1. 국내선
현재 이스타항공의 국내선 허브공항은 김포국제공항이고 운항 중단 이전엔 제주국제공항이었다.2023년 3월 26일 현재 김포 - 제주 노선만 운항하고 있다. 회사가 살아나면서 점점 재운항할 노선이 늘어날 것으로 보인다.
2023년 6월 12일, 기사에 의하면 8월 1일부터 청주 - 제주 노선에 재취항할 예정이다.
예정대로 2023년 8월 1일, 청주-제주 노선 운항을 재개하였다.
2023년 10월 1일, 군산 - 제주 노선 운항을 재개하였다. 2024년 8월 7일, 군산 - 제주 노선의 동계 운항을 중단하겠다는 공문을 보냈다는 뉴스가 나왔다.
2024년 7월 14일, 김포 - 부산 노선 운항을 재개하였다.
| 운항노선 | 운항횟수 | ||
| 제주 | ↔ | 서울(김포) | 15~17회 / 일[1] |
| 청주 | 3회 / 일[2] | ||
| | | ||
| 부산(김해) | 3회 / 일 | ||
| 서울(김포) | ↔ | 부산(김해) | 4회 / 일 |
2. 국제선
운항 중단 이전 이스타항공의 국제선은 인천 노선과 청주 노선이 주력이었다.2023년 9월 2일, 드디어 국제선이 부활했다. 국제선 재개 첫 노선은 김포 - 쑹산 노선이며, 기존처럼 티웨이항공과 공동운항 관계를 지속한다. 이후부터는 인천발 국제선 노선을 순차적으로 재개할 것으로 예상된다. 도쿄와 오사카 취항을 준비하는 모습을 보이더니, 2023년 9월 20일부터 도쿄와 오사카 노선 재취항을 확정했다. 동시에 방콕 수완나품 공항과 다낭 공항 재취항도 선언하면서 국제선 무대에 본격 복귀할 예정.
2023년 9월 2일, 예정대로 김포 - 타이베이 쑹산 노선 운항을 재개하면서 국제선 부활의 신호탄을 쏘아 올렸다.
2023년 9월 20일, 예정대로 서울(인천) - 도쿄(나리타) 노선, 서울(인천) - 오사카(간사이) 노선, 서울(인천) - 방콕(수완나품) 노선, 서울(인천) - 다낭 등 4개 노선의 운항을 재개했다.
2024년 동계 스케줄 기준, 국내 5개 공항[4]에서 일본 6개[5], 중국 6개[6], 대만 2개[7], 베트남 3개[8], 태국 2개[9] 공항으로의 정기 노선을 운항한다.
| 출발지 | ↔ | 도착지 | 운항 횟수 | ||
| 국가 | 도시 | 공항 | |||
| 서울(김포) | ↔ | [[대만|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] | 타이베이 | 타이베이 쑹산 국제공항 | 주 3회[10] |
| 출발지 | ↔ | 도착지 | 운항 횟수 | ||
| 국가 | 도시 | 공항 | |||
| 서울(인천) | ↔ | [[일본|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] | 도쿄 | 나리타 국제공항 | 일 2회(월수금일) 일 3회(화목토)[11] |
| 오사카 | 간사이 국제공항 | 일 2회 | |||
| 후쿠오카 | 후쿠오카 공항 | 일 2회 | |||
| 삿포로 | 신치토세 공항 | 일 2회[12] | |||
| 오키나와 | 나하 공항 | 일 1회 | |||
| | | | |||
| [[중국|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] | 상하이 | 상하이 푸동 국제공항 | 일 1회 | ||
| [[대만|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] | 타이베이 | 타이베이 타오위안 국제공항 | 주 4회[14] | ||
| [[베트남|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] | 다낭 | 다낭 국제공항 | 일 1회 | ||
| 나트랑 | 깜라인 국제공항 | 일 2회[15] | |||
| 푸꾸옥 | 푸꾸옥 국제공항 | 일 1회 | |||
| [[태국|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] | 방콕 | 수완나품 국제공항 | 일 1회 | ||
| 치앙마이 | 치앙마이 국제공항 | 일 1회 | |||
| 출발지 | ↔ | 도착지 | 운항 횟수 | ||
| 국가 | 도시 | 공항 | |||
| 부산(김해) | ↔ | [[일본|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] | | | |
| | | | |||
| [[중국|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] | 연길(옌지) | 연길 조양천 국제공항 | 주 2회 | ||
| [[대만|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] | 타이베이 | 타오위안 국제공항 | 일 1회 | ||
| [[태국|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] | | | | ||
| 출발지 | ↔ | 도착지 | 운항 횟수 | ||
| 국가 | 도시 | 공항 | |||
| 청주 | ↔ | [[대만|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] | 타이베이 | 타이베이 타오위안 국제공항 | 일 1회 |
| [[중국|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] | 연길(옌지) | 연길 조양천 국제공항 | 주 2회[19] | ||
| 장자제 | 장자제 허화 국제공항 | 주 4회[20] | |||
| 상하이 | 상하이 푸둥 국제공항 | 주 3회[21] | |||
| 선양 | 선양 타오셴 국제공항 | 주 2회[22] | |||
| 하얼빈 | 하얼빈 타이핑 국제공항 | 주 3회[23] | |||
| [[베트남|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] | 푸꾸옥 | 푸꾸옥 국제공항 | 주 4회[24] | ||
| 출발지 | ↔ | 도착지 | 운항 횟수 | ||
| 국가 | 도시 | 공항 | |||
| 제주 | ↔ | [[대만|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] | 타이베이 | 타이베이 타오위안 국제공항 | 일 1회 |
2.1. 코로나 이전 노선
| 출발지 | 도착지 | ||
| 국가 | 도시 | 공항 | |
| 서울(인천) | [[일본|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] | 가고시마 | 가고시마 공항 |
| 도쿄 | 나리타 국제공항 | ||
| 미야자키 | 미야자키 공항 | ||
| 오사카 | 간사이 국제공항 | ||
| 삿포로 | 신치토세 공항 | ||
| 나하 | 나하 공항 | ||
| 후쿠오카 | 후쿠오카 공항 | ||
| 이바라키 | 이바라키 공항 | ||
| [[홍콩|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] | 홍콩 | 홍콩 국제공항 | |
| [[대만|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] | 타이베이 | 타이완 타오위안 국제공항 | |
| 화롄 | 화롄 공항 | ||
| [[태국|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] | 방콕 | 수완나품 국제공항 | |
| [[말레이시아|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] | 코타키나발루 | 코타키나발루 국제공항 | |
| [[베트남|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] | 다낭 | 다낭 국제공항 | |
| 나트랑 | 깜라인 국제공항 | ||
| 푸꾸옥 | 푸꾸옥 국제공항 | ||
| [[필리핀|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] | 팔라완 | 푸에르토프린세사 국제공항 | |
| [[러시아|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] | 블라디보스토크 | 블라디보스토크 국제공항 | |
| [[틀:국기|]][[마카오|]][[틀:국기|]] | 마카오 | 마카오 국제공항 | |
| [[중국|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] | 상하이 | 상하이 푸둥 국제공항 | |
| 지난 | 지난 야오창 국제공항 | ||
| 정저우 | 정저우 신정 국제공항 | ||
| 서울(김포) | [[대만|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] | 타이베이 | 타이베이 쑹산 국제공항 |
| 부산(김해) | [[일본|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] | 오사카 | 오사카(간사이) |
| 삿포로 | 삿포로(신치토세) | ||
| [[태국|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] | 방콕 | 수완나품 국제공항 | |
| [[말레이시아|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] | 코타키나발루 | 코타키나발루 국제공항 | |
| [[러시아|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] | 블라디보스토크 | 블라디보스토크 국제공항 | |
| [[대만|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] | 화롄 | 화롄 공항 | |
| 청주 | [[대만|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] | 타이베이 | 타이베이(타오위안) |
| [[태국|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] | 방콕 | 수완나품 국제공항 | |
| [[일본|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] | 도쿄 | 나리타 국제공항 | |
| 삿포로 | 신치토세 공항 | ||
| 오사카 | 간사이 국제공항 | ||
| 후쿠오카 | 후쿠오카 공항 | ||
| [[중국|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] | 상하이 | 상하이 푸둥 국제공항 | |
| 옌지 | 연길 조양천 공항 | ||
| 선양 | 선양 타오셴 국제공항 | ||
| 하얼빈 | 하얼빈 타이핑 국제공항 | ||
| 다롄 | 다롄 저우수이쯔 국제공항 | ||
| 하이커우 | 하이커우 메이란 국제공항 | ||
| 제주 | [[대만|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] | 타이베이 | 타이완 타오위안 국제공항 |
| [[태국|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] | 방콕 | 수완나품 국제공항 | |
| [[틀:국기|]][[마카오|]][[틀:국기|]] | 마카오 | 마카오 국제공항 | |
| [[홍콩|]][[틀:국기|]][[틀:국기|]] | 홍콩 | 홍콩 국제공항 | |
코로나 이전 운항 노선 목록을 가져온 R694판에는 기존 운항 노선 목록 일부가 삭제되어 있다. 따라서 2019년 12월 기준으로 노선 목록을 업데이트하였다.
[1] 월수금일 제주발 김포행 17회, 화목토 제주발 김포행 16회, 김포발 제주행 15회[2] 08:35, 17:25, 21:40[3] 2024년 동계시즌 운휴[4] 서울(인천), 서울(김포), 청주, 부산(김해), 제주[5] 도쿄(나리타), 오사카(간사이), 후쿠오카, 구마모토, 삿포로(신치토세), 오키나와[6] 옌지, 상하이(푸동), 장자제, 정저우, 하얼빈, 선양[7] 타이베이(송산), 타이베이(타오위안)[8] 다낭, 나트랑(깜라인), 푸꾸옥[9] 방콕(수완나품), 치앙마이[10] 화목토. 나머지 요일은 티웨이항공에서 운항 중[11] 11/20 부터 오후 왕복 1회, 새벽 1편 증편[12] 인천 출발 07:40 / 14:35, 2024년 동계 시즌부터 왕복 1회 증편[13] 화/목/토(인천 출발 10:40), 2024년 12월 26일 신규 취항[14] 월수금일[15] 2024년 동계 시즌부터 왕복 1회 증편[16] 2024년 12월 19일 신규취항[17] 2024년 12월 19일 신규취항[18] 2024년 12월 19일 취항[19] 월/금 운항(청주출발 13:30)[20] 주 4회(화/목/토/일 운항) (청주출발 10:00)[21] 청주 출발 23:40/주 3회(화,목,일)[22] 청주 출발 09:50/주 2회(화,토)[23] 청주 출발 23:40/주 3회(월,수,금)[24] 주 4회 취항(수/목/토/일) (청주출발 18:30) (7.20~10.26까지 운항하는 부정기편이다. 향후 수요가 많으면 정기편 전환도 가능하다)