인증서를 기기에 보관하지 않고 클라우드에 보관하므로 번거로운 인증서 이동/복사를 안 해도 된다. 특히 안드로이드(2021년 11월 보안 정책 변경 이후)와 iOS의 경우 하나의 인증서를 여러 앱에서 공유하는 것이 불가하고 해당 앱을 통해 직접 발급/복사한 인증서만 사용가능하기 때문에 공동인증서를 사용하고 싶은 앱의 수만큼 인증서 복사를 해야하지만, 금융인증서는 그럴 필요가 없다.
범용성 최악. 사용 가능한 곳이 극히 제한적이다. 많은 증권사와 카드사 그리고 정부기관에서 사용이 불가하고 여전히 공동인증서(구 공인인증서)를 요구하고 있다. 특히 표면적으로는 사용이 가능한 은행권에서조차 '금융'거래에 금융인증서를 사용할 수 없는[7] 촌극이 빚어지고 있는데 아직까지도 개선의 여지가 없다.
여전히 복잡한 타행 등록이 필요하다. 타행 등록 시 핸드폰인증은 기본에 신분증인증, OTP인증 등 인증할 수 있는 온갖 수단을 다 인증하도록 강제한다. 은행따라 일부 차이는 있을 수 있으나 핸드폰+OTP는 거의 필수적이다.
새 브라우저/앱을 등록하는 사용인증 절차에서 발신자(금융결제원)가 요금을 부담하는 ARS 또는 SMS 수신 인증이 아닌 사용자가 요금을 부담하는 SMS 발신 인증을 요구한다. 해외 거주자가 이용할 수 있는 ARS 발신 인증도 추가하였지만 요금 부담은 여전하다. 마이인포앱 인증도 추가되었으나, 이 역시 해외 거주자가 이용하기에는 힘들다.
작동 원리상 브라우저 쿠키를 삭제하면 사용인증을 다시 거쳐야 한다. 문제는 이 쿠키라는 것이 브라우저 성능을 좀먹기 때문에 컴퓨터나 브라우저 설정상 자동으로 정리하는 경우가 많다는 점이다. 즉, 정상적인 컨디션으로 컴퓨터나 스마트폰을 관리한다면 사용 할 때마다 신규등록 인증을 거쳐야 한다는 이야기이다. 문자에 답신하는 것은 사실상 공동인증서 비밀번호 치는 것과 다를바 없고 오히려 핸드폰이라는 수단이 강제되기 때문에 공동인증서보다 훨씬 불편함을 야기한다. 이는 초창기부터 언급된 대표적 단점이었지만 현재까지도 개선이 이루어지지 않고 있다.
브라우저 이용 시 인증을 한 번 했다 하더라도, 사이트에 따라 개별적으로 문자 인증을 따로 해야 한다. 예를 들어 엣지 브라우저를 통해 A, B, C사이트를 이용할 경우, A사이트를 통해 금융인증서 인증을 했다 해도 B, C사이트 이용시에는 다시 문자인증을 해야 한다는 것이다.
아직은 개인 사용자만을 위한 수준이라 행정전자서명(GPKI), 국방전자서명(MPKI)을 당장 대체하기는 어렵다. 또한 범용성 측면에서는 공동인증서에 밀리고, 개인 인증 수단으로서는 간편인증에 밀려서 다른 인증서들에 비해 특기할 만한 장점이 없다.
TZ가 아닌 클라우드(서버)에 인증서를 보관하는 방식이라 보안에 취약하다.
종합적으로 일부 장점도 있으나 현재의 금융인증서는 공동인증서 대비 거의 나은게 없다고 봐도 무방하다. 아니, 오히려 훨씬 더 불편하다. 공동인증서의 대표적 3가지 단점인 유효기간/보안성/편리성 중 유효기간 이외에는 사실상 개선된 건 없다시피 하기 때문이다. 딱히 보안이 더 뚜렷하게 낫다고 보기도 어려울 뿐더러, 범용 공동인증서만큼의 범용성을 보장하는가 하면 그것도 아니고, 사용처에서 한건한건 재인증을 거쳐야 하는 건 차이가 없는데다, 오히려 별도의 핸드폰을 사용한 문자인증을 사용 할 때마다 해야하기 때문에 한번 재발급 받으면 별도의 인증 없이 비밀번호만 쳐서 사용 가능했던 공동인증서 대비 사용 자체는 오히려 더 번거로워졌다고 볼 수 있다. 조금씩 개선하는 쪽으로 나아가고는 있으나 아직까지 공동인증서를 대체하기에는 요원한 상황.
[1] 모바일은 패턴, 생체인증 추가지원[2] 모바일은 생체인증 추가지원[3] 모바일은 패턴, 생체인증 추가지원[4] 초기부터 지원하였으나, 2022년 8월 6일 인증서 로그인 전면 폐지로 금융인증서는 물론 공동인증서도 이용 불가능하게 변경되었다.공지사항[5] 다만 사용처에 따라 별도의 보안프로그램을 설치해야 할 수 있다.[6] 그러나 여전히 타행등록이나 기기등록 등의 절차를 요구하기 때문에 결국 공동인증서와 하나도 다를 바가 없고, 오히려 쿠키나 캐시를 삭제하면 기기등록이 초기화되기때문에 매번 사용할때마다 인증해야 한다. 이 경우 번거롭기도 번거롭거니와 핸드폰이 없으면 인증이 불가하기 때문에 오히려 한번 파일을 옮겨놓으면 1년간은 사용에 아무런 지장 없는 공동인증서 대비 장점이라고 보기도 어렵다.[7] 대표적으로 대출, 계좌개설 등.