외하면 모두 프런트 직원 출신을 포함한 초짜로 채워져서 논란거리가 되었다. 이와중에 넥센 내야수비가 패망한 원인 중 하나로 지목받는 홍원기 코치는 살아남아서 말이 많았다(...). 오죽하면 2군 코치진이 더 좋아보인다는 의견도 있을 정도. 이장석은 1군 선수들은 이미 기술적으로 완성되어 있고 기술은 2군에서 배우는 것이라고 코치진을 이렇게 구성한 이유를 밝혔지만 1군 감독 및 코칭 스태프들이 죄다 초짜라는 점에서 우려를 표하는 팬들이 많다.
이와중에 1군 불펜 코치 자리가 비어있어서 어떻게 되는 것인지 궁금해하는 팬들이 많았는데 배터리 코치인 김동우 코치가 경기 중에는 불펜 코치 역할을 맡게 된다는 뜬금없는 기사가 나왔다. 그런데 김동우는 위에서도 언급된 프로 경험이 없는 프런트 직원 출신이다(...). 기술 코칭은 무리이므로 전력 분석에 집중한다는 배터리 코치가 정작 경기 중에는 불펜으로 이동한다는 것에 팬들은 할 말을 잃었다. 넥갤의 현 상황 요약
뒤이어 단장도 교체되었다. 2017년 1월 16일 고형욱 스카우트 팀장이 새로 단장을 맡았다.