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1. 개요
3, 4장까지 프롤로그 스토리가 마무리된다고 할 수 있고, 5장부터 본격적으로 메인 스토리가 시작된다.프롤로그 전체 스토리 중에서 4장에 가장 많은 설정 오류가 존재하며, 덕분에 묻혀 사라진 기존 설정들과 함께 3~4장을 걸쳐 주역급 활약을 했어야 할 웬디 또한 같이 존재가 잊혀져 버린다.
존재 자체가 잊혀진 본작과는 별개로 웬디는 원신의 벤티의 모티브가 되는데, 원신 공식 웹툰에서 등장하는 벤티를 보면 바람의 율자(신)이라는 설정과 디자인을 상당수 이어받았다.
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2. 제3장: 바람의 시
발키리 등급시험이 끝나고, 주인공 일행은 월광왕좌에서 발견된 메시지를 근거로 4개의 보석을 찾는 임무를 시작한다. 먼저 향하는 곳은 뉴질랜드에 위치한 '갈망의 보석'이 보관되어 있는 오세아니아 지부. 갈망의 보석은 본래 제2차 붕괴 시기에 제2율자를 쓰러뜨리고 얻은 4개의 강력한 붕괴 에너지 결정 중 하나였다. 14년 전 천명은 일련의 사건과 S급 발키리 세실리아의 희생으로 제2율자를 쓰러뜨리는 데 성공하고, 그 과정에서 제2율자의 코어가 4개의 보석으로 쪼개졌다고 한다. 하지만 제1율자가 이끄는 네겐트로피와의 충돌로 천명은 4개의 보석 중 3개의 보석만을 손에 넣을 수 있었고, 갈망의 보석 또한 그 중 하나였다. 그 후 천명은 3년 전부터 갈망의 보석을 사용하여 율자에 맞설 수 있는 무장을 개발하기 위해 기밀 연구 계획을 시작했다. 하지만 연구는 실패로 끝나고 갈망의 보석은 오세아니아 지부에 보관되게 되었다고 한다.아무튼 뉴질랜드에 도착한 주인공 일행은 도착 전날 뉴질랜드에서 붕괴 현상이 발발했고, 그로 인해 갈망의 보석이 사라졌다는 소식을 듣는다. 다행히 타고 온 성 프레이야 학원의 전함 '히페리온'의 탐지기로 갈망의 보석의 위치를 파악해내고 추적에 나선다. 탐지기의 좌표 위치에 도착하자 휠체어에 앉아있는 한 소녀가 있었는데, 그 '웬디'라는 이름의 소녀가 바로 갈망의 보석의 현위치였다.
3년 전 오세아니아 지부에서 진행된 실험에서 율자의 힘을 기대하며 갈망의 보석을 웬디의 허벅지 뼈에 이식했고, 그로 인해 웬디는 한때 오세아니아 지부에서 가장 강한 발키리가 되어 네 번째 S급 발키리로까지 고려되었다고 한다. 하지만 웬디는 보석의 힘을 온전히 제어할 수 없었고 결정으로 인해 다리까지 쓸 수 없는 몸이 되어버린다. 그에 키아나, 메이, 브로냐는 갈망의 보석을 빼내 줄 것을 요청하였지만, 갈망의 보석은 웬디의 몸 안에서만 안정화되었기 때문에 보석 내의 붕괴 에너지가 방출되면 도시 몇 군데를 파괴해 버릴 수 있는 보석의 위험성으로 인해 적출 또한 불가능했다.
임무를 위해 주인공 일행은 웬디를 데리고 히페리온으로 돌아가게 되는데, 다리가 불편한 웬디를 위해 브로냐는 중장 토끼 19C를 기동하여 웬디를 태워준다. 웬디는 하늘을 나는 듯한 기분에 기뻐하였고, 그렇게 브로냐와 웬디의 사이가 돈독해지는 듯했지만...
히페리온에 도착하고 도움이 되지 못한 탓에 브로냐는 웬디에게 사과를 하지만, 사과를 사양한 웬디의 몸에서 갑자기 엄청난 양의 붕괴 에너지가 방출되기 시작한다. 갑작스럽게 성격이 돌변하여 주인공 일행을 위선자라며 비난하고 주변 모든 것을 상대로 증오를 내비치기 시작한 웬디는 제4율자로 각성하게 된다. 사실 웬디는 이미 갈망의 보석으로 인해 붕괴에 침식당해 버렸던 것.
주인공 일행과의 짧은 전투 끝에 웬디는 날아가버리고 히메코는 본부에 보고하여 S급 발키리의 출격을 요청하려 한다. 하지만 키아나, 메이, 브로냐는 아직 웬디에 대한 믿음을 접지 않고, 이전에 메이가 자신의 의지로 붕괴의 조종을 이겨냈던 것처럼 웬디도 마음을 되찾을 수 있을 것이라 주장하였다. 그에 히메코는 S급 발키리가 도착하기까지 30분이 걸리 테니 30분 안에 해결해 보라고 한다.
추격을 시작한 주인공 3인방에게 히메코는 천명이 최강의 S급 발키리 듀란달을 출격시켰으며, 태평양 상공으로 네겐트로피로 추정되는 부유 전함 일단이 관측되었다고 알려왔다. 부대원의 안전을 위해 히메코는 네겐트로피와 접촉할 경우 즉시 조사를 포기하고 후퇴할 것을 지시한다. 하지만 그때 테레사가 나서서 S급 발키리와 네겐트로피 부대를 해결해 주겠다고 하는데, 그 해결법이란 바로 S급 발키리의 위치를 공용 채널로 발송해버린 것.
그렇게 S급 발키리가 네겐트로피를 상대하며 시간을 벌어주는 사이 주인공 일행은 웬디를 발견하고 한 차례 전투 끝에 설득을 시도한다. 브로냐가 이야기하는, 고아원 시절 함께 있던 제레라는 아이도 한때 붕괴에 의식을 빼앗겼지만 결국 이겨냈다는 일화와 웬디의 아픔을 이해하며, 강한 웬디라면 고통을 이겨낼 것이라는 브로냐의 공감과 신뢰에 웬디의 마음이 기울고 웬디도 브로냐의 신뢰에 응하고자 한다.
하지만 그때 브로냐의 어머니, 네겐트로피의 쿠쿠리아가 등장하며 제4율자를 회수하거나 회수할 수 없다면 제거할 것을 지시한다. 그에 브로냐가 거부하려 하지만 쿠쿠리아는 최고 권한 명령을 발동하여 브로냐의 바이오 칩을 통해 브로냐를 조종한다. 믿었던 브로냐에게 공격 받은 웬디는 더이상 아무도 믿지 못하게 되고 율자의 힘을 사용하려 하지만, 네겐트로피의 전술 기갑이 모습을 드러내며 주인공 일행과 싸우며 힘이 빠질 대로 빠진 제4율자를 손쉽게 제압한다. 그에 그치지 않고 자리에 있는 또다른 율자, 제3율자 메이까지 포획한 네겐트로피였지만 다가오는 천명 부대를 피해 메이와 웬디를 데리고 후퇴한다. 그렇게 혼자서 성 프레이야 학원으로 돌아오게 된 키아나는 메이 구출 작전을 짜기 시작한다.
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3. 제4장: 배신의 은빛 미소
납치된 메이, 브로냐, 웬디를 구출하기 위해 ME사 본부에 찾아온 키아나는 테레사, 히메코와 함께 침투를 시작한다. ME사는 본래 메이의 아버지인 라이덴 료마가 CEO로 있었던 방산업체이지만 네겐트로피 내부의 모함으로 라이덴 료마가 수감된 후 쿠쿠리아가 차지했다고 한다.네겐트로피는 여러 무인 병기를 생산, 운용하는 기술력을 갖추고 있지만, 이 무인 병기들의 붕괴 에너지 활용도는 천명의 발키리에 비해 낮아 20%에 불과하며, 안정성 또한 낮아서 한두 번 밖에 못 쓴다고 한다. 반면 천명의 발키리는 개조 수술을 통해 붕괴수와 싸울 수 있는 힘을 얻지만 대신 신체 조직이 붕괴 에너지의 침식을 받아 젊은 나이에 죽게 된다고 한다.
ME사로 침투를 시도한 테레사, 히메코, 키아나는 삼엄한 네겐트로피의 경계에 가로막혀 잠시 후퇴하려 하지만, 키아나는 혼자서라도 구하러 가겠다며 고집을 부린다. 그런 키아나를 타이르며 후퇴하려 하던 찰나 브로냐가 나타나서 ME사 안으로 안내하겠다고 하고, 테레사와 히메코는 의심하지만 키아나의 설득에 위험을 감수하고 따라가기로 한다.
내부로 진입하여 율자 코어를 적출할 준비가 진행되고 있다는 메이를 찾아나서려 하자 들어왔던 통로가 막히며 쿠쿠리아가 통신에 나타난다. 일행이 실험실에 도착하길 기다린 쿠쿠리아는 브로냐에게 일행을 붙잡으라 지시하는데, 자신을 상냥하게 대해준 메이를 다치게 하고 싶지 않았던 브로냐는 이미 자신의 뇌 속에 박혀 있던 바이오 칩을 파괴했기 때문에 명령을 거부하여 키아나에게 메이를 맡기고 쓰러진다.
잠시 후 메이가 정신을 차리자 실험실에서 탈출하기로 한다. 브로냐의 뇌가 손상되긴 했지만 성 프레이야 학원으로 데려가서 치료를 한다면 회복할 가능성이 있다는 판단. 그런데 탈출하는 도중 웬디로부터 통신이 연결되고 브로냐와 이야기를 하고 싶다고 한다. 웬디는 모든 진상을 알게 됐다며 더 이상 원망하지 않는다는 말을 전해달라고 부탁하며 통신이 끊긴다. 사실 웬디는 이미 갈망의 보석이 적출되며 사망하였고 통신은 쿠쿠리아가 전달한 웬디의 유언이었던 것.
그 후 실험실에 숨겨져 있던 거대 로봇, 중장 전술 기갑 데우스를 격파하고 ME사를 탈출한 일행은 성 프레이야 학원으로 돌아온 후, 브로냐는 바로 수술에 들어갔지만 성 프레이야 학원의 기술로는 브로냐를 구할 수 없었고, 브로냐를 구하기 위해 테레사는 성 프레이야 학원의 중앙 교회에 숨겨져 있던 천명 최고의 바이오 기술을 찾아 나선다.
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4. 제5장: 설원에서의 재회
테레사는 중앙 교회에서 브로냐의 치료에 도움이 될 자료를 검색하다가 2000년 2월 7일의 시베리아 바빌론 실험실에 관련된 데이터를 발견하고, 해당 데이터를 기반으로 시뮬레이션된 가상 공간이 구축된다. 몰래 테레사를 따라왔던 키아나는 뒤따라 가상 공간으로 들어갔지만 테레사를 놓친 채 2000년 2월 7일의 시베리아 설원에 홀로 떨어진다. 우선 멀리 보이는 탑을 향하던 키아나는 제2율자와의 교전에서 부상을 입은 과거의 테레사와 만나게 된다. 미래 시점에서 온 키아나를 테레사는 제2율자의 환영으로 치부하고 공격하지만, 키아나가 사용하는 카스라나 가문의 건카타와 지크프리트 카스라나를 아빠라고 부르는 모습에서 키아나를 지크프리트의 사생아라고 판단한다. 키아나와 동행하기로 한 테레사는 지크프리트와 합류하기 위해 임시지휘소로 향한다.임시지휘소에 도착한 키아나와 테레사는 지크프리트와 합류한 후 안 좋은 소식을 듣게 되는데, 상황에 진전이 없자 천명의 주교 오토 아포칼립스가 키아나를 낳은 후 몸 상태가 좋지 않은 세실리아를 강제로 출격시켰다는 것이었다. 세실리아가 시베리아에 도착하기까지 30분 남은 상황이었기에 일행은 30분 내에 제2율자를 찾아 쓰러트릴 필요가 생겼고, 그런 그들 앞으로 2개의 좌표에서 동시에 제2율자의 흔적이 발견됐다는 소식이 들려온다. 2개의 좌표로 지크프리트와 테레사, 키아나로 팀을 나누어서 추격에 나서고, 테레사와 키아나 팀이 율자의 계략에 말이 묶인 사이 지크프리트는 제2율자와 교전하게 된다. 하지만 압도적인 전력차로 인해 제2율자의 상대가 안되는 지크프리트는 결국 카스라나 가문에 전해지는 성유물인 '샤마시의 심판'을 사용하여 제2율자와 동귀어진을 꾀한다. 샤마시의 심판은 두 자루의 총 형태의 성유물인데 개방하면 화염의 대검이 되어 막대한 붕괴에너지로 사용자 자신을 포함하여 주변 모든 것을 재로 만들어 버리는 위력을 가지고 있다고 한다.
잠시 후, 테레사와 키아나도 교전 현장에 도착하지만 그곳에는 거대한 불구덩이가 기다리고 있었고, 지크프리트를 걱정하는 테레사 앞으로 세실리아가 등장한다. 다행히도 샤마시의 심판으로 인해 몸이 절반 정도 타버린 지프크리트는 세실리아에게 구출되었는데, 지크프리트의 몸을 세실리아가 '백화흑연'을 사용하여 치료하자 테레사는 세실리아의 몸을 걱정한다. 백화흑연은 샤마시의 심판과 마찬가지로 성유물 중 하나인데, 사용자의 생명을 대가로 상처를 치료할 수 있는 능력이 있었다. 안 그래도 몸 상태가 안 좋았던 데다 백화흑연까지 사용한 세실리아가 목숨을 잃을까 두려웠던 테레사는 전투에서 물러날 것을 권하였지만, 제2율자로 인해 더 많은 희생자가 나올 것을 염려한 세실리아는 말을 듣지 않고 발키리로서 사명을 다하기 위해 제2율자를 뒤쫓아 탑으로 향한다.
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5. 제6장: 바빌론의 죄수
'탑'이라고 불리는 천명의 대형 연구시설인 바빌론 실험실 앞에서 세실리아, 테레사, 키아나가 합류하고, 그 모습을 천명의 주교 오토가 지켜본다. 일행이 바빌론 실험실로 진입하려 할 때 테레사에게 오토의 호출이 떨어지고, 테레사가 떠난 뒤 세실리아와 둘이 남은 키아나는 실험실의 카드키를 찾아 주변의 조사를 시작한다.조사 도중 한 방안에서 낡은 공책을 발견하는데 공책에는 한 아이의 일기가 적혀있었다. 일기에 따르면 시설의 '의사'는 아이들을 '치료'하였고 치료가 아파도 치료를 그만두지 않는다고 한다. 그리고 아이들의 치료가 중단될 때면 아이들을 어딘가로 데려간 후 돌아오지 않았다. 공책에는 엄마를 그리워하는 아이의 심정이 적혀있었고 공책의 맨 뒤에는 아이의 엄마가 알려줬다는 마법의 주문이 하나 적혀있었다. Ich libe dich(이히 리베 디히=사랑해)라는 그 주문을 외우며 아이는 다시 엄마를 보고 싶다는 소원이 이루어 지길 빌었던 것.
공책을 읽은 뒤 키아나는 갑자기 두통을 느끼며 쓰러지고, 정신을 차린 뒤 자신도 어릴 적에 엄마랑 이별해서 아이의 기분이 이해가 간다는 키아나를 세실리아가 껴안아 주자 그런 세실리아에게서 모성애를 느낀다. 잠시 후, 다시 시설의 조사를 재개하고 간수실에서 카드키와 함께 일기장의 찢어진 부분을 찾는다. 일기장에서 아이는 몸 상태에 변화가 생겨 의사는 아이의 정밀 검사를 위해 TV가 가득한 방으로 데려갔다고 한다. 의미불명의 TV가 가득한 방에서 고통에 떨며 엄마를 떠올리는 아이의 모습에서 키아나도 엄마를 떠올리고, 세실리아와 같이 게임을 하고 싶다는 바람을 담아 Ich libe dich라는 주문을 외워본다.
카드키를 가지고 상층부로 올라가기 위한 엘리베이터에 돌아온 키아나는 카드키를 이용해 엘리베이터를 작동시켜 보려 하지만 인증에 실패하며 권한이 동결되고 시스템이 폐쇄될 위기에 처한다. 갑작스런 상황에 당황한 키아나가 권한이 복구되길 바라자 에러가 발생했던 기계가 정상화되며 화면에 게임이 실행된다. 그때 돌아온 세실리아가 게임을 알아보며 게임을 클리어해야 엘리베이터의 잠금이 해제될 것이라고 한다. 세실리아와 함께 게임을 클리어하여 엘리베이터가 가동되고, 키아나는 진짜로 효과를 보이는 주문에 기뻐한다.
제어실에 도착한 키아나는 아이의 실험일지를 발견하는데, 실험일지는 1999년 11월 2일 붕괴 에너지 주입 실험 도중 실험체 둘이 사망하여 소각 처리하고, 적응성이 보이는 51번 실험체를 격리, 관찰하고 있으며, 차후 심층 실험을 시행할 것이라는 내용이었다. 51번 실험체의 가족에게는 거짓 사망통지서를 발송하였으며, 만약의 경우 강경수단으로 통제할 것이라는 내용도 포함되어 있었다. 바빌론 실험실에서는 치료라는 명목으로 인체실험을 진행하고 있었던 것.
그런 와중에 세실리아에게 오토의 통신이 연결되고, 시간이 지체되면 붕괴 핵분열 미사일을 발사하겠다며 세실리아를 재촉한다. 그 통신을 들은 세실리아는 키아나에게 지하의 동력실에 가서 차단기를 내려달라고 부탁하고, 동력실에 내려온 키아나는 차단기를 찾아보지만 동력실로 생각했던 곳은 사실 세이프룸이었고, 다급히 엘리베이터로 가봤지만 엘리베이터는 작동하지 않았다. 핵미사일을 대비해 세실리아가 키아나를 속여 세이프룸으로 대피시킨 것. 키아나는 세실리아를 구하기 위해 다른 카드키를 찾아 세이프룸을 벗어나고, 세실리아가 무사하길 바라며 또다시 주문을 외우며 세실리아를 뒤쫓아 보지만 세실리아는 제2율자에 의해 살해당하고 만다.
간절히 구해내려 했던 세실리아의 죽음을 받아들이지 못한 키아나가 현실을 부정하자 갑자기 다시 세이프룸의 엘리베이터 앞으로 돌아간다. 시급히 샛길을 찾아 세이프룸을 빠져나간 키아나는 세실리아를 구해내는 데 성공하고 위기를 면한 세실리아는 제2율자를 물리친다. 그 후 도망친 제2율자를 뒤쫓아 실험실 깊은 곳으로 들어가자 배양실과 인체실험의 흔적을 발견하게 되고, 그 중에는 51번 실험체 시린의 시험관도 있었다. 제2율자 시린도 바빌론 실험실의 희생자였던 것.
탑 꼭대기에서 약해진 제2율자를 발견하고 마침내 쓰러트린다. 제2율자를 쓰러트린 후 키아나는 세실리아에게 안겨 어리광을 부리며 행복한 시간을 만끽하려 하는데, 그 때 테레사가 나타나서는 세실리아와 함께 제2율자를 쓰러트렸다는 키아나를 향해 어리둥절해하며 의문을 표하고, 바로 전까지 키아나의 옆에 있던 세실리아, 그리고 가상 공간이 사라지며 진상이 드러난다.
갑자기 나타나 테레사를 제압한 후카는 이곳 데이터 공간에는 가상 환경도 AI도 없었으며, 바빌론 실험실도 세실리아도 처음부터 존재하지 않았다고 폭로한다. 키아나는 그 말을 부정하며 엄마를 돌려달라며 후카에게 달려들지만 후카는 모든 것은 키아나의 환상에 불과하며, 데이터 공간에 발을 들인 이후 계속 제자리에 서있었을 뿐이라고 키아나의 환상을 냉정하게 깨부신다. 그럼에도 키아나는 계속해서 현실을 부정하고 엄마를 찾으며 주문을 외우는데, 그러자 키아나의 몸에서 강력한 붕괴 에너지가 발생하며 키아나에게 변화가 생긴다. 하지만 이번에는 모든 게 바라는 대로 이루어지는 대신 후카에 의해 키아나가 제압당하고, 키아나는 천명 본부로 납치당하게 된다. 이에 테레사는 히메코에게 천명 본부로 출격할 준비를 지시하고 브로냐의 수술을 즉시 시행할 것을 지시한다. 그렇게 성 프레이야 학원은 천명 본부를 상대로 키아나 구출 작전을 계획한다.