차량관리 등을 위해 2005년 11월 7일에 기점이 해양대종점으로 변경되어 노선이 '해양대종점 - 북항 - 신안비치아파트 - 목포여고 - 1호광장 - 목포역 - 구.자유시장 - 하당지구 - (이후 동일)'로 바뀌었다.
한때는 영암군 농어촌버스 업체인 영암교통, 낭주교통도 이 노선을 운행하였지만 2000년대 중반에 차량 대차시기가 오면서 차를 대차함과 동시에 이 노선에서도 철수했다.
2007년 3월 대개편 때 중복노선 해소, 굴곡노선 조정, 좌석버스 차량관리 등[1]을 이유로 삼학도를 출발하여 신자유시장, 구자유시장, 동명동사거리, 목포역 등을 지나 백년로 직행으로 하당으로 가는 노선으로 변경되었다. 이로 인해 목포역, 구자유시장 등지에서 차량을 타는 방향이 변경되었고, 북항지역 주민들의 반발도 있었다.
2007년 4월 수정개편 때 '농업박물관 - 동양자동차학원 - 보리밭사잇길 - 대촌 - 중촌 - 은광학교 - 종원아파트' 구간이 300번의 '대한염업조합 - 휴스틸 - 미포조선서문 - 대불잔디구장 - 금호아파트 - 삼호한양아파트 - 퀸스빌아파트 - 삼호농협 - 읍사무소입구 - 삼호버스터미널' 구간과 맞교환되었다.
2016년 5월 1일 개편으로 목포대학교 신해양산단캠퍼스를 경유하게 되었다.
2018년 1월부터 2월까지는 500번 버스의 주요 수요층인 세한대학교를 비롯한 여러 중고등학교의 방학으로 인한 수요 감소가 예상되었는지 25분의 배차간격을 30분으로 늘렸다가 개학시즌에 맞춰 다시 25분으로 줄였다. 2018년 주 52시간 근무제로 인한 기사 부족현상으로 인하여 요일에 상관없이 배차간격이 25분으로 조정되었다.
시기미상으로 배차간격이 30~40분으로 바뀌었다.
2024년 목포 시내버스 개편에 따라 감차가 시행되어 70~100분 간격으로 변경된다. 이에 따라 운행횟수는 28회에서 12회로 절반 이상 줄어든다. 시간이 맞지 않는데 삼호, 독천 방면으로 가고 싶다면 목포종합버스터미널에서 영암 101번, 102번으로 환승하는 게 빠를 때도 있다.