석기 시대부터 인간이 거주한 것으로 여겨지는 물품들이 출토되었다. 문헌에서는 1208년 'terra de Selinan'이라는 이름으로 처음 나타나지만 이미 10세기 무렵에 헝가리 왕국의 영토로 편입되었다. 14세기에 들어 급속한 발전을 이루었으며 1321년, 카로이 로베르트가 도시법을 허가하면서 도시의 지위를 인정받았다. 1381년, 러요시 1세가 슬로바키아인에게 시 의회 의석 절반을 할당하면서 슬로바키아인이 독일인과 동등하게 대우를 받은 몇 안 되는 도시가 되었다.
17세기에 들어서면서 제조업과 무역, 교육의 중심지로서의 입지를 굳혔고, 합스부르크 가문지배기에는 바로크 양식의 부다틴 성(Budatínsky zámok)[1] 외에도 여러 수도원과 교회들이 세워졌다. 1848년 헝가리 혁명 당시 슬로바키아인들은 오스트리아 제국의 편을 들었고 도시 근처에서 합스부르크 가문에 항거하던 헝가리인들을 물리쳤다.
1918년, 신생국 체코슬로바키아에 편입되었으며 슬로바키아 정부는 1919년 3월까지 브라티슬라바가 아닌 질리나에 있었다. 1938년 뮌헨 협정 이후 슬로바키아의 자치권이 질리나에서 선포되었다. 제2차 세계 대전 이후 많은 공장, 학교, 주택이 들어섰으며 발전이 가속화되었다. 벨벳 혁명으로 체코슬로바키아가 분리된 후 1996년부터는 질리나 주의 주도가 되었다.
2023년 기준, 인구는 81,219명으로 광역권까지 포함하면 약 160,000명 정도가 거주한다. 대부분은 슬로바키아인으로 슬로바키아어를 사용하며 극소수의 헝가리인과 체코인도 거주하고 있다. 종교는 대부분 로마 가톨릭을 믿으나 공산주의 시대의 여파로 1/4는 무종교이다.