유희왕 듀얼몬스터즈/배틀 시티 본선 편

도미노 시티에서 이집트 유물전이 개최되고, 그 책임자로서 이시즈 이슈타르가 찾아온다. 이시즈는 카이바 세토와 접촉하여 일전 페가수스가 만들었지만, 너무 강력한 힘을 지녀 봉인되었던 신의 카드 중 1장인 오벨리스크의 거신병을 넘기고 레어 카드를 위조•강탈하는 범죄집단 '구울즈'의 퇴치를 부탁한다.

그리고 이집트 유물전을 찾아온 어둠의 유우기는 자신의 정체가 천년 퍼즐에 깃든 3000년 전 고대 이집트의 왕의 영혼이었다는 사실을 깨닫는다. 유우기 앞에도 나타난 이시즈는 지금부터 어둠의 유우기 자신의 기억을 되찾기 위한 싸움이 시작될 것이고, 새로운 천년 아이템을 가진 적이 나타날 것이라 예언한다.

그 시각, 신형 듀얼 디스크를 완성한 카이바는 도미노 시티 전역을 무대로 한 대규모 듀얼 대회 '배틀 시티'의 개최를 선언하고, 각지에서 실력 있는 듀얼리스트가 도미노 시티로 모여든다. 이 정보를 들은 구울즈의 총수 마리크 이슈타르도 배틀 시티를 노리고 행동을 개시한다. 그가 바로 이시즈가 예언한 유우기의 적이었다. 구울즈의 조작에 의해 배틀 시티 참가자격을 얻은 죠노우치 카츠야는 구울즈의 레어 헌터의 습격으로 붉은 눈의 흑룡을 빼앗기고 만다. 배틀 시티가 시작되고, 유우기는 죠노우치의 카드를 빼앗은 레어 헌터를 쓰러트려 붉은 눈의 흑룡을 되찾는다. 하지만, 죠노우치는 진정한 듀얼리스트로서 강해지기 위해 붉은 눈을 돌려받는 것을 거절한다.

잃어버린 기억을 되찾기 위해 싸우는 어둠의 유우기, 진정한 듀얼리스트가 되기 위해 싸우는 죠노우치, 3장의 신의 카드를 노리는 카이바, 그리고 유우기를 향한 복수에 불타는 마리크. 각자의 마음이 배틀 시티에서 교차한다.